در جوابیه دانشگاه تهران آمده است:
1. کلیات تأسیس مرکز مطالعات عالی انقلاب اسلامی در سال ۱۳۸۶ به تصویب هیئت امنای دانشگاه تهران رسیده و اساسنامه این مرکز در زمان تأسیس فقط به تصویب هیئت‌رئیسه وقت دانشگاه رسیده است، اما از آنجا که اساسنامه مزبور دارای ‌اشکالات شکلی و محتوایی متعددی بود، هیئت‌رئیسه کنونی دانشگاه بر اساس وظایف و اختیارات خود و با توجه به تقاضای سایر دانشکده‌های ذی‌ربط جهت مشارکت علمی و پژوهشی، با هدف بهبود و افزایش کیفیت و ارتقای جایگاه علمی و گسترش فعالیت‌های ملی و بین‌المللی مرکز، اساسنامه آن را بازنگری و اصلاح نموده است.
۲. از آنجا که ارتقای جایگاه بین‌المللی دانشگاه و حضور مؤثر در چرخه تولید علم و فناوری جهانی، نوآوری و حرکت به سوی دانشگاه ایده‌پرداز، کارآفرین و ارتقا جایگاه اخلاق و مسئولیت‌پذیری اجتماعی رئوس برنامه سوم راهبردی دانشگاه است، طبعاً برای تحقق آنها بازنگری و اصلاح و روزآمدسازی برنامه‌های مراکز و مؤسسات علمی و پژوهشی دانشگاه یک ضرورت و امری طبیعی است. همچنانکه در همین جهت در اساسنامه اصلاح‌شده مرکز مطالعات عالی انقلاب اسلامی نه تنها همچون گذشته از ظرفیت و توانمندی دانشکده حقوق و علوم سیاسی استفاده شده، که ظرفیت و توانمندی‌های دانشکده‌های الهیات و معارف اسلامی، علوم اجتماعی، معارف و اندیشه اسلامی، ادبیات و علوم انسانی و مطالعات جهان که هریک دارای استادانی برجسته و متخصص در حوزه مطالعات تاریخ و انقلاب اسلامی هستند، نیز بدان افزوده شده و رؤسای دانشکده‌های یادشده نیز جزء شورای سیاستگذاری این مرکز قرار گرفته‌اند. افزون بر این، رئیس‌نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه تهران نیز در اساسنامه اصلاحی در شمار اعضای شورای یاد شده قرار گرفته است. از این‌رو، ادعای «انتزاع آن از رشته علوم سیاسی و تبدیل آن به یک گروه فرعی در دانشکده معارف» از سوی آن رسانه نادرست و بی‌اساس است.
۳. در پاسخ به ادعای «جلوگیری از جذب دانشجوی فوق‌لیسانس و دکتری» در این مرکز نیز باید گفت که بر اساس سیاست کلی دانشگاه تهران، مراکز پژوهشی صرفاً از مسیر دانشکده‌ها امکان جذب دانشجو دارند و از این‌رو مرکز مطالعات عالی انقلاب اسلامی از این پس دانشجویان مورد نیاز خود را از طریق دانشکده معارف و اندیشه اسلامی و دیگر دانشکده‌های پشتیبان به صورت میان رشته‌ای جذب خواهد نمود.
۴. اساسنامه پیشین، فاقد تعیین مدت دوره مدیریتی برای رئیس ‌مرکز بوده که این ضعف آشکار، در اساسنامه جدید اصلاح‌ شده و بر اساس مقررات مصوب دانشگاه تهران، که حداکثر زمان مدیریت برای مدیران دانشگاه را تنها دو دوره سه ساله می‌‌داند، این ابهام نیز برطرف شده و ضمن تقدیر از زحمات دست‌اندرکاران پیشین مرکز، مدیری باتجربه و توانمند را به ریاست آن برگزیده است.
پاسخ کیهان:
الف- در مورد بند 1 اولا؛ آیا در قاموس مسئولان دانشگاه تهران، تبدیل یک مرکز آموزشی-پژوهشی مستقل از نوع یک (هم ردیف سایر دانشکده‌های دانشگاه، زیر نظر رئیس‌دانشگاه، با بودجه مستقل)، دارای هیئت علمی پیوسته تمام وقت و دارای دانشجو (به عنوان موتور محرک مرکز) به یک «مرکز پژوهشی صرف، زیر مجموعه مالی و اداری یک دانشکده، فاقد هیئت علمی تمام وقت (دارای هیئت علمی وابسته که تمرکز اصلی وی در امور علمی در جای دیگری است) و فاقد دانشجو» به معنای «ارتقاء جایگاه علمی» و بهبود کیفیت آن است؟ این در حالی است که استفاده از لفظ «عالی» در مصوبه هیئت امنا و تاکید هیئت‌رئیسه وقت به نوع یک و آموزشی بودن مرکز، نشان‌دهنده آن است که هدف ایجاد یک مرکز صرفا پژوهشی زیر مجموعه یک دانشکده نبوده و لذا مصوبه هیئت‌رئیسه دانشگاه حرکتی علیه رشد مرکز انقلاب اسلامی و مغایر اهداف هیئت امنای دانشگاه بوده است. ثانیا؛ آیا «تقاضای سایر دانشکده‌ها» اخراج هیئت علمی موجود و انحلال آن در یک دانشکده (تبدیل از مرکز عالی به دانی) بوده است؟ ثالثا، اگر مسئولان دانشگاه به نظر دیگران اهمیت می‌دهند چرا وفق اساسنامه لازم‌الاجرای مرکز به نظر شورای سیاستگذاری مرکز که قانونا و منحصرا حق پیشنهاد تغییر اساسنامه به هیئت امنا را دارد توجه ننموده است؟
ب- تبدیل مرکز به زیر مجموعه دانشکده معارف صراحتا در اساسنامه غیرقانونی قید گردیده و مشخص نیست تهیه کنندگان جوابیه، چه چیزی را «نادرست و بی‌اساس» دانسته‌اند؟
ج- هم‌اکنون مرکز مطالعات عالی انقلاب اسلامی به دلیل ماهیت بین رشته‌ای موضوع آن، علاوه‌بر دارا بودن هیئت علمی تمام وقت در رشته‌های علوم سیاسی، حقوق و ادبیات و نیز بورسیه در رشته تاریخ، دارای هیئت علمی وابسته از مراکز علمی خارج از دانشگاه تهران بوده و برخی اعضای پیشنهاد شده از سوی رئیس‌قانونی مرکز برای شورای سیاستگذاری جدید نیز – که متاسفانه از سوی رئیس‌دانشگاه برای آنان حکم صادر نشده است- عضو شورای عالی انقلاب فرهنگی و دارای تبحر در رشته‌های علوم اجتماعی و... هستند. با این حال، صرف عضویت دانشکده‌های مختلف محل اعتراض نیست بلکه ایراد آن است که اولا؛ چرا این تغییرات در اساسنامه، روال قانونی خود را از مسیر کارشناسی شده-شورای سیاستگذاری- و سپس تصویب هیئت امنا طی ننموده و ثانیا؛ صرف حضور عناصر متعدد ستادی در شورای سیاستگذاری یک مرکز علمی در حالی که مرکز یاد شده صرفا دارای هیئت علمی پاره وقت و پژوهشی و فاقد دانشجو باشد هیچ گاه منجر به تحقق شعارهای رویاپردازانه ذکر شده نخواهد شد و اگر نتیجه توطئه نباشد، حتما حاصل غفلت است. عضویت رئیس‌نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه تهران هم خدشه‌ای به استدلال‌های کیهان وارد ننموده و صرفا مغالطه برای فرار از پاسخ گویی است و با توجه به بی‌اطلاعی مسئولان نهاد از چنین تغییرات و انتصابی به نظر می‌رسد محملی برای توجیه اقدامات خلاف قانون باشد.
د- بند 3 جوابیه به خوبی نشان می‌دهد کدام ادبیات «آشفته» و «دارای ‌اشکالات شکلی و محتوایی متعدد» است: اولا؛مرکز مطالعات عالی انقلاب اسلامی بر اساس اساسنامه قانونی خود مرکز پژوهشی نیست و مجوز صادره وزارت علوم و دانشگاه تهران در سال 1393 برای جذب مستقیم دانشجوی کارشناسی ارشد و دکتری از سوی مرکز این مسئله را اثبات می‌کند لذا ممانعت ریاست دانشگاه از فراخوان جذب دانشجو پس از صدور مجوز برگزاری رشته کارشناسی ارشد، چیزی غیر از نوعی برخورد سیاسی با این مرکز و محرومیت هیئت علمی مرکز از امکان تدریس ظرف سه سال اخیر و مقاومت در برابر قانون را به ذهن متبادر نمی‌سازد، ثانیا؛ آیا این تناقض نیست در حالی که در اساسنامه اصلاحی مرکز فاقد هیئت علمی اصلی اعلام شده و هیچ‌گونه‌ اشاره‌ای به جذب دانشجو از سوی مرکز نشده است چگونه چنین ادعایی از سوی مسئولان دانشگاه می‌شود؟
هـ - اگرچه در متن خبرهای کیهان از لفظ‌«نفوذی» استفاده شده تا نشان دهد چنین اقداماتی نه از سوی مدیران اصلی دانشگاه بلکه نتیجه طراحی اندک افرادی است که در لایه نزدیک به مدیریت دانشگاه نفوذ کرده‌اند، لکن اگر نویسندگان جوابیه اصرار دارند که بار مسئولیت این اقدامات را بر عهده مسئولان قرار دهند، کیهان در این زمینه ادعایی ندارد.  کیهان در مورد مصادیق نفوذ در دانشگاه تهران گفتنی‌های زیادی دارد که در زمان خود به اطلاع ملت انقلابی ایران خواهد رسید. عجله نکنید! شب دراز است و قلندر بیدار!