به گزارش خبرگزاری جمهوری اسلامی، مقام‌های مصری اعلام کرده‌اند، تحقیقات نشان داده است که محمد مرسی و برخی دیگر از اخوانی‌ها قصد داشته‌اند گزارش‌هایی محرمانه از دستگاه‌های مختلف مصر، از جمله دستگاه امنیتی و مراکز نظامی را جمع‌آوری و به قطر و شبکه الجزیره تحویل دهند.«هشام برکات» دادستان کل مصر روز 6 سپتامبر (15 شهریور) پرونده محمد مرسی و چند نفر دیگر را به اتهام جاسوسی برای قطر به دادگاه کیفری ارجاع داده بود.مرسی علاوه بر این به خاطر اتهامات مربوط به قتل تظاهرات‌کنندگان در پرونده موسوم به کاخ الاتحادیه، به 20 سال زندان محکوم شده است.دیوان عالی مصر همچنین حکم اعدام سه نفر از اعضای اخوان‌المسلمین را به همین اتهام، تایید کرد.