پیکر این عالم ربانی، بر روی دوش مردم قم، زائران حرم مطهر حضرت فاطمه معصومه (س) و شیعیان عراقی به صورت باشکوه از مسجد امام حسن عسکری(ع) به سمت مضجع نورانی کریمه اهل بیت(ع) بدرقه شد.
نمایندگان مراجع عظام تقلید، آیت‌الله سعیدی متولی آستان مقدس حضرت معصومه(س)، اعضای جامعه مدرسین و اساتید و علمای حوزه‌های علمیه و مسئولان استان قم از جمله شخصیت‌هایی بودند که در مراسم تشییع پیکر آیت‌الله حسینی شاهرودی حضور داشتند.
نماز بر پیکر این عالم ربانی در مسجد امام حسن عسکری(ع) توسط آیت‌الله سید حسین حسینی شاهرودی اقامه شد و سپس پیکر مطهر بر دستان شاگردان، طلاب، اساتید حوزه علمیه و عموم مردم متدین تا حرم مطهر حضرت فاطمه معصومه(س) تشییع و پس از طواف گرداگرد مضجع شریف کریمه اهل بیت(ع)، در حرم مطهر به خاک سپرده شد.
مرحوم آیت‌الله سید محمد حسینی شاهرودی از علمای حوزه علمیه قم عصر یکشنبه هفته جاری(۱۶ تیر) به علت ایست قلبی و در ۹۴ سالگی دعوت حق را لبیک گفت.