با قطعی شدن سهمیه ۲+۲ ایران در لیگ قهرمانان آسیا دو تیم استقلال خوزستان و ذوب آهن به صورت مستقیم در مرحله گروهی این بازی‌ها حضور خواهند داشت اما پرسپولیس و استقلال برای حضور در این مرحله باید از مراحل پلی آف و مقدماتی عبور کنند.مرحله گروهی لیگ قهرمانان آسیا در میانه آذر ماه قرعه کشی و در اوایل اسفند آغاز خواهد شد اما دیدار‌های مقدماتی و پلی آف که از بهمن ماه آغاز خواهند شد قرعه کشی نخواهد داشت و تیم‌ها بر اساس رتبه‌ای که فوتبال کشورشان در رنکینگ فنی ماه نوامبر AFC کسب کرده‌اند حریفان خود را خواهند شناخت.
مرحله اول مقدماتی
بر اساس ارزیابی‌های صورت گرفته پیش‌بینی می‌شود در مرحله اول مقدماتی که پنجم بهمن ماه استارت می‌خورد شش تیم حاضر در رقابت‌ها به مصاف هم خواهند رفت. در این مرحله تیم‌های B،A و C به ترتیب میزبان تیم‌های E.D و Fخواهند بود که سه تیم پیروز راهی مرحله دوم مقدماتی خواهند شد.
مرحله دوم مقدماتی
مرحله دوم مقدماتی لیگ قهرمانان در تاریخ ۱۲ بهمن برگزار خواهد شد و استقلال به عنوان نماینده کشورمان در این مرحله حضور خواهد داشت. استقلال با توجه به صدرنشینی ایران در رنکینگ در بین کشور‌های این مرحله (ایران، قطر، ازبکستان، عراق و سه نماینده صعود کرده از مرحله اول مقدماتی) در رنک نخست مرحله دوم مقدماتی قرار دارد و در این مرحله میزبان ضعیف‌ترین تیم راه یافته از مرحله اول مقدماتی خواهد بود. بر اساس جدول زیر در مرحله دوم مقدماتی تیم‌های A ،B وC با سه تیم راه یافته از مرحله اول مقدماتی دیدار خواهند کرد و تیم‌های D و E در مرحله دوم به مصاف هم خواهند رفت.به این ترتیب اگر در مرحله اول مقدماتی هر سه تیم A،B وC موفق به شکست دادن حریفان نه چندان قدرتمند خود (سه تیم آخر مرحله اول مقدماتی) شوند تیم «الوحده اردن» حریف استقلال در مرحله دوم پلی آف خواهد بود و اگر هر یک از تیم‌های دیگر پیروز شوند همان تیم مهمان استقلال در مرحله دوم پلی آف خواهد شد که مسلماً تیم دردسرسازی برای آبی پوشان نخواهد بود.
پلی آف
چهار تیم حاضر در مرحله پلی آف لیگ قهرمانان (الوحده، الفتح، پرسپولیس و الجیش) در تاریخ ۱۹ بهمن ماه میزبان تیم‌های راه یافته از مرحله دوم مقدماتی خواهند بود و تیم‌های پیروز راهی مرحله گروهی لیگ قهرمانان ۲۰۱۷ خواهند شد. در مرحله پلی آف استقلال ایران در صورت صعود از مرحله دوم مقدماتی به عنوان تیم رنک نخست این مرحله مهمان تیم رنک آخر پلی آف یعنی الجیش قطر خواهد بود و پرسپولیس به عنوان تیم رنک سوم پلی آف (با توجه به حضور ایران پشت سر امارات و عربستان در رنکینگ فنی ماه نوامبر AFC با تیم رنک دوم مرحله دوم مقدماتی السد قطر (در صورت صعود السد که کاملاً محتمل به نظر می‌رسد) روبرو خواهد شد.به این ترتیب استقلال در صورت صعود به پلی آف ۱۹ بهمن مهمان الجیش قطر در دوحه می‌شود و پرسپولیس در همین مرحله و در همین روز در صورت صعود السد از مرحله دوم مقدماتی میزبان این تیم قطری در تهران خواهد بود که رویارویی مرتضی پورعلی گنجی و ژاوی هرناندز ستاره اسپانیایی با شاگردان برانکو می‌تواند جذابیت‌های خاصی رقم بزند.