جعفر توفیقی که مدتی سرپرست وزارت علوم نیز بود در مصاحبه با روزنامه آرمان گفت: در آن مقطع من کار خود را آغاز کردم. مباحثی مطرح شد از جنس مسائل سیاسی که فراز و نشیب‌هایی داشت و در نهایت به این جمع‌بندی رسیده بودند که شاید شرایط برای معرفی من هنوز مهیا نیست و تصمیم گرفتند که آقای دکتر فرجی دانا را معرفی نمایند. اینکه جزئیات جمع‌بندی چه چیز بوده است واقعاً مطلع نیستم ولی بالاخره اعتقاد دارم با سابقه و تجربه‌ای که ایشان دارند قطعاً به این جمع‌بندی رسیده بودند که در آن شرایط به مصلحت نیست که من را معرفی کنند.
این حامی فتنه‌گران ضمن تحریف صورت مسئله نمایندگان با جریان ساختارشکن و آشوب‌طلب مدعی شد: بحث مخالفت‌ها در دولت یازدهم با شخص نیست بلکه با هر تفکری است که می‌خواهد تغییر و تحولی در سیاست‌های گذشته ایجاد کند.
وی در عین حال ضمن اظهاراتی که نقیض ادعای وی است اذعان کرد: افرادی این مخالفت‌ها را نمایندگی می‌کنند که خواستار تثبیت آن سیاست‌ها هستند کما اینکه شما می‌بینید بعد از من آقای فرجی‌دانا می‌آید و از این مجلس رأی اعتماد می‌گیرد و حتی می‌خواهم بگویم مخالفت‌های با ایشان نسبت به من بیشتر هم شده بود، چرا؟! چون دکتر فرجی دانا وارد فاز عملیاتی آن برنامه‌ها شده بود. یعنی آقای دکتر فرجی‌دانا سیاست‌ها و برنامه‌های دکتر روحانی را نمایندگی می‌کرد و در راستای پیاده‌سازی آن سیاست‌ها گام برمی‌داشت لذا می‌بینیم که ایشان نیز با مشکل مواجه می‌شود بدیهی است که بحث توفیقی، فرجی دانا و میلی‌منفرد نیست بلکه مشکل سیاست تغییر است و در این راستا هر شخص دیگری نیز بخواهد این سیاست‌ها را پیگیری نماید با مخالفت آن جناحی که خواستار تداوم سیاست‌های گذشته هست، مواجه خواهد شد.
وی در پاسخ این سؤال که «عنوان می‌کنید این مخالفت‌ها به دلیل مخالفت با یک جریان فکری است سؤال اینجاست که چرا برای مخالفت با سیاست‌ها و جریان فکری دائماً از مسائل سال 88 استفاده می‌کنند؟» گفت: پاسخ واضح است، چرا که ابزار دیگری در دست ندارند. ببینید من رزومه فعالیت‌هایم در شش الی هفت سال گذشته کاملاً مشخص است و دیدگاه‌های بنده و تلاش‌هایی که در سال‌های گذشته برای توسعه کشور و آموزش عالی شده است، مشخص می‌باشد و هیچ نکته مبهمی در آن وجود ندارد.
توفیقی افزود: این سؤال جالبی است که چرا تنها بحث سال 88 مطرح می‌شود؟! به نظر من به این دلیل که غیر از آن هیچ مستمسکی وجود ندارد و این تنها بهانه‌ای است که می‌توانند به آن اتکا جویند و این مخالفت‌ها را رقم بزنند. بنابراین باید از مخالفان پرسید به جز 88 مسأله دیگری برای گفتن دارند یا خیر؟! از این رو چون نمی‌خواهند به صراحت اعلام کنند با این رویکردها مخالف هستند فرد را دستاویز قرار می‌دهند تا بتوانند از آن طریق خواسته خود را پیگیری نمایند.
توفیقی توضیح نداد که اگر مجلس موضع جناحی داشت چرا به فرجی‌دانا رأی اعتماد داد؟ و آیا نقش‌آفرینی در پروژه نیابتی آشوب را می‌توان در زمره مسائل جناحی دسته‌بندی کرد؟
رهبر معظم انقلاب در دیدار اعضای هیئت دولت در این زمینه تأکید کردند: علایق اعضای دولت به برخی جناح‌های سیاسی اشکالی ندارد اما دولت و اعضای آن نباید اسیر جناح‌بندی‌ها شوند... در موضوع جناح‌بندی‌های سیاسی همواره تأکید بر رفاقت و انس با یکدیگر است اما در برخی موارد مسئله متفاوت است و باید حتماً خطوط قرمز و خطوط فاصل رعایت شوند. مسئله فتنه و فتنه‌گران از مسائل مهم و از خطوط قرمز است که آقایان وزرا باید همان گونه که در جلسه رأی اعتماد خود به فاصله‌گذاری با آن تأکید کردند همچنان به آن پایبند باشند.
یادآور می‌شود توفیقی 26 خرداد 88 در مسجد دانشگاه تهران ضمن سخنرانی در جمع دانشجویان به دروغ تقلب دامن زده و مدعی شده بود «عمق تأسف جایی است که این 24 میلیون رأی من و شما به اسم چه کسانی رفت. واقعاً این تأسف و تأثر بسیار گسترده است که ما رأی مهندس موسوی را بگیریم و به اسم کسانی بنویسیم که انقلابیون چند روزه هستند». این اظهارات گزافه و تحریک‌آمیز دروغی بود که بعدها کسانی چون خاتمی و تاج‌زاده و ابطحی و... تأکید کردند تقلب 11 میلیونی امکان ندارد. با این وجود شیطنت افراطیون فتنه‌گر موجب ایجاد التهاب و خسارت‌های سنگینی به کشور و مردم -و جان باختن عده‌ای- شد و هیچ عجیب نیست که متهمان آن خیانت بزرگ امروز ادعا کنند آن ماجرا چیز مهمی نبود!
همین طیف حد فاصل سال‌های 76 تا 88 -از جمله در سال 78- به انحاء مختلف کوشیدند جوانان دانشجو را در جهت باج‌خواهی و آشوب‌افکنی سربازگیری کنند و مراکز علمی کشور را به اتاق جنگ تبدیل کنند.