در اولین گزارشی که درباره سوابق احسان نراقی در زمان حضور در ژنو تهیه گردید، یکی از اتهاماتِ اصلی او، عضویت در «دستۀ کمونیست‌‌های یهودی»، در دانشگاه ژنو بود؛293 اتهامی که هیچ‌گاه به آن پرداخته نشد تا چگونگی حضور او در این دسته روشن شود.
زمانی که امیرعباس هویدا به عنوانِ کارمند کمیساریای عالی پناهندگان به ژنو رفت، یکی از کسانی که با او رابطه برقرار کرد، احسان نراقی بود294 که این رابطه، به دوستی ناگسستنی مبدل شد که در بخشی مستقل به آن پرداخته خواهد شد.
امیرعباس هویدا، از اعضایِ اصلی تشکیلات بهائیت بود و پدرانش (میرزا رضا قناد و حبیب‌الله عین‌الملک)، از همراهانِ حسینعلی نوری و عباس افندی بودند. هویدا که از دو سالگی همراه با خانواده به بیروت رفته بود، در زمانِ تحصیلات دبیرستانی در آنجا، با حضور در دسته‌ای موسوم به «تمپلرها»، به حلقه‌ طرفدارانِ تشکیلِ دولت یهود در سرزمین فلسطین پیوست.295 به همین دلیل است که اشتغال او در کمیسیاریای عالی پناهندگان سازمان ملل، پوششی برای پنهان نگه‌داشتنِ عضویت وی در «شورای آمریکایی صهیونیسم»، موسوم به A . Z . L   تلقی شد.296
از دیگر افرادی که موردِ توجه احسان نراقی قرار داشت و رژیم اشغالگر قدس، کعبه‌ آمالِ او بود، خلیل ملکی است، که او نیز همچون احسان نراقی، از جداشدگان از حزب توده و شیفته‌«سوسیال دمکراسی‌ غرب» بود. همو بود که پس از تشکیل جامعه سوسیالیست‌ها، به همراه گلدامایر، به کشور فلسطین اشغالی رفت؛ با موشه‌دایان ملاقات کرد و به آنان سر سپرد و جامعه سوسیالیست‌ها و نشریات آن را در اختیار تبلیغ برای صهیونیست‌ها قرار داد. خلیل ملکی می‌گفت:
«اعراب با اسرائیل باید کنار آیند و از تکنیک و کارشناسان آن، برای پیشرفت منطقه استفاده کنند. روشِ دولت ایران خیلی معقول است و خیلی خوب در معامله با اسرائیل و کشورهای دیگر حساب کردند.»
به همین علت بود که در اداره کل سوم ساواک، درباره‌ او گفته شد:  «خلیل ملکی، همیشه از اسرائیل و روش سوسیالیستی آن دفاع و جانبداری می‌کرده... »
ارتباط خلیل ملکی با احسان نراقی به میزانی بود که اگر برای برخی از اعضای جامعه سوسیالیست‌ها مسئله‌ای پیش می‌آمد، برای حل مشکل به وی متوسل می‌شد:
«خلیل ملکی در مورد آزادی حسین تحویلدار، با دکتر نراقی تماس گرفته و ایشان قول داده‌اند که برای خلاصیِ تحویلدار، با مقامات سازمان امنیت ملاقات و قول داده است که صددرصد موفق خواهد شد... دکتر نراقی رئیس تحقیقات اجتماعی است و در دستگاه نفوذ زیادی دارد و با جامعه سوسیالیست‌ها نیز همکاری مؤثرِ غیرمستقیم می‌نمایند و در خیلی از مراحل به ما کمک کرده است.»297
«پس از اینکه با خروج ضیاء صدقی از کشور مخالفت شد، نامبرده توسط خلیل ملکی به دکتر نراقی متوسل و بالاخره موفق به کسب اجازه مسافرت به خارج گردید.»298
اظهار نظر صریح خلیل ملکی در خصوص این ارتباط نیز قابل توجه است:
«چندی پیش، آقای دکتر نراقی، استاد دانشگاه تهران، که از طرف دانشگاه و دولت، مأمور تحقیق و مطالعه در مورد دانشجویان ایرانی مقیم اروپا، به اروپا رفته بود، به ایران بازگشت و با من ملاقات نمود. ایشان اظهار داشتند: رفقایِ شما در اروپا، خیلی نسبت به من انتقاد می‌نمودند و اظهار می‌داشتند: تو آمریکایی هستی؛ در صورتی که من نسبت به شما وفادارم.»299
ناصر تکمیل همایون، از دیگر مرتبطین احسان نراقی بود، که در نحله‌ فکری خلیل ملکی قرار داشت و مدت چهار سال نیز با بورس دولت اسرائیل، در آن کشور تحصیل! کرده و سپس، با کمک مؤثر احسان نراقی، موفق به دریافت بورس تحصیلی از فرانسه، به مقدار 600 فرانک شده بود.300
وی در سال 1346ش، که تازه به پاریس رفته بود، به همراه ابوالحسن بنی‌صدر، از اعضای جبهه ملی سوم و از کسانی که «از طرفِ مؤسسه و شخص نراقی کمک‌هایی به آنها می‌شود»، معرفی شد301 و این درحالی بود که به دلیلِ ارتباط آشکار با صهیونیست‌ها، مورد اعتمادِ محافل دانشجویی نبود:
«پیروزجو که به منزل قوام‌نژاد رفته بود... اظهار نمود که ناصر تکمیل همایون آدم مطمئنی نیست. از یک طرف با نراقی ارتباط دارد و یکی از وردست‌‌های اوست، از طرف دیگر، با یهودی‌ها ارتباط دارد و بالاخره کارهای او مشکوک است. قوام‌نژاد سؤال نمود: چنانچه این اظهارات صحیح است، چرا بعضی از سردمداران جبهه ملی، امثال بنی‌صدر و حسین ملک به منزل ناصر تکمیل همایون می‌روند. پیروزجو گفت: آنها هم به تکمیل همایون مشکوکند.»302
ارتباط با رژیم اشغالگرِ قدس، به میزانی منفور بود که ساواک نیز در برخی از عملیات‌‌های خود، برایِ بدنام نمودنِ برخی افراد و یا کنترلِ آنان، از این ترفند، بهره می‌گرفت. به همین علت بود که در تیر ماه سال 1353ش، پرویز ثابتی که از رفقای احسان نراقی بود، اعلامِ انتساب او، به صهیونیست‌ها را در دستور کار قرار داد که به نظر می‌رسد این اقدام، با هدفِ ایجاد پوشش و کنترل فعالیت‌‌های او، صورت گرفته است:
«به فرموده، با توجه به اینکه احسان نراقی، ضمن تماس با جراید خارجی و مذاکره با دانشجویان منحرف ایرانی، علیه کشور به طور مداوم اقدام می‌نماید، در زمینه تضعیف وی، هرگونه اقدام لازم معمول و با انتشار اعلامیه محرمانه و مخفی و یا تظاهر در محافل، در مورد وابسته بودن نامبرده به شرکت و اسرائیل، طرح‌‌های لازم انجام و نتیجه گزارش شود.»303
این عملیات، زمانی برنامه‌ریزی شد که دو ماه پیش از آن، گزارش شده بود که احسان نراقی «از طرف عناصر دست چپ، به عنوانِ مأمور ساواک و سیا معرفی شده و هم از طرف آقای نخست‌وزیر و ساواک فردی مشکوک و غیرقابل اعتماد قلمداد شده است. مع‌هذا تحبیب از نامبرده زیانی نخواهد داشت و می‌تواند بلندگوی تبلیغاتی موافق باشد.»