دریابان علی شمخانی دبیر شورای عالی امنیت ملی با بیان اینکه برگزاری رفراندوم موجب شکل‌گیری تهدیدات جدید و شکننده علیه اقلیم  کردستان می‌شود، اظهار داشت: در شرایطی که عراق با تلاش و جانفشانی مردم این کشور اعم از عرب، کرد و ترکمن به مرحله پایانی پاکسازی خاک خود از لوث وجود تروریست‌های تکفیری نزدیک می شود این اقدامات که وجاهت و اعتبار قانونی نیز ندارد به طور قطع آثار ضدامنیتی برای منطقه، عراق به ویژه اقلیم کردستان خواهد داشت.به گزارش خبرگزاری صدا و سیما، وی با اشاره به نقش تعیین‌کننده، مؤثر و قابل توجه کردها در دولت عراق و ضرورت تداوم بهره گیری از این ظرفیت در مسیر تقویت ساختارهای امنیتی، اقتصادی و سیاسی در اقلیم کردستان افزود: رویکرد مخالف کشورهای همسایه عراق با برگزاری رفراندوم در اقلیم، شرایط پیچیده و دشواری را برای کردستان پس از رفراندوم ایجاد خواهد کرد.
دبیر شورای عالی امنیت ملی با تبیین اقدامات و فعالیت‌های سیاسی و دیپلماتیک جمهوری اسلامی ایران از طریق گفت‌وگوی نزدیک با مسئولان اقلیم کردستان، دولت عراق و همسایگان این کشور افزود: ایران به طور قطع صرفاً، دولت واحد، یکپارچه و فدرال عراق را به رسمیت می‌شناسد.وی با اشاره به موضع غیرقابل تغییر جمهوری اسلامی ایران در خصوص ضرورت حفظ تمامیت ارضی و وحدت سرزمینی عراق افزود: هرگونه خدشه به این اصل راهبردی، موجب بازبینی و تغییر جدی در روند همکاری موجود میان ایران و اقلیم کردستان عراق خواهد شد.شمخانی مشروعیت معابر و گذرگاه‌های مرزی جمهوری اسلامی ایران با مناطق اقلیم کردستان عراق را صرفا به دلیل وجود اقلیم به عنوان بخشی از عراق یکپارچه عنوان کرد و اظهار داشت: توافقات مرزی صرفاً با محوریت دولت مرکزی عراق پابرجاست و جدایی اقلیم کردستان از دولت مرکزی عراق به معنای مسدود شدن تمام معابر و گذرگاه‌های مشترک مرزی خواهد بود.
وی در بخش دیگری از اظهارات خود با اشاره به وجود توافقات نظامی و امنیتی میان ایران و اقلیم کردستان عراق خاطرنشان کرد: جدایی اقلیم کردستان از خاک عراق به مفهوم پایان یافتن تمام این توافقات خواهد بود و پس از آن ایران در چارچوب تأمین امنیت مرزهای مشترک در رویکرد خود برای مقابله با حضور و فعالیت ضدانقلاب ایرانی که در مناطقی از کردستان عراق تردد دارند به صورت جدی تجدید نظر می‌کند و با شیوه‌های کاملاً متفاوت نسبت به گذشته رفتار خواهد کرد.شمخانی با تأکید بر ضرورت تداوم گفت‌وگو برای حل و فصل مسائل موجود و تجدید نظر در اتخاذ تصمیمات شتابزده افزود: هنوز فرصت کافی برای مسئولان کردستان عراق برای اجابت دعوت‌های خیرخواهانه با هدف تأمین منافع جامعه کردی و کشور عراق و جلوگیری از شکل‌گیری روندهای ضد امنیتی در منطقه وجود دارد.
اشتباه راهبردی
همچنین بهرام قاسمی سخنگوی وزارت امور خارجه در گفت‌وگوی اختصاصی با الجزیره اظهار داشت برگزاری همه‌پرسی جدایی در منطقه کردستان ‌اشتباهی راهبردی است و امنیت و ثبات منطقه را تهدید می‌کند.
قاسمی با انتقاد از اصرار مقامات منطقه کردستان بر اجرای همه‌پرسی جدایی گفت که این مسئله با روند سیاسی در عراق در تضاد بوده و به همه تلاش‌های صورت گرفته در منطقه برای مقابله با تروریسم ضربه می‌زند.
وی با بیان اینکه هیچ کسی در منطقه نمی‌تواند از پیامدهای فاجعه‌بار همه‌پرسی احتمالی فرار کند، افزود: بزرگ‌ترین ذی‌نفع از این همه‌پرسی کشورهایی هستند که مشوق و حامی تقسیم کشورهای منطقه‌اند و تمایلی به برقراری امنیت و ثبات
در خاورمیانه ندارند.