کامران پورعباس
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در تدبیر مسائل جنگ به صورت فعالانه به ایفای نقش پرداختند. 
ایشان ساعاتی پس از شروع حمله به خاک کشورمان، اولین اطلاعیه در مورد تجاوز ارتش بعث عراق به ایران را تهیه و از رادیو به اطلاع مردم رساندند.
در دومین روز شروع جنگ در جلسه‌ای که در ستاد مشترک ارتش برای بررسی چگونگی برخورد با تجاوز نظامی عراق تشکیل شد، حضور یافتند و آنگاه که قرار شد یک نفر از آنها برای بررسی مسئله به جبهه‌های جنگ برود، نخستین شخصیتی که این پیشنهاد را پذیرفت حضرت آقا بودند.
در ۵ مهر ۱۳۵۹ پس از اجازه امام خمینی در کسوت یک نظامی در جبهه‌های جنگ حضور یافتند تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقه مورد تجاوز نیروهای عراقی تهیه و به سازماندهی نیروها برای مقابله با دشمن کمک نمایند.
نقش محوری و راهبردی در جبهه
بر این اساس عازم جبهه جنوب شدند و در عقب راندن نیروهای متجاوز عراق از منطقه عمومی اهواز و همچنین عملیات شکست حصر سوسنگرد در ۲۶آبان ۱۳۵۹، نقش محوری و راهبردی ایفا نمودند. در اوایل سال ۱۳۶۰ نیز در جبهه‌ غرب حضور داشتند.
مدیریت بسیج مردمی
مدیریت قوای مردمی در جبهه‌های جنگ موضوع مهمی بود که حضرت آقا به ساماندهی آن پرداختند. ایشان با حضور در میان رزمندگان، روحیه مضاعفی به آنها منتقل می‌کردند و مهم‌تر از آن، بسیج مردمی را مدیریت می‌کردند.
سردار نقدی به حضور آیت‌ا‌لله خامنه‌ای «در میان رزمندگان سپاه تهران در غرب کشور و در مناطق سرپل‌ذهاب، قصر‌شیرین، گیلان ‌غرب و بازی‌دراز، همچنین عشایر منطقه‌ دالاهو» در اوایل جنگ ‌اشاره می‌کند و ادامه می‌دهد: «این حضور برای عشایر آن منطقه که روحیه‌شان به دلیل پیشروی‌های اولیه‌ دشمن در خاک کشور از دست رفته بود، بسیار روحیه‌بخش و امیدوارکننده بود. عشایر به یُمن همین حضور، جان تازه‌ای گرفتند و مجدداً اسلحه گرفتند و بسیج شدند.» سردار نقدی حضور آیت‌الله خامنه‌ای در میان عشایر را مبنای تأسیس بسیج عشایری می‌داند و می‌گوید: «بسیج عشایری اساساً از آن‌جا شکل گرفت که تا آخر جنگ هم در منطقه‌ دالاهو و کِرِند بسیار نقش‌آفرین بود.»
روشنگری در سنگر نماز جمعه
حضرت آقا پس از یک هفتـه حضور در جبهه‌هـای جنوب، بـرای اقامه نماز جمعه بــه تهران باز می‌گردند و در خطبه‌ها گزارشـی از وضعیت جبهه‌ها ارائه می‌دهند و تا پایان جنگ همواره در سنگر نماز جمعه ضمن ستایش روحیه دلاورمردی ملت و رزمندگان ایران، به روشنگری ابعاد مختلف جنگ می‌پرداختند.
حضور مستمر در جبهه‌ها
حضور در جبهه‌ها جز برای اقامه نماز جمعه تهران، دیدار و گزارش به امام یا جلسات ضروری و سفرها و سخنرانی‌های لازم، مستمر بود.
ایشان در چندین عملیات نظامی و یا طراحی آن شرکت نمودند.
پشتیبانی و تأمین نیازهای تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیت‌های‌شان در صحنه نبرد بود.
راه‌اندازی ستاد جنگ‌های نامنظم
در همان روزهای ابتدایی جنگ، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه شهید چمران، ستاد جنگ‌های نامنظم را راه‌اندازی کردند تا پیشروی دشمن متوقف شده و پشتیبانی قوی‌تری از مدافعان خرمشهر و آبادان صورت گیرد.
بیشتر وقت ایشان در جبهه‌ها صرف هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگ‌های نامنظم
می‌شد.
از اقدامات ویژه این ستاد، تشکیل گروه‌های نظامی مخصوص شکار ‌تانک بود.
پشتیبانی از جبهه‌ها
ایشان در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری داشتند و در تقویت نیروهای نظامی مردمی مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیه نیازمندیهای فنی و تجهیزاتی‌شان نقش بسیاری ایفا نمودند.
از دیگر تلاش‌های ایشان ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود.
حضور کارساز در شورای عالی دفاع
به فرمان امام خمینی در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ شورای عالی دفاع عهده‌دار کلیه امور جنگ گردید.
آیت‌الله خامنه‌ای براساس حکم امام در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نماینده امام در این شورا و نیز سخنگوی آن بودند و در این مدت مشاور امام خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بودند.
ایشان معمولاً در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع درباره مباحث و تصمیمات شورا مصاحبه مطبوعاتی انجام می‌دادند و تصمیمات شورا را به اطلاع مردم می‌رسانیدند.
حضور ایشان در شورای عالی دفاع، بسیار کارساز بود. صدور نامه تهدیدآمیز برای شکست محاصره سوسنگرد و جلوگیری از سقوط آن، نمونه‌ای از تصمیم‌های ماندگار ایشان است. همچنین حمایتشان از طرح عملیات ثامن‌الائمه موجب تسریع در روند شکست حصر آبادان شد.
سرلشکر سید حسن فیروزآبادی در این خصوص می‌‌گوید:
«همت مضاعف آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان نماینده حضرت امام در شورای عالی دفاع در انجام عملیات آفندی آزادسازی سوسنگرد و خنثی كردن نقش كارشكنانه بنی‌صدر و حاكم كردن فرمان امام خمینی، به حفظ اهواز و جلوگیری از سقوط حتمی آن انجامید و راه را برای طراحی و اجرای عملیات پیروز فتح‌المبین، طریق‌القدس و آزادی سرزمین‌های‌اشغال شده و بیت‌المقدس هموار ساخت.»
در عملیات شکستن حصر آبادان حضور مستقیم داشتند و در مورد خرمشهر نیز اعتقاد داشتند که با اتخاذ تدابیر نظامی درست می‌توان از سقوط آن جلوگیری کرد. حتی در این زمینه نامه‌ای به ابوالحسن بنی‌صدر، رئیس‌جمهور و فرمانده کل قوای وقت نوشتند و هشدار دادند که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف خرمشهر، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد. اما، بنی‌صدر توجهی نکرد.
جنگ، مهم‌ترین موضوع دوران ریاست‌جمهوری
در دو دوره ریاست‌جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، جنگ در رأس امور و مهم‌ترین موضوع کشور بود.
از ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۴ تحولاتی در صحنه جنگ پیش‌ آمد و در مجموع موازنه در جبهه‌های جنگ به سود ایران تغییر یافت. نیروهای عراقی از بیشتر سرزمین‌های ‌اشغال ‌شده بیرون رانده شدند و با وحدت‌نظر مسئولان ارشد کشور ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس‌شورای عالی دفاع، سلسله عملیات‌های نظامی، طراحی و اجرا شد.
پشتیبانی در عملیات‌های دفاع مقدس همچنین رفع مشکلات جنگ از ویژگی‌های اثرگذار حضور میدانی حضرت‌آقا در میدان جنگ بود. ایشان تلاش ویژه‌ای در تأمین امکانات جبهه‌ها داشتند.
همزمان حضور دیپلماتیک ایران در عرصه بین‌المللی نیز بیشتر و فعالتر شد.
ایشان طی هفت سال از مجموع هشت سال دوران ریاست‌جمهوریشان که مقارن با جنگ بود، بخش زیادی از مذاکرات خارجی را به مذاکره با هیئت‌های حسن‌نیت صلح که از سوی سازمان‌های بین‌المللی، اسلامی و منطقه‌ای و یا با شخصیت‌های مهم بین‌المللی و منطقه‌ای که مأموریت میانجی‌گری داشتند، اختصاص دادند.
در دوره ریاست‌جمهوری به دلیل مخالفت
امام خمینی با حضور در جبهه‌های جنگ، به برخی حضورها و بازدیدهای محدود اکتفا نمودند، اما در مقطع پایانی جنگ و پس از قبول قطعنامه، وضعیت وخیم جبهه‌ها ایشان را ناگزیر کرد تا پس از کسب موافقت امام برای ایجاد تحولی عظیم به جبهه‌ها رهسپار شوند.
حضرت آقا در دوره ریاست‌جمهوری رئیس‌شورای عالی پشتیبانی جنگ بودند. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در سال ۱۳۶۵ و به منظور بکارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام اقدامات مؤثر در بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندیهای جبهه‌های جنگ تشکیل شد.
امام خمینی در پاسخ به استعلام ایشان در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶، مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم‌الاجرا اعلام نمودند.
بازسازی روحیه‌ها پس از پذیرش قطعنامه
در تابستان ۱۳۶۷ و در آخرین سال ریاست‌جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، با پذیرش قطعنامه ۵۹۸ توسط ایران، جنگ به پایان رسید.
پس از پذیرش قطعنامه ۵۹۸ از سوی حضرت امام خمینی و پیش از اعلام رسمی آن، جلسه‌ای به ریاست حضرت آقا و با حضور مسئولان عالی‌رتبه نظام برای تبیین عوامل و دلایل پذیرش قطعنامه از سوی امام برگزار گردید.
امام خمینی در پیامی قبول قطعنامه را مسئله‌ای بسیار تلخ و ناگوار و به دلیل مصلحت انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام نمودند.
به دنبال این تصمیم، حضرت آقا به عنوان رئیس‌جمهور در نامه‌ای در تاریخ ۲۷ تیر ۱۳۶۷ به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرزدکوئیار، پذیرش قطعنامه‌ ۵۹۸ سازمان ملل از سوی ایران را اعلام نمودند.
با اعلام پذیرش قطعنامه نگرانی‌های جدی بابت ضعف روحیه مردم و رزمندگان وجود داشت.
در چنین شرایطی بار دیگر ایشان وارد صحنه شدند و کمتر از یک هفته پس از پذیرش قطعنامه در خطبه‌های نماز جمعه تهران ملت و رزمندگان ایران را پایه‌گذاران «یک غرور ملی تمام نشدنی و پایان ناپذیر» معرفی نموده، از عظمت‌های جنگ گفته و مردم و رزمندگان ایران را «سرافرازان» تاریخ خواندند که توانستند با جان و دل از خاک و ناموس خود دفاع کنند.
ایشان در مرداد 67 نیز در جمع رزمندگان از توانمندیهای رزمندگان اسلام صحبت نمودند.
در روزهای پایانی جنگ که سازمان منافقین با پشتیبانی آمریکا و رژیم بعث به خاک ایران هجوم آوردند، حضرت آقا کوشیدند تا بسیج عمومی حفظ شود و با بسیج نیروها، حمله منافقین در عملیات مرصاد متحمل شکست سختی شد.
این حضور میدانی و این شیوه مدیریتی، آثار و برکات بسیاری داشت و موجب گره‌گشایی‌ها و بن‌بست‌شکنی‌های گسترده در جنگ بود و یکی از مهم‌ترین عوامل پیروزی در جنگ شد.
آقازاده‌های خاص و جهادگر و گمنام
متأسفانه وقتی این روزها اسم آقازاده می‌آید، ذهن همه به سمت و سوی پارتی‌بازی، رفتارهای قبیله‌گرایانه و باندبازی، پست و مقام گرفتن‌های بی‌قاعده، سوءاستفاده، رانت، اختلاس و مفاسد اقتصادی می‌رود.
اما آقازاده‌هایی داریم استثنایی که خاص و جهادگر هستند و گمنام در جبهه‌ها سلحشوری و حماسه‌آفرینی نمودند.
دو پسر از فرزندان آیت‌الله خامنه‌ای به نام‌های
آقا مصطفی و آقا مجتبی که در آن برهه در سن جوانی بودند، جان‌برکفانه و شهادت‌طلبانه در جبهه‌های نبرد حق علیه باطل جهاد نمودند.
ساده و جان بر کف
سردار کوثری فرمانده لشکر 27 محمّد رسول‌الله(ص) در دوران جنگ تحمیلی نقل می‌نماید: 
«حضرت آقا مقید به اجرای قانون بودند و خلاف آن عمل نمی‌کردند، وقتی فرزندانشان 17 ساله شدند به جبهه فرستادند.
من از حضور این‌ها در لشکر اطلاعی نداشتم. شنیده بودم که آقا مصطفی در تیپ 15 خرداد توپخانه بوده است، اما نمی‌دانستم هر دوی اینها در لشکر ما هستند.
قبل از عملیات کربلای یک من دائم به خط سر می‌زدم. یک روز یک بسیجی با صورت خاک و خولی دیدم که لباس بسیجی بر تنش زار می‌زد و داشت جعبه مهمات جابه‌جا می‌کرد.
فرمانده گردان گفت: ایشان آقامجتبی فرزند حضرت آقا هستند. من مانع کارش نشدم و گذاشتم در همان گردان یعنی گردان حبیب بماند.» 
سردار کوثری می‌افزاید:
«سال 66 متوجه شدم که آقا مصطفی به جبهه آمده است، آن وقت او را پیش خودمان نگه داشتم و چون طلبه بود پیش نماز ما در مقر لشکر شد. البته این بار با یک فامیلی دیگری آمده بود تا به راحتی بتواند کارهایش را همچون بسیجی‌ها انجام بدهد.
اما حضرت آقا یک پیغامی داده بودند که فرزندانم اگر شهید شدند، عیبی ندارد، اگر مجروح یا جانباز هم شدند عیبی ندارد، اما سعی کنید اسیر نشوند.
[سالها بعد از جنگ] سردار محقق، فرمانده گردان حبیب که رئیس‌ستاد لشکر شده بود، همانجا سؤالی از حضرت آقا پرسید و گفت: شما آن موقع این پیغام را داده بودید، دلیلش چه بود؟
حضرت آقا گفتند: چون سؤال کردید من جواب می‌دهم. من از این جهت پیغام دادم که اگر شهید می‌شدند، می‌شدم پدر شهید و اگر هم مجروح می‌شدند، می‌شدم پدر جانباز مانند همه. اما گفتم سعی کنید اسیر نشوند، چون اگر این‌ها اسیر می‌شدند و بچه‌ها را می‌شناختند آن وقت می‌آمدند به من فشار می‌آوردند تا از احساس پدری من سوءاستفاده کنند و از من امتیاز بگیرند و من هم امتیاز بده نبودم.»
سردار علی فضلی در کتاب خورشید در جبهه، حضور سید مجتبی خامنه‌ای در جبهه را چنین روایت می‌نماید:
«توفیقی بود که مدتی را در لشکر سیدالشّهدا محضر برادر بسیار بزرگوارم آقا سید مجتبی بودیم.
ایشان مقطعی را که در لشکر سیدالشّهدا بودند به من توصیه کردند که من را به عنوان آقای حسینی خطاب کنید، چون ما برای ادای تکلیف و برای انجام وظیفه به اینجا آمده‌ایم، نه برای نام و عنوان و فخر فروشی.
ویژگی‌های زیادی ما از ایشان در آن مدت دیدیم، توقعشان همانند یا کمتر از توقعاتی بود که سایر رزمندگان داشتند. هیچ‌گاه ندیدم چیزی بیشتر از دیگر رزمندگان بخواهد و یا حتی‌اشاره‌ای بکند، بلکه کمتر از آن را قانع بودند.
سعی بر این داشتند که در جاهایی که امکان خطر بیشتری هست، حضور داشته باشند و در مکانهای امن تعیین شده نباشند.
رفت و آمد و سرکشی به خط مقدم را همیشه جزو‌ مبنا‌ها و ملاک خودشان قرار می‌دادند.»
پسران رئیس‌جمهور در خط مقدم جبهه‌ها
سردار سرلشکر سید یحیی رحیم صفوی دستیار و مشاور نظامی فرماندهی معظم کل قوا با ذکر خاطره‌‌ای از فرزند بزرگ حضرت آقا، حاج آقا مصطفی خامنه‌ای نقل کرد: در روز دوم و سوم عملیات بدر، نزدیک دجله و فرات ایشان را دیدم. آن زمان حضرت آقا رئیس‌جمهور بودند. عملیات بدر، در زمان اسفند سال ۶۳، حاج آقا مصطفی را بالای یک تپه دیدبانی که عراقیها درست کرده بودند، من دیدم نزدیک دجله. با فریاد از او خواستم بیاید پایین و این تپه هم نزدیک خط مقدم بود. گفتم: آقا مصطفی شما را اگر شهید کنند، می‌گویند پسر رئیس‌جمهور شهید شد، اگر اسیر کنند می‌گویند پسر رئیس‌جمهور اسیر شد. با اصرار و فریاد من ایشون اومد. چند دقیقه بیشتر طول نکشید که یک تیر مستقیم‌تانک عراقیها به آن تپه دیدبانی زدند و چند نفری از عزیزان بسیجی که بالای آن تپه بودند دست و پایشان تکه، پاره می‌شد. فقط چند دقیقه طول کشید و این اتفاق افتاد.
سردار سرلشکر رحیم صفوی ادامه داد: حضرت آقا فرزند دومشان حاج آقا مجتبی را که کوچکتر بود به جبهه‌ها می‌فرستادند. من تو خط مهران، جبهه مهران آقا مجتبی را خودم دیدم! کدوم کشوری را می‌شناسید که پسران رئیس‌جمهور در خط مقدم جبهه‌ها حضور داشته
باشند؟
تحولی عظیم در معنای آقازاده بودن
فرزندان رهبر فرزانه انقلاب اسلامی تا امروز نیز همچنان ساده‌زیستی و گمنامی را حفظ نموده‌اند.
تمام فرزندان حضرت آیت‌الله خامنه‌ای گمنام و ساده‌زیست هستند و سیرت و منش‌شان تحول عظیمی در معنا و مفهوم آقازاده بودن در این سالها در ایران و جهان ایجاد نموده است.
امام خامنه‌ای همچون امام خمینی فرزندان خود را از فعالیتهای سیاسی و اقتصادی برحذر داشته‌اند.
حجت‌الاسلام و المسلمین احمد مروی معاون ارتباطات حوزهای دفتر رهبر معظم انقلاب اسلامی خاطرنشان می‌نماید:
«ایشان چهار فرزند پسر دارند که هر چهار نفر، طلبه‌ و معمم هستند و حقیقتاً هم درس می‌خوانند. خوب هم درس می‌خوانند.
من با اینها مأنوسم، این توفیق را دارم. اُنسی دارم، نشست داریم، گعده داریم، صحبت می‌کنیم.
یک بار ندیده‌ام که اینها راجع به پولی، امکاناتی و چیزهایی از این قبیل صحبت بکنند. گویی افرادی معمولی هستند و پدرشان هم یک فرد معمولی است.»
حجت‌الاسلام مروی می‌افزاید:
«آقازاده‌ها در دفتر مسئولیتی ندارند. فقط در نشر آثار همکاری دارند والاّ هیچ کدام از آقازاده‌ها مسئولیتی ندارند.
جایی هم مشغول نیستند. ممحّض در درس و کار طلبگی هستند. درس می‌خوانند و انصافاً هم درسشان خیلی خوب است. خیلی خوب پیشرفت کرده‌اند.
خود آقا مصطفی که الان سطوح عالیه را در قم تدریس می‌کنند.»