در همان زمان قلم به مزدهاى وابسته به رژيم نوشتند كه «اين كمك‏ها به كجا مى‏رود. چرا صرف تعليم مشتى خرابكار خائن و فرارى از وطن، توسط چريكهاى فلسطينى مى‏شود.» رژيم به خوبى مى‏دانست ريشه اين حركت‏هاى مردمى، در مسجد هدايت و شخص آيت‏اللّه‏ طالقانى است، بنابراين تصميم گرفتند كه صبح روز عيد فطر سال 50 (سومين سال اين حركت)، مسجد هدايت را به محاصره خود درآورده مانع ورود ايشان به مسجد هدايت بشوند.
او را در منزلش زندانى كردند و سرانجام پس از يك ماه به زابل تبعيد كردند و تا خرداد 1352 همچنان در تبعيد نگاه داشتند. با اين وجود حركتى كه آيت‏اللّه‏ طالقانى در مسجد هدايت آغازگر آن بودند تا سال‏ها ادامه يافت و تاكنون نيز ادامه دارد. در حقيقت اين ارتباط معنوى و مادى بين حركت‏هاى اسلامى در ايران، روشنفكران دينى و جنبش مقاومت فلسطين، امتداد پى‏ريزى‏ها و اقدامات طالقانى در مسجد هدايت است.
زمانى كه طالقانى، امام جماعت مسجد هدايت رحلت نمود، از سوى اتحاديه‏ها و گروه‏ها و جبهه‏هاى مقاومت فلسطينى در گوشه و كنار جهان، پيام‏ها و تلگرام‏هاى تسليتى به ايران ارسال شد كه همه پيام‏ها و بيانيه‏ها از تلاش‏هاى ايشان در راه شناساندن حقانيت انقلاب آزادى‏بخش فلسطين سپاسگزارى شده بود.
بستن مسجد هدايت
حكومت پهلوى در اقدامى شديدتر براى مقابله با نفوذ مساجد، درهاى برخى از مساجد را بست. اين عمل نشانه اوج ضعف و ناتوانى حكومت در مقابل قدرت ايمان مردم و مبارزات اسلامى بود، زيرا هرگاه از سوى دين و مسجد ضربات شديدترى دريافت مى‏كرد، شدت عمل بيشترى نشان مى‏داد.
رژيم پهلوى به منظور كاستن از تأثير مساجد در فعاليت‏هاى سياسى به عناوين مختلف با ايجاد خلل در امور مساجد و بستن برخى از اين پايگاه‏ها در مراسم‏هاى گوناگون، مى‏كوشيد به اهداف خود دست يابد به طورى كه حتى مانع برگزارى جلسات ترحيم و بزرگداشت شهدا و يا افراد ديگر مى‏شد. از جمله اقدامات اين رژيم بستن مسجد هدايت و قراردادن «تعدادى پليس، مقابل مسجد و حدود خيابان استانبول» (خ جمهورى) و جلوگيرى از برگزارى مراسم بزرگداشت شهادت آيت‏اللّه‏ سيدمحمدرضا سعيدى در سال 1349 بود.
«عده‏اى از مردم جهت برگزارى ختم سعيدى كه بنا به دعوت طالقانى كه در روزنامه اعلام شده بود، در محل مسجد مزبور جمع شده بودند ولى درهاى مسجد بسته و تعدادى پليس مقابل مسجد و حدود خيابان استانبول ايستاده و از ورود مردم در اين مراسم جلوگيرى مى‏كردند و به تدريج ورود افراد و چهره‏هاى مختلف [مختلفى ]كه از مدتها قبل در هيچ يكى از جلسات مسجد هدايت و يا جاهاى ديگر ديده نمى‏شدند، نمايان [مى‏شد] و حضور خود را اعلام مى‏داشتند. در بين اين افراد از عناصر حزب ملت ايران افراد بازارى و جبهه ملى و بازاريان بودند و هر آن به تعداد آنها افزوده مى‏شد كه با ورودشان در جلوى مسجد و اخطار پليس مشغول قدم زدن در اطراف مسجد و پياده‏روهاى استانبول و مخبرالدوله و حتى تا شاه‏آباد و ميدان بهارستان ادامه داشت كه مشغول قدم زدن بودند اين عده به دسته‏هاى 4 و 5 نفرى با هم در حال قدم زدن مشغول گفتگو و از اقدام پليس و دستگاه در جهت ممانعت از برگزارى مجلس ختم سخت ناراحت بودند تا ساعت 2100 اين آمدورفت‏ها ادامه داشت و به ترتيب افراد چون ماندنشان را بى‏فايده مى‏دانستند، راه منازل خود را در پيش گرفته و با هم خداحافظى نمودند و قرار فردا شب را كه از طرف جمعى از پيش‏نمازان مساجد، مجلس ختمى در خراسان برگزار مى‏شد، مى‏دادند و سفارش مى‏كردند، حتما شركت كنيد تا در صورت جلوگيرى دست به تظاهرات بزنند. آگهى مربوط به اين مجلس ختم در ساعت 2000 جلوى مسجد هدايت توسط فردى بين حاضرين توزيع گرديد.»
رژيم مسجد هدايت و مسجد جليلى را به عنوان پايگاه عناصر متعصب و مذهبى شناخته بود به طورى كه تعهد گرفته بودند حتى در مسجد هدايت مجلس ختم هم برگزار نشود.
از آنجا كه در اين مساجد روحانيون طرفدار امام خمينى(ره) حضور داشتند تمامى اعمال آنها، و كليه رفت‏وآمدها به اين مساجد تحت كنترل ساواك بود. كنترل سازمان امنيت آن قدر شديد بود كه آيت‏اللّه‏ طالقانى كه در تبعيد بودند براى فعالان مسجد پيغام دادند كه احتياط كرده و بى‏جهت موجبات دستگيرى خود را فراهم نكنند ولو اين كه مسجد هدايت هم نيايند چون فعلاً اين محل مورد توجه است.
رژيم همواره تدبير مى‏كرد كه از فعاليت‏هاى انقلابى مردم در اين مساجد بكاهد. براى رسيدن به اين مقصود، به هر دستاويزى متوسل مى‏شد. يكى از كارهاى آنان تخريب شخصيت‏هاى مورد اعتماد مردم من جمله آيت‏اللّه‏ طالقانى بود. آنان يكى از روزنامه‏هاى وقت را موظف كرده بودند مطالبى را عليه طالقانى منتشر نمايد. آيت‏اللّه‏ طالقانى در يكى از سخنرانى‏هاى خود به اين موضوع چنين اشاره كرده است :
«دستهايى براى اخلال و فتنه‏انگيزى در كار است كه چند روز قبل نيز يكى از روزنامه‏هاى معلوم‏الحال سرمقاله و مطالبى كه حاكى از طرز تفكر نويسنده‏اش مى‏باشد و جز آن انتظارى نبايد داشت بر عليه اينجانب منتشر و هر چه خواسته اهانت نموده است كه با مراجعه به وى اظهار داشته شهربانى به ما دستور داده اين مطالب را انتشار دهيم ما گناهى نداريم...»
جلسات بحث و سخنرانى و تفسير آيت‏اللّه‏ طالقانى داراى ابعاد وسيعى بود كه تمامى جهات و همه اقشارى را كه در اين‏گونه مجالس شركت مى‏كردند فرا مى‏گرفت. مصطفى صادقى يكى از فعالان مسجد هدايت در اين باره مى‏گويد:
«صحبت‏هاى ايشان حرف‏هاى نو و سازگار با فطرت جوان‏ها بود. ايشان پلى شده بود بين نسل قديم و نسل جديد. آن موقع كه بحث آزادى زن‏ها را پيش كشيده بودند، آيت‏اللّه‏ طالقانى سوره نساء را تفسير كرده و مى‏گفتند كه اسلام به زن‏ها بها داده است و بدين شكل باعث تشويق افراد و خانواده‏ها به حجاب و مبارزه با بى‏بندوبارى‏ها مى‏شدند. همين تفاسير سبب شد كه دستگاه رژيم شاه، جلسات ايشان را تعطيل كنند.»
جلسات تفسير قرآن از طرف دستگاه رژيم تعطيل شد. به دليل مراقبت و كنترل شديد ساواك به بهانه اين كه عليه رژيم شاه صحبت مى‏شود؛ ليكن اين مجالس با هماهنگى آيت‏اللّه‏ طالقانى در خارج از مسجد در منزل بعضى از ياران و دوستان ايشان برگزار مى‏گرديد. مهندس محمد بهفروزى در اين خصوص مى‏گويد:
«در مسجد به خاطر اين كه مأموران رژيم افراد را تحت تعقيب قرار مى‏دادند جلسات تفسير بعضى اوقات در چهارراه عباسى و سلسبيل، صبح جمعه برگزار مى‏شد كه من و آقاى رجايى و آقاى ساجدى صبح‏ها خيلى زود مى‏رفتيم و در جلسات آيت‏اللّه‏ طالقانى شركت مى‏كرديم. افراد ديگرى از جمله دكتر حسن حبيبى و چند نفر ديگر در آن جلسات صبح جمعه حضور داشتند. به دليل حضور آيت‏اللّه‏ طالقانى اين جلسات برجستگى خاصى داشت كه گاهى اوقات تا ساعت‏ها طول مى‏كشيد.»
فعاليت‏هاى مسجد هدايت هر چند پس از تبعيد آيت‏اللّه‏ طالقانى در آذر سال 50 به زابل مقدارى كم‏رنگ شد ولى اعضاى فعال مسجد هم‏چنان اين پايگاه الهى را حفظ نموده و سعى مى‏كردند، اين سنگر را آن‏چنان كه بود نگه دارند.
حضور آيت‏اللّه‏ سيدابوالفضل موسوى زنجانى براى اقامه نماز و سخنرانى پس از نماز وى رونقى دوباره به مسجد داد و روشنگريها و بازگويى حقيقت‏هايى كه رژيم شاه در صدد مخفى ساختن آن داشت ادامه يافت، تا اين كه سرانجام با طرحى از طرف ساواك و با هماهنگى سازمان اوقاف و شخص محمدرضا پهلوى، ابتدا حسينيه ارشاد و مسجدالجواد در آبان سال 51 بسته شد و در اسفند همان سال مسجد هدايت بسته شد. براى مسجد الجواد (ع) متصدى به نام آقاى عطاخانى كه سرهنگ بازنشسته شهربانى بود تعيين شد و براى مسجد هدايت ابتدا يكى از روحانيون وابسته به سازمان اوقاف به نام مقيمى و سپس فرد ديگرى به نام هادى امينى و بعد از او سبزوارى براى امام جماعت مسجد تعيين شدند.
بعد از آن هر چند مسجد هدايت باز بود ولى روح مسجد را كه همانا كاركردهاى وسيع فرهنگى، اجتماعى و سياسى آن بود از آن گرفتند. اعضاى مسجد با نخواندن نماز پشت سر امامان جماعت منصوب شده از طرف رژيم، به نوعى اعتراض خود را نشان مى‏دادند و طورى شد كه امينى پس از مدتى مسجد را رها كرده و رفت و سازمان اوقاف فردى به نام سبزوارى را به جاى او به امام جماعت مسجد گمارد، تا اين كه در 28 دى ماه سال 57 كه مصادف با اربعين حسينى بود و با شدت گرفتن حركت‏هاى انقلابى مردم و با حضور هزاران نفر از مردم مسلمان و مبارز تهران، نداى خوش و دل‏نشين آيت‏اللّه‏ طالقانى در مسجد طنين‏انداز شد و ايشان سخنرانى پرشورى در مسجد هدايت ايراد نمودند. اين جلسات تا پيروزى انقلاب اسلامى در 22 بهمن 57 ادامه پيدا كرد.