جوابیه این صندوق به کیهان درحالی است که گزارش روزنامه مستند به گزارش رسمی دیوان محاسبات بوده و البته منطقی‌تر آن بود که پاسخ خود را به آن نهاد نظارتی ارسال می‌کردند. جوابیه صندوق نوآوری و شکوفایی به این شرح است؛ بودجه صندوق نوآوری و شکوفایی که از محل صندوق توسعه ملی با عنوان سرمایه تامین شده است یک مبلغ معین است که به صورت سرمایه در اختیار صندوق قرار دارد و لذا این صندوق دارای ردیف بودجه‌ای نیست و هیچ پولی به عنوان هزینه به صورت سالیانه برای این صندوق پرداخت نمی‌شود. به این ترتیب سرمایه صندوق می‌باید به صورت تسهیلات به شرکت‌های دانش‌بنیان پرداخت شود و پس از مدتی که آن شرکت به مرحله ثبات رسید و بازپرداخت تسهیلات دریافتی را آغاز نمود، اقساط عودت داده شده را به شرکت دیگری پرداخت می‌کنیم. ازسوی دیگر صندوق در پرداخت تسهیلات به شرکت‌ها مبلغ مصوب را یکجا به هیچ شرکتی پرداخت نمی‌کند. مثلا یک‌چهارم مبلغ را در مرحله اول پرداخت می‌کند و الباقی را به تناسب پیشرفت پروژه و پس از بازدید و تایید تیم نظارت در یک الی دو سال پرداخت می‌کند. صندوق نمی‌تواند با این مبالغ تعهدات طرح جدیدی را مصوب کند بلکه باید آنها را بلوکه و نگهداری کند تا زمان اقساط فرا رسد. علت این امر این است که مثل دستگاه‌های دولتی دیگر بدهکار به شرکت‌های دانش‌بنیان خصوصی نشود و آنها را ورشکست کند. وضعیتی که در کشور بسیار دیده می‌شود که شرکت‌های خصوصی به علت عدم پرداخت طلب‌های خود از بخش دولتی ورشکست شده‌اند. مجموع این مبالغ باقی‌مانده برای 2500 طرح جاری صندوق جمعاً حدود 800 میلیارد تومان می‌باشد. روشن است که صندوق نوآوری و شکوفایی این مبلغ را طبق اساسنامه خود در بانک‌ها سپرده‌گذاری می‌کند و براساس قانون، سود دریافتی را نیز به مبلغ سرمایه می‌افزاید.