در پی رحلت رئیس‌مجمع تشخیص مصلحت نظام، حضرت آیت‌الله هاشمی رفسنجانی (رضوان‌الله‌علیه)، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت ایشان را تسلیت گفتند.
متن پیام به این شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
انّا لله و انّا الیه راجعون
با دریغ و تأسف خبر درگذشت ناگهانی رفیق دیرین، و همسنگر و همگام دوران مبارزات نهضت اسلامی، و همکار نزدیک سال‌های متمادی در عهد جمهوری اسلامی جناب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ اکبر هاشمی رفسنجانی را دریافت کردم. فقدان همرزم و همگامی که سابقه‌‌ همکاری و آغاز همدلی و همکاری با وی به پنجاه و نه سال تمام می‌رسد، سخت و جانکاه است. چه دشواریها و تنگناها که در این دهها سال بر ما گذشت و چه همفکری‌ها و همدلی‌ها که در برهه‌های زیادی ما را با یکدیگر در راهی مشترک به تلاش و تحمل و خطرپذیری کشانید. هوش وافر و صمیمیت کم‌نظیر او در آن سالها، تکیه‌گاه مطمئنی برای همه‌ کسانی که با وی همکار بودند به ویژه برای اینجانب به شمار می‌آمد. اختلاف‌نظرها و اجتهادهای متفاوت در برهه‌هایی از این دوران طولانی هرگز نتوانست پیوند رفاقتی را که سرآغاز آن در بین‌الحرمین کربلای معلّی بود به کلی بگسلد و وسوسه‌‌ خناسانی که در سال‌های اخیر با شدّت و جدیت در پی بهره‌برداری از این تفاوتهای نظری بودند، نتوانست در محبت شخصی عمیق او نسبت به این حقیر خلل وارد آورد.
او نمونه‌‌ کم‌نظیری از نسل اوّل مبارزان ضد ستم‌شاهی و از رنج‌دیدگان این راه پر خطر و پر افتخار بود.
سال‌ها زندان و تحمل شکنجه‌های ساواک و مقاومت در برابر این همه و آنگاه مسئولیت‌های خطیر در دفاع مقدس و ریاست مجلس شورای اسلامی و مجلس خبرگان و غیره، برگهای درخشان زندگی پرفراز و نشیب این مبارز قدیمی است.
با فقدان هاشمی اینجانب هیچ شخصیت دیگری را نمی‌شناسم که تجربه‌ای مشترک و چنین دراز‌مدت را با او در نشیب و فرازهای این دوران تاریخ‌ساز به یاد داشته باشم.
اکنون این مبارز کهنسال در محضر محاسبه‌ الهی با پرونده‌ای مشحون از تلاش و فعالیت گوناگون قرار دارد، و این سرنوشت همه‌ ما مسئولان جمهوری اسلامی است.
غفران و رحمت و عفو الهی را برای وی از صمیم قلب تمنا و به همسر گرامی و فرزندان و برادران و دیگر بازماندگان ایشان تسلیت عرض می‌کنم.
غفرالله لنا و له
سید‌علی خامنه‌ای
 ۱۹ دیماه ۱۳۹۵