معافیت‌های فراوان مناطق آزاد بستر مناسبی را برای سودجویان و فرصت‌طلبان فراهم کرده تا با واردات کالاهای قاچاق، سودهای نجومی و بادآورده را نصیب خود کنند.
 به گزارش مشرق، اظهارنظرهای مختلف نشان می‌دهد که وجود معافیت‌ها یکی از دلایل تسهیل قاچاق در این مناطق است؛ این موضوع آنقدر مهم و مخرب است که جواد معصومی، مدیرعامل اسبق منطقه آزاد اروند، «معافیت واردات کالای مسافری و ته‌لنجی» را شالوده شکل‌گیری مناطق آزاد قشم، کیش و چابهار بر اساس قاچاق دانسته و گفته است: «کار به جایی رسیده که بندر قشم اکنون با قاچاق کالا سرپا مانده و تعداد مراکز تجاری آن یک سوم پایتخت است».
وجود معافیت‌های وارداتی فراوان در کشورمان نیز با واکنش تند و منفی یکی از اعضای کمیسیون صنایع مجلس همراه بوده به گونه‌ای که این معافیت‌ها را در تمام دنیا ۵ الی ۶ مورد و در کشور ما ۷۶ مورد اعلام کرد.
سعید باستانی در این مورد گفته بود: «از جمله معافیت‌های کشور می‌توان به معافیت ته‌لنجی، ملوانی و کالای همراه مسافر و غیره‌اشاره کرد که با واردات کالا نه تنها هیچ عوارضی پرداخت نمی‌شود بلکه در هیچ جا هم ثبت و ضبطی از آنها صورت نمی‌گیرد. همه این ۷۶ نوع معافیت مالیاتی به صورت رسمی در کشور ما وجود دارد که در این میان سهم واردات از طریق ته‌لنجی بسیار بالا و حدود ۴ میلیارد دلار است».
از دیگر دلایل هموار شدن مسیر قاچاق در مناطق آزاد می‌توان به «عدم نظارت کافی و نبود کنترل در مبادی مناطق آزاد»‌اشاره کرد؛ در واقع کارشناسان بر این باورند که منفعت زیاد کالای قاچاق، شرایط کنترلی خاصی را می‌طلبد به گونه‌ای که مناطق آزاد کشورهای موفق همچون چین از آن بهره گرفته و بر این اساس، کالاهای وارداتی را از بدو ورود تا زمان خروج زیر ذره‌بین گمرک قرار داده و به صورت الکترونیکی رهگیری می‌شوند.
درخصوص میزان قاچاق کشور نیز آمار دقیق و قابل استنادی در کشور وجود ندارد؛ به عنوان نمونه ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز، میزان قاچاق کل کشور را 12/6میلیارد دلار اعلام کرده حال آنکه بسیاری از مسئولان، نمایندگان مجلس و کارشناسان آن را قبول ندارند و این میزان قاچاق را بیش از ۲۵ میلیارد دلار در سال عنوان می‌کنند. درخصوص مناطق آزاد هم این قضیه صادق است تا آنجا که برخی از کارشناسان با گلایه از شفاف نبودن آمار مناطق آزاد، علت این عدم شفافیت را مربوط به عملکرد نامطلوب این مناطق دانسته‌اند.
برای برآورد اولیه از میزان قاچاق با توجه به نبود آمار شفاف و متقن از سوی دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد، ناگزیر باید به اختلاف کالای ورودی و خروجی در برخی از مناطق آزاد همچون ارس تکیه کرد و آن‌را به عنوان مبنای پیش‌بینی میزان قاچاق از هفت منطقه آزاد قرار داد.
بر همین اساس اختلاف کالای ورودی و خروجی به منطقه آزاد ارس در سال۹۵ حدود ۲۰۰ میلیون دلار اعلام شده که برای مناطق آزاد ماکو و انزلی به علت محدودتر بودن وسعت بازارچه و تعداد غرفه‌های تجاری و غیره کمتر از این مقدار خواهد بود و برای منطقه آزادی همچون قشم بیشتر از این مقدار است؛ حال اگر میانگین را همان ۲۰۰ میلیون دلار قاچاق از هر منطقه در نظر بگیریم، می‌توان گفت حدود 1/4میلیارد دلار قاچاق از طریق ۷ منطقه آزاد کشور صورت می‌گیرد.
باید از مسئولان و نمایندگان مجلس به عنوان بازوی نظارتی کشور پرسید که چرا وجود این معضلات تاکنون به چشم نیامده و آیا با گذشت این همه سال از تاسیس مناطق آزاد، باز هم باید شاهد وجود قاچاق در این مناطق باشیم؟