به گزارش خبرگزاری فارس،عرفان قمی‌درباره فساد ناشی از معافیت مالیاتی مناطق آزاد گفت: «[معافیت مالیاتی] مناطق آزاد تجاری و ویژه علاوه‌بر اینکه درآمد‌های دولت را به شدت کاهش داده‌اند؛ بلکه بستر‌های فسادزایی همچون قاچاق، زمین‌خواری و ثبت شرکت‌های صوری را نیز ایجاد کرده‌اند.
این کارشناس اندیشکده سیاست‌گذاری اقتصاد تهران توضیح داد: «مثلاً در دو ماه گذشته ۱۲ هزار شرکت صوری در مناطق آزاد تجاری ثبت و شناسایی شده‌اند در هر حال وقتی که در یکسری از مناطق کشور معافیت مالیاتی اعمال می‌شود در شرایطی که سازوکار سامانه درست حسابی هم وجود ندارد درنتیجه شرکت‌های صوری در این مناطق ثبت می‌شوند و از معافیت‌های مالیاتی استفاده می‌کنند».
همچنین محسن زنگنه، عضو کمیسیون  برنامه و بودجه مجلس درباره این موضوع اظهار کرد: «اگر معافیت‌ را برای مناطق آزاد قرار دهیم و شرکت‌ها را تشویق کنیم که بروند در مناطق آزاد تولید کنند و بعد درنهایت کالایشان را داخل کشور بیاورند در عمل موجب تضعیف شهرک‌های صنعتی کشور خواهیم شد».
محمد عنبری، کارشناس اقتصادی هم درباره دلایل ایجاد مالیات بر ارزش‌افزوده یادآور شد: «ایده اجرای قانون مالیات بر ارزش‌افزوده (VAT) متعلق به آلمانی‌ها است. اعمال فشارهای آمریکا بر آلمان پس از جنگ‌های جهانی برای محدودیت‌های اقتصادی و نظامی و پیوستن آلمان به نظام تجارت جهانی، منجر به صفر شدن و کاهش شدید تعرفه صادرات و واردات کالاهای آلمانی شد، سپس آلمانی‌ها به فکر وضع پایه مالیاتی جدید به نام مالیات بر ارزش‌افزوده افتادند و میزان آن را برای کالاهای تولیدی خودشان ناچیز لحاظ کردند ولی برای کالاهای وارداتی عدد قابل ملاحظه‌ای قرار دادند تا کارکرد تعرفه گمرکی را به‌منظور کنترل و محدود کردن واردات پیدا کند».
با این وجود، احمد جمالی معاون اقتصادی دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد تجاری- صنعتی در توجیه معافیت مناطق آزاد از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده بیان کرد: «این قوانین با علم به اینکه مناطق آزاد خاص تجارت و‌ اشتغال هستند تدوین شده‌اند، معافیت از مالیات در این مناطق نیز برای جذب مشارکت مردم در این مناطق است».
این در حالی است که عبدالرضا ارسطو کارشناس اقتصادی درباره این موضوع معتقد است: «بر اساس ماده یک قانون چگونگی اداره مناطق آزاد، اهداف ایجاد و تشکیل مناطق آزاد به‌صراحت ذکرشده که آن‌هم عبارت است از تولید،‌ اشتغال و صادرات. اگر ما به فلسفه مالیات بر ارزش‌افزوده توجه ویژه‌ای داشته باشیم متوجه می‌شویم وضع مالیات بر ارزش‌افزوده در مناطق آزاد ارتباطی با این سه موضوع پیدا نمی‌کند؛ زیرا اولاً در مالیات بر ارزش‌افزوده به دلیل وجود مفهوم اعتبار مالیاتی تولیدکننده و فعال اقتصادی پرداخت‌کننده نهایی مالیات بر ارزش‌افزوده نیست و همه‌جا مالیات بر ارزش‌افزوده را درزمینه مالیات بر مصرف طبقه‌بندی می‌‌کنند». گفتنی است شفافیت جریان کالا و خدمات و همچنین افزایش درآمدهای مالیاتی دولت، از دیگر مزایای اخذ مالیات بر ارزش‌افزوده در مناطق آزاد است.