محمدعلی دهقان دهنوی در گفت‌و‌گو با خبرگزاری مهر، درباره انتقادهایی که به مالیات مناطق آزاد صورت می‌گیرد، اظهار داشت: حمایت از مناطق آزاد به عنوان درگاه‌های توسعه تجارت کشور بسیار مهم است اما با توجه به سوءاستفاده‌هایی که می‌شود نتیجه حمایت‌ها باید کمک به اقتصاد کشور باشد.
معاون وزیر اقتصاد با بیان اینکه در حال حاضر با اظهارات انتقادی مبنی بر موثر نبودن معافیت‌های مناطق آزاد مواجه هستیم، افزود: راهکار، اصلاح مسیر کنونی است؛ این اصلاح هم می‌تواند شامل حذف معافیت‌ها و هم قانونمند کردن و تحت نظارت درآوردن معافیت‌ها باشد؛ کافی است اطلاعات مربوط به فعالیت‌های اقتصادی در اختیار سازمان امور مالیاتی قرار بگیرد.
دهنوی ادامه داد: در حال حاضر مناطق آزاد اطلاعات اقتصادی خود را کنترل می‌کنند و سازمان امور مالیاتی در این مورد اختیاری ندارد. اگر این اطلاعات در اختیار سازمان امور مالیاتی قرار بگیرد قطعا به جلوگیری از فرارهای مالیاتی کمک می‌کند.
معاون وزیر اقتصاد با بیان اینکه در منطقه آزاد باید تولید و تجارت در جریان باشد نه سواستفاده از موقعیت منطقه، تصریح کرد: در حال حاضر ساماندهی معافیت‌های مالیاتی مطرح است؛ پیش‌نویسی که سازمان امور مالیاتی برای لایحه مالیات بر مجموع درآمد تهیه کرده مسئله ساماندهی معافیت‌ها دیده شده است.
دهنوی افزود: البته ساماندهی لزوما به معنای حذف نیست بلکه می‌تواند تغییر نرخ یا تغییر شکل معافیت را شامل شود.
معاون وزیر اقتصاد با اشاره به بانک اطلاعاتی سازمان امور مالیاتی، گفت: طرح جامع مالیاتی به دنبال گسترده کردن بانک اطلاعاتی سازمان امور مالیاتی است؛ اگر تمام اطلاعات اقتصادی کشور بتواند در قالب طرح جامع مالیاتی از یک معبر عبور و تجمیع شود  قطعا شاهد ثمرات خوبی خواهیم بود.
دهقان دهنوی اظهار داشت: گزارش‌ها نشان از پیشرفت طرح جامع مالیاتی دارد، اما تا زمانی که نتیجه به طور کامل حاصل نشود ثمرات طرح قابل لمس نخواهد بود.