شهید آقابابایی اردیبهشت ۶۴ فرمانده تیپ ۱۱۰ شهید بروجردی و یک‌سال بعد معاون طرح و عملیات قرارگاه حمزه شد که نقش مهمی را در عملیات‌های کربلای ۱ و ۲، انهدام پالایشگاه کرکوک و همچنین دو عملیات دیگر کربلای ۴ و ۵ ایفا کرد. او اردیبهشت ۶۶ به فرماندهی تیپ ۱۸ الغدیر یزد منصوب شد و تا آخر جنگ در این‌سمت ماند. تیپ الغدیر سه‌سال پس از شروع جنگ با حمایت مردم تشکیل شد. آقابابایی پس از پذیرش قطعنامه ۵۹۸ علاوه‌بر این‌سمت، فرماندهی سپاه استان یزد را هم به عهده گرفت.

آقابابایی در سال‌های جنگ مجروح شد و شدیدترین جراحتش مربوط به بمباران‌های شیمیایی دشمن در عملیات کربلای ۵ بود که در نهایت باعث بیماری و شهادتش در سال ۱۳۷۵ شد. او در طول جنگ برای تحصیل در دانشگاه پذیرفته شد اما مشغله جنگ و دفاع باعث شد دانشگاه را رها کند و به جبهه بازگردد.

کتاب «مرد شماره یک» که مطالبش در گفت‌وگو با دوستان، نزدیکان و همرزمان شهید آقابابایی تهیه و تدوین شده، ۷ فصل دارد که خاطرات مختلف از این‌شهید را در خود جا داده‌اند. این‌هفت‌فصل به این‌ترتیب‌اند: «آتش جاویدان»، «فرزند کردستان»، «کسی را پشت سر جا نگذار»، «چطوره که شما چکمه نداری؟»، «سرفه‌هایی که می‌سوزند»، «آسمان سرخ» و «مرد شماره یک».