در سال ۱۳۶۴ و براساس برخی ملاحظات زمانی، تلاش‌هایی در بدنه وزارت بهداشت کشور مبنی بر جداسازی آموزش پزشکی از سایر رشته‌های علمی آغاز شد که این رویه تاکنون پا برجا مانده است؛ وضعیت منحصر بفردی که تقریباً در دنیا نمونه خارجی ندارد و براساس نظرات بسیاری از متخصصان خسارت‌های فراوانی را به دانش و معرفت کشور وارد کرده است.
هر چند بسیاری از مسئولان در پاسخ به چرایی تفکیک رشته‌های پزشکی از دیگر رشته‌ها در سال ۱۳۶۴ را ماجرای کمبود پزشک و ضرورت توجه ویژه به این حوزه عنوان می‌کنند که لازم الاجرا بود، اکنون نیز که تقریباً در این حوزه علمی کشور به توسعه قابل ذکری رسیده است، همچنان این جدایی طرفداران صاحب نفوذی دارد.
به رغم تلاش و نقش‌آفرینی‌های موثر کسانی که حامی تفکیک رشته‌های پزشکی از دیگر رشته‌های دانشگاهی هستند، هنوز هستند مدیران و مقامات صاحب نظری که به این مسئله به شدت اعتراض دارند و معتقدند موضوع تفکیک رشته‌های آموزش عالی از یکدیگر با روح معرفت علمی و سبک و سیاق جهانی آن همخوانی ندارد.
در آخرین اظهارنظر‌اتی که پیرامون این موضوع مهم شده است و رسانه‌ها به آن ورود کردند، دکتر محمود نیلی رئیس‌دانشگاه تهران نیز به این مسئله ورود کرد و در این باره با رسانه‌ها سخن گفت.
رئیس‌دانشگاه تهران گفت: آموزش پزشکی و غیرپزشکی باید با هم ادغام شوند؛ در هیج کجای دنیا تفکیکی میان این دو رشته وجود ندارد.
محمود نیلی احمد آبادی افزود: با توجه به تجارب کشور‌های موفق، رشته‌هایی که از هم جدا هستند باید در کنار یکدیگر قرار گیرند و اگر این امر صورت پذیرد می‌توانیم به نتایج ارزشمندتری برسیم.
وی ادامه داد: به نظر من آموزش پزشکی و غیرپزشکی باید با هم تجمیع شوند چراکه در هیچ کجای دنیا تفکیکی میان این دو رشته وجود ندارد.
رئیس‌دانشگاه تهران تأکید کرد: معتقدم توجیهی برای تفکیک رشته‌های پزشکی و غیرپزشکی در دانشگاه تهران وجود ندارد؛ در گذشته برای حل مشکل کمبود پزشک، آموزش پزشکی از غیرپزشکی را مجزا کردند، اما در این دو حوزه جدایی وجود ندارد.
نیلی احمدآبادی اضافه کرد: وزارت بهداشت تعداد محدودی دانشجو جذب می‌کند، به نظر من برای توسعه علمی کشور، توسعه فعالیت‌های بین رشته‌ای، ارتقای کیفیت آموزش و کاهش برخی هزینه‌ها این دو رشته باید با یکدیگر ادغام شوند.
این موضوع البته در بین جامعه پزشکی کشور مخالفات سر سختی دارد که به لطف آنها این رویه همچنان پابرجا باقی مانده است.
برای مثال اکبر رنجبرزاده نائب رئیس‌سابق کمیسیون بهداشت در این باره به رسانه‌ها گفت: جدا کردن آموزش پزشکی از وزارت بهداشت و الحاق آن به وزارت علوم یک اقدام کاملا غیرعلمی، نسنجیده و تضعیف‌کننده علوم و آموزش پزشکی محسوب می‌شود. این اقدام یک چرخش و عقب گرد به گذشته است که به صلاح و مصلحت آموزش پزشکی، علوم پزشکی، جامعه پزشکی و تحقیق و پژوهش و آینده این علم نیست.
علیرضا زالی رئیس‌سازمان نظام پزشکی کل کشور نیز در همین رابطه معتقد است: ادغام آموزش پزشکی با وزارت علوم، الگوی قدیمی و منسوخ شده در کشور‌های پیشرفته است. ادغام آموزش پزشکی با حوزه سلامت، دستاورد‌های بسیار ارزنده‌ای برای حوزه بهداشت و درمان جامعه و نظام سلامت کشور داشته است که کارشناسان خارجی برای ارزیابی وضعیت حوزه درمان به کشور می‌آیند نیز کاملا به این امر اذعان دارند. نیاز اصلی جامعه علوم پزشکی در حال حاضر تامین اعتبارات مناسب است و تغییرات مجدد مشکلی را رفع نخواهد کرد.
در این رابطه بررسی‌ها تقریباً نشان می‌دهد که اکثر پزشکان و به ویژه مقامات مسئول حوزه بهداشت با طرح ادغام آموزش عالی به شدت مخالف هستند، هر چند برخی مدیران سابق در این میان عمیق‌تر به ماجرا نگاه می‌کنند و با در نظر گرفتن مصالح کلان‌تر با این ادغام موافق هستند.
در حالی که مخالفان ادغام از عقب‌گرد در این حوزه و بازگشت به اصول اولیه هراس دارند، موافقان این مسئله که تقریباً شامل همه مدیران و مسئولان دانشگاهی غیرپزشکی است، این رویه را مخالف اصل اساسی معرفت بشری و نیز رویه‌های جهانی توصیف می‌کنند که به توزیع بی‌عدالتی در حوزه‌های معرفتی منجر شده است.
هر چند سخنان جدید رئیس‌دانشگاه تهران در این باب این موضوع را دوباره بر سر زبان‌ها انداخت، اما به نظر نمی‌رسد حداقل در آینده نزدیک و با توجه به نفوذ بالای برخی مخالفان در ساختار قدرت، در این حوزه و مکانیزم‌های موجود تغییری حاصل شود؛ وضعیتی که به تشدید بی‌عدالتی‌ها در سایر حوزه‌های معرفتی منجر خواهد شد.