حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی با صدور پیامی درگذشت عالم فرزانه و روحانی روشن‌بین مرحوم آیت‌الله آقای حاج شیخ محمد واعظ‌زاده‌ خراسانی را تسلیت گفتند.
متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به شرح زیر است:
بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم
خبر درگذشت عالم فرزانه مرحوم آیت‌الله آقای حاج شیخ محمد واعظ‌زاده‌ خراسانی رحمهًًْْ‌الله‌علیه را با تأسف و تأثر دریافت کردم. این روحانی بزرگوار و پرکار و روشن‌بین از جمله‌ مردان باهمت و جامعی بود که علوم اسلامی همچون فقه و حدیث و رجال و تراجم را از برترین استاد این فنون یعنی مرحوم آیت‌الله العظمی بروجردی اعلی‌الله‌مقامه فراگرفته و خود در عمر پربرکت خویش به تحقیقات بدیع در آن و نیز علوم قرآنی و تاریخ و کلام پرداخته بود. آثار قلمی و تحقیقی ایشان در برخی از این رشته‌ها در شمار افتخارات علمی حوزه‌های علمی شیعه است و مورد استفاده‌ ماندگار دنیای اسلام خواهد بود ان‌شاءالله. ضایعه رحلت این عالم جلیل را که در کهنسالی نیز از کار و تلاش علمی باز نماند به فرزندان گرامی و همه بازماندگان و مستفیذان از دانش و تجربه‌ ایشان تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی را برای ایشان مسئلت مینمایم.                                سیدعلی خامنه‌ای
۲۸ آذر ماه ۱۳۹۵