روحانی دیروز در مراسم آغاز نمادین فعالیت دانشگاه‌ها گفت: حق مجلس است که به وزیری تحت عنوان استیضاح رای ندهد اما ما هم نمی‌توانیم تاسف خود را ابراز نکنیم از اینکه یک وزیر عالم دانشمند انقلابی را از دست دادیم. وقتی آن همه اساتید دانشگاه برای من نامه می‌نویسند که آقای دکتر فرجی دانا شایستگی دارد تا مدیریت این وزارت‌خانه را برعهده بگیرد من با فشار این و آن حاضر شوم به او بگویم استعفا دهد؟ این با اخلاق و با چارچوبی که دولت از روز اول به مردم قول داده انطباق دارد؟ پارسال ما آمدیم اینجا برای شروع مراسم تحصیلی، وزیر نداشتیم و وزارت‌خانه سرپرست داشت؛ حالا امسال دانشگاه هم سرپرست دارد. هر دو.
وی افزود: در طول یک سال ما 4 وزیر و سرپرست را تجربه کردیم. آقای میلی منفرد را مجلس نپسندید اشکالی ندارد. آقای دکتر توفیقی سرپرستی را قبول کردند از یمین و یسار به ما فشار آمد که معرفیش نکن گفتیم اهلا و سهلا. سرفرود آوردیم تا دانشگاه و کشور آرام باشد. فرجی دانا را آوردیم شروع به کار کرد.
رئيس‌‌جمهور ادامه داد: بورسیه و ما ادراک ما البورسیه به هرحال همه باید به اخلاق علمی توجه کنیم. نمی‌توانیم در مسئله‌ای که صداقت و دقت و قانون مورد توجه قرار نگرفته آن را رها کنیم. از روز اولی که دکتر نجفی سرپرست شدند اولین کلامم به او این بود که مسئله بورسیه را باید دنبال کنی در این دوره.
درباره این اظهار شایان ذکر است که مجلس شورای اسلامی سال گذشته با اغماض به کابینه معرفی شده نگاه کرد و اغلب وزرا -غیر از میلی‌منفرد و نجفی- را تایید کرد. مشکل میلی‌منفرد همراهی با فتنه‌گران بود و طبیعتا مجلس نمی‌توانست سکان وزارت حساس علوم را به حامیان فتنه‌ای بسپارد که دانشگاه را‌ در اتاق جنگ می‌خواهند. با این وجود آقای روحانی در اقدامی سؤال‌برانگیز سرپرستی وزارت علوم را به جعفر توفیقی سپرد که 26 خرداد سال 88 در جمع دانشجویان مدعی دروغ تقلب شده و به جای آرام کردن فضا  دانشجویان را به ایجاد التهاب و تشنج تحریک کرده بود. ویدئوی این اظهارات خیانت‌آمیز در فضای مجازی موجود است و معلوم نیست آقای روحانی که سال 78 و سال 89 درباره فتنه‌گران و آشوبگران مزدور بیگانه صریحا موضع‌گیری کرده، چگونه توفیقی را پذیرفته بود. همچنان که روشن نیست چرا در این باره از خط قرمز نظام درباره فتنه و فتنه‌گران غفلت شده است؟
مجلس شورای اسلامی پس از معرفی فرجی دانا- به رغم بدبینی‌های جدی موجود نسبت به ارتباط وی با فتنه‌گران - بنا را برحسن ظن گذاشت و ضمن اخذ تعهداتی سکان وزارت علوم را به دست وی سپرد اما فرجی دانا خلاف تعهد خود در قبال نمایندگان عمل کرد و به انتصاب برخی متهمان نشاندار که فیلم و اسناد تحریک‌گری آنها به اغتشاش موجود است، راهی جز استیضاح باقی نگذاشت. بنابر اظهار صریح محمدرضا باهنر نایب رئیس مجلس 5 تن از وزرا با مشاهده مستندات، استیضاح وزیر علوم را تایید کرده‌اند. درهمین دوره یک ساله رتبه رشد علمی ایران در جهان 2 پله سقوط کرد.
پس از برکناری فرجی دانا نیز محمدعلی نجفی به عنوان سرپرست از سوی رئيس‌جمهور معرفی شد که چندین شغل را طی همین یک سال تست زده! و پیش از معرفی برای سرپرستی، «ریاست سازمان میراث فرهنگی و گردشگری» و «دبیر ستاد هماهنگی اقتصادی دولت» را تجربه کرده و استعفا داده بود.
درعین حال درباره موضوع بورسیه‌ها و جنجالی که برای حاشیه‌سازی علیه اصل استیضاح مطرح شد شایان ذکر است که «علی-غ» عامل اولیه این جنجال بعدها اعتراف کرد که از سوی برخی افراطیون لانه کرده در وزارت علوم در جهت تسویه حساب‌های باندی و انحراف اذهان از اصل استیضاح به بازی گرفته شده است. همچنین سرپرست وزارت علوم اعلام کرده که در اولین بررسی‌ها معلوم شده 2100 بورسیه هیچ مشکلی ندارند و سوال این است که آیا برای برخورد با چند تخلف محتمل -که در حوزه‌ کاری ممکن است اتفاق بیفتد- آیا باید 3 هزار بورسیه شده مورد ترور شخصیت قرار می‌گرفتند؟!