پس از حضور محمدعلی نجفی به عنوان سرپرست وزارت علوم، جعفر توفیقی مشاور عالی رضا فرجی دانا وزیر عزل شده علوم از این وزارتخانه خداحافظی کرد. یکی از مدیران وزارت علوم در این باره به تسنیم گفت: توفیقی مشاور عالی وزارت علوم نبوده و به عنوان مشاور عالی وزیر علوم منصوب شده بود که طبیعتا پس از رفتن وزیر علوم وی نیز می‌رود.
گفتنی است یکی از مواردی که منجر به استیضاح فرجی دانا شد، انتصاب جعفر توفیقی به سمت مشاور ارشد وزیر علوم بود که مجلس شورای اسلامی آن را دهن‌کجی به نمایندگان تلقی کرد و نسبت به آن اخطار داد اما عدم توجه فرجی دانا به این مسئله یکی از مواردی شد که استیضاح وی را قوت بخشید.
به گزارش باشگاه خبرنگاران، بعد از کنار گذاشتن فرجی دانا از سوی مجلس، دولت سرپرستی وزارت علوم را به محمدعلی نجفی سپرد و وی به دلیل کم کردن حواشی ناشی از حضور جعفر توفیقی روز گذشته توفیقی را از سمت خود عزل کرد.