به گزارش خبرگزاری فارس، نظام جامع مالیاتی یکی از ارکان سیستم اقتصادی کشور محسوب شده که از سال 89 وارد فاز اجرایی شد و قرار بود در سال‌های 95 و 96 تکمیل شود اما اخبار و اتفاقات نشان می‌دهد که نه تنها این طرح تکمیل نشده بلکه در گام‌های اولیه نیز همچنان با مشکلات عدیده‌ای روبه‌رو است. سازمان مالیاتی تاکنون راجع به پیشرفت این طرح و ابهامات نرم افزار یکپارچه گزارشی ارائه نکرده و مسئولان نیز حاضر به پاسخگویی نیستند.
در اسفندماه سال ۱۳۹۶یکی از نهادهای نظارتی گزارشی از پیاده‌سازی سامانه یکپارچه مالیاتی ارائه کرده که نشان می‌دهد سامانه از نواقص و اشکالات جدی برخوردار است. این گزارش خطاب به مسعود کرباسیان؛ وزیر امور اقتصادی و دارایی بوده و نشان می‌دهد برای اجرای یکی از ۳۷ پروژه طرح جامع مالیاتی و خرید یک نرم افزار تا اواخر سال ۹۶ بیش از ۱۲۰ میلیارد تومان هزینه شده است. در عین حال ابزار فلکس به عنوان هسته اصلی نرم افزار یاد شده از موضوعات دیگر است که کدهای اصلی آن در اختیار سازمان مالیاتی نیست.
در این گزارش مشخص شده گزارش‌های حسابرسی با آنچه حسابرسان به صورت دستی ثبت کردند همخوانی ندارد و نرم‌افزار ایریس (ERIS) نمی‌تواند درآمد مشمول مالیات مودی را محاسبه کند. این گزاره‌ها نشان می‌دهد نه تنها نرم‌افزار در بخش‌های ابتدایی فرآیند مالیاتی دچار نقصان بوده بلکه محملی برای باقی ماندن عدم شفافیت، برخوردهای سلیقه‌ای‌ و حتی بروز مفسده در مالیات‌ستانی است. ضمن اینکه این گزارش نشان می‌دهد مصرف کاغذ در سامانه یکپارچه مالیاتی با نرم‌افزار ایریس در مقایسه با سامانه‌های قدیمی سازمان بسیار بالاتر است.
در بخش دیگری از این گزارش که به حوزه کاری حسابداری مودیان باز می‌گردد مشخص شده است که صدور گواهی‌های مفاصا حساب مالیاتی برای مودی امکانپذیر نیست و  همچنین دریافت تاییدیه مشخصات هویتی مودیان از سامانه ثبت‌احوال بسیار زمان‌بر بوده و باعث اتلاف وقت زیاد مودیان و ماموران مالیاتی می‌شود.از دیگر اشکالات مربوط به سامانه عدم وجود امکان اعتراضات به مالیات بر ارث، عدم امکان اعتراض به ماخذ مالیات صفر و زیان اعلام شده،‌ عدم صدور برگ قطعی برای اظهارنامه‌های تایید شده، همزمانی و تداخل در فرآیند حسابرسی متمم و اعتراضات،‌ عدم امکان اعتراض در اظهارنامه‌های تکلیفی و حقوق  و نقل و انتقال املاک است. با توجه به عدم راه‌اندازی موتور، ریسک سامانه مذکور از هوشمندی لازم برخوردار نیست و نمی‌تواند شناسایی درستی با این دسته بندی‌ها داشته باشد.این گزارش نهاد نظارتی حاکی ا‌ست که پیش‌تر نیز مشکلات و نواقص طرح جامع مالیاتی و نرم‌افزار یکپارچه را به وزیر اقتصاد و مسئولان مربوطه گوشزد کرده بود اما رفع نشده است. کندی سرعت و طولانی بودن زمان رفع ایراد فرآیند‌ها و بازگشت مجدد نواقص قبلی در سامانه از دیگر موارد است.یکی از نقاط ضعف این سامانه عدم برقراری ارتباط با سامانه استخراج اطلاعات خرید و فروش و غیره بوده و به صورت هوشمند قادر به استخراج اطلاعات مودی در حال رسیدگی نیست. اطلاعات موجود نشان می‌دهد تنها  حدودا 27 درصد از بار پرونده‌های مالیاتی در سامانه یکپارچه مالیاتی رسیدگی می‌شود و اگر تمام پرونده‌ها در این سامانه بارگذاری شود تجهیزات جوابگوی این حجم از اطلاعات نیست.