پس از افتتاح پروژه در پنج‌شنبه گذشته ،نگرانی‎‌هایی در رسانه‌ها نسبت به سرنوشت رودخانه کرج ایجاد شد. در این ارتباط شرکت مدیریت منابع آب ایران اعلام کرد که در این پروژه به ملاحظات زیست‌محیطی و رعایت کامل حقابه محیط‌زیست و کشاورزی توجه ویژه‌ای شده است و قرار نیست هیچ اتفاقی در جریان طبیعی رودخانه کرج رخ دهد.
در توضیحات این شرکت آمده است: در مصوبه هیئت محترم دولت سهم زیست‌محیطی رودخانه کرج بر اساس مطالعات زیست‌محیطی که قبل از اجرای طرح صورت پذیرفته و به تأیید سازمان حفاظت محیط‌زیست کشور رسیده بود، مصوب شد و وزارت نیرو مکلف به تأمین آن شده است.
همچنین ‌‎بر اساس مطالعات انجام شده، آورد رودخانه کرج در سال‌های پر آب تا ۶۰۰ میلیون متر مکعب در سال و میانگین آورد ۵۵ ساله رودخانه مذکور به ۴۶۰ میلیون متر مکعب می‌رسد. تخصیص سالانه آب شرب تهران و کرج از سد کرج ۳۴۰ میلیون متر مکعب و زیست محیطی ۳۰ میلیون مترمکعب است که معمولا برای باغات و کشاورزی استفاده می‌شود.
با توجه به این‌که در مطالعات طرح به ملاحظات زیست‌محیطی و تعیین حقابه زیست‌محیطی پایین‌دست رودخانه کرج بر اساس الگوهای مورد تأیید سازمان حفاظت محیط‌زیست توجه ویژه‌ای شده است، بنابراین طرح موضوعاتی از قبیل مرگ رودخانه کرج و خشک شدن مسیر رودخانه در جاده چالوس و باغ‌های پایین‌دست و دیگر موارد مشابه، منطبق بر واقعیت نمی‌باشد.
در حال حاضر تصفیه‌خانه‌های ۱ و۲ تهران ظرفیت استفاده از این تخصیص را ندارد و فقط ۲۶۰ میلیون متر مکعب در سال از طریق رودخانه کرج را منتقل می‌کند. در فاز اول، تونل افتتاح شده سد امیرکبیر به تصفیه خانه ششم ۶۰ تا ۷۰ میلیون متر مکعب باقیمانده تخصیص را منتقل می‌نماید و ظرفیت کامل تصفیه‌خانه ششم یعنی 5/7 متر مکعب بر ثانیه زمانی منتقل می‌شود که آورد رودخانه بالاتر از نرمال و ترسالی باشد.
 با توجه به توضیحات فوق، در هر شرایطی جریان آب در سطح رودخانه کرج باید برای تامین آب تصفیه‌خانه‌های ۱ و ۲ تهران و زیست محیطی و تامین آب شهر کرج همچنان ادامه داشته باشد بنابراین مشکلی برای رودخانه و شهر کرج وجود ندارد و این رودخانه زیبا همچنان خروشان باقی خواهد ماند.