لایحه برنامه ششم توسعه در حوزه کشاورزی از دو منظر محدود شدن کشاورزی و نفوذ محصولات تراریخته قابل نقد جدی است و ضعف‌ها و اشکالات بنیادی دارد که در ادامه به آن اشاره خواهد شد.
1- در سیاست‌های کلی نظام در بخش کشاورزی به صراحت توسعه پایدار کشاورزی مورد تاکید قرار گرفته و در بند 1 این سیاست‌ها آمده است: «توسعه پایدار کشاورزی با حفاظت از منابع طبیعی پایه تولید و صیانت و توانمندسازی منابع انسانی». ولی در بند الف ماده 10 شاهدیم که عدم توسعه سطح کل زیر کشت کشور و افزایش عملکرد در واحد سطح به بهانه مقابله با بحران کم‌آبی کشور پیشنهاد شده است که مخالف توسعه پایدار در بخش کشاورزی محسوب می‌شود. افزایش عملکرد در واحد سطح در کشت‌های آبی نه تنها موجب ارتقای بهره‌وری آب نمی‌شود، بلکه عموماً هدر رفت آب را بیشتر می‌کند. همچنین «کم آبیاری» اقدام اجرایی جهت ارتقای بهره‌وری آب بوده که عملکرد در واحد سطح را کاهش می‌دهد.
2- مهم‌ترین سر فصل ایرادات در حوزه کشاورزی لایحه برنامه ششم، تهدید امنیت غذایی و قانونی شدن نفوذ می‌باشد. قانونی‌سازی تولید محصولات تراریخته (دستکاری شده ژنتیکی) در کشور از جنجالی‌ترین موارد لایحه است، تولید محصولات کشاورزی‌ای که به عنوان یک «سلاح» تمام‌عیار علیه ملت‌ها و حتی برای «عقیم‌سازی نسل‌ها» مورد استفاده قرار می‌گیرد در دولت تدبیر و امید برای قانونی‌سازی به مجلس ارائه شده که یک پسرفت بیوتکنولوژیک کشاورزی محسوب می‌گردد تا نشان دهد توسعه‌گرایان برای تولید بیشتر محصولات کشاورزی حاضر هستند ایمنی زیستی را در ایران به ورطه نابودی بکشانند.
«محصولات غذایی دستکاری شده ژنتیکی» یا همان محصولات تراریخته در بخش «راهبردها، سیاست‌ها و اقدامات اساسی بخش علم و فناوری» برنامه ششم توسعه، ذیل عنوان «اقدام اساسی» بصورت «تولید و تجاری‌سازی انبوه کودهای زیستی و سموم زیستی و محصولات تراریخته با اولویت برنج و پنبه تراریخته» به ‌بهانه توسعه فناوری‌های نو بدون در نظر گرفتن معایب این محصولات، گنجانده شده تا شکل قانونی و رسمی به خود بگیرد.
3- آنچه از لایحه برنامه ششم برمی‌آید متمرکز بودن برنامه‌ریزی در دولت است و برای تمامی 600 دشت کشور یک نسخه تجویز شده؛ درحالی که این دشت‌ها در اقلیم‌ها و توان اکولوژیک مختلفی قرار دارند و ظرفیت‌های کشاورزی در بخشی از این دشت‌های کشور معطل مانده است. عقل سلیم حکم می‌کند پیشنهادهایی چون عدم توسعه سطح زیر کشت را نمی‌توان برای این دشت‌ها قانونی کرد. همچنین در لایحه هدف‌گذاری مبتنی بر شاخص‌های اساسی چون تولید، واردات، ذخیره‌سازی و متوسط رشد اقتصادی صورت نگرفته است.
4- کاهش حداقل 20 درصدی آب‌های تخصیص یافته به بخش کشاورزی از شبکه‌های آبرسانی پشت سدهای کشور (با بروز‌رسانی و ساخت کانال‌های مدرن) و افزایش سهم 50 درصدی بودجه تملک دارایی فعالیت‌های آبخیزداری و آبخوان‌داری در پنج سال آتی منجر به مدیریت منابع آبی کشور برای مقابله با بحران کم‌آبی می‌شود که ذکر آن در لایحه می‌تواند مثمر ثمر باشد.
5- بند 6 و 7 سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی به افزایش تولید کشاورزی و کاهش وابستگی در محصولات راهبردی اشاره می‌کند. در این بندها آمده است:
«شش - افزايش توليد داخلي نهاده‌ها و كالاهاي اساسي (بويژه در اقلام وارداتي)، و اولويت دادن به توليد محصولات و خدمات راهبردي و ايجاد تنوع در مبادي تأمين كالاهاي وارداتي با هدف كاهش وابستگي به كشورهاي محدود و خاص.
هفت - تأمين امنيت غذا و درمان و ايجاد ذخاير راهبردي با تأكيد بر افزايش كمي و كيفي توليد (مواد اوليه و كالا).»
این در حالیست که لایحه برنامه ششم توسعه با هدف محدود کردن کشاورزی نگارش شده است. در لایحه برنامه ششم از سویی تولید محصولات تراریخته که امنیت غذایی کشور را زیر سوال می‌برد، توسعه می‌یابد و از سویی محصولات کشاورزی غیرتراریخته محدود می‌شود که این نه تنها مخالف بند 6 و 7 سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی است بلکه با اصل 3 و 43 قانون اساسی نیز در تناقض است.
ارتباط ضعيف لايحه با سیاست‌هاي كلي برنامه ششم و سیاست‌هاي كلي اقتصاد مقاومتي و اشکالات محتوایی در بخش کشاورزی‌، وظیفه نمایندگان مجلس را در بررسی لایحه در این حوزه سنگین‌تر کرده است و با توجه به ارتباط مستقیم بندهایی از برنامه با امنیت غذایی و ملی کشور ورود کمیسیون‌های بهداشت، کشاورزی و امنیت ملی مجلس نیز برای بررسی موشکافانه این بندها ضروری به نظر می‌رسد.