آیت الله جنتی در این زمینه اظهار داشت: «یک پژوهشگر ژاپنی‌الاصل که تبعه آمریکاست، به آمریکایی‌ها می‌گوید که «شما باید ولایت فقیه را بزنید، اگر می‌خواهید در ایران موفق شوید باید ولایت فقیه را هدف قرار دهید».
آیت‌الله جنتی گفت: وقتی از او می‌پرسند چگونه می‌توان ولایت فقیه را زد، می‌گوید «در قانون اساسی ایران آنچه موجب قوام و بقای ولایت فقیه است، شورای نگهبان است، اگر بتوان این رکن را از قانون حذف کرد، ولایت فقیه هم در یک رفراندوم از بین می‌رود، شورای نگهبان هم جز با حمله به نظارت استصوابی این شورا از بین نمی‌رود»؛ بنابراین کسانی که نظارت استصوابی شورای نگهبان را زیر سؤال می‌برند یا خودشان نمی‌فهمند یا دیگران گمراه‌شان می‌کنند.
به گزارش فارس پنجم مرداد 1388 تئوری‌پرداز نظریه «پایان تاریخ» و تحلیلگر ارشد آمریکایی در یادداشتی با هجمه به قانون اساسی ایران وجود نهادهایی چون نهاد «رهبری»‌ و همچنین «شورای نگهبان» را موانع اصلی تبدیل ایران به نظامی سکولار دانست.
در این مطلب که در اوج اغتشاشات فتنه سال 88 نگارش شده، فرانسیس فوکویا جایگاه «رهبری» و نهادهایی چون «شورای نگهبان» را به علت آنکه مانع از تغییر رژیم در ایران و تبدیل آن به «دموکراسی لیبرال» و «دولت سکولار» هستند، مورد هجمه قرار داده است.
او در ابتدای مطلب خود با اشاره به انواع انتخابات در ایران، تلویحا به ساختار دموکراتیک و مردم سالار نظام ایران اذعان کرده اما بلافاصله تصریح می‌کند که «ایران یک دموکراسی لیبرال نیست.»
او با اشاره به فتنه سال 88 و خرسندی از اردوکشی‌های‌ غیرقانونی خیابانی، چنین ابراز خوشبینی کرد: «با توجه به تظاهرات‌های گسترده،‌ ما باید خواستار چه نوع از آینده‌ای برای ایران باشیم؟ اولویت خود من برای ایران این خواهد بود که یک روزی این کشور قانون اساسی جدی و با سبک غربی برگزیند که در آن آزادی‌ مذهبی و یک دولت سکولار تضمین شده باشد.»
فوکویاما با ابراز خوشبینی درباره تغییر ساختار نظام کنونی در ایران در گافی فاحش، ‌اختیارات رهبری در جمهوری اسلامی ایران را با اختیارات و وظایف شورای نگهبان اشتباه می‌گیرد.
او با خوشبینی درباره تغییر ساختار نظامی ایران به یک نظامی «دموکراتیک» اینطور مدعی شد: «برای این منظور ضروری است که اصل 110 قانون اساسی که به شورای نگهبان کنترل نیروهای مسلح و رسانه را داده لغو شود و کارکرد و وظیفه آن به چیزی شبیه به دادگاه فدرال تغییر یابد»
فوکویاما در ادامه مطلب خود به مذهبی بودن مردم ایران اذعان کرده و با لحنی ناامیدانه از سخت بودن و شاید ناممکن بودن حذف کامل مذهب از ساختار اجتماعی ایران سخن می‌گوید.
وی تصریح می‌کند که «حذف کامل مذهب از قانون اساسی ایران مشکل‌سازتر است. حاکمیت قانون نه فقط به خاطر کیفیت‌های رسمی و قانونی آن غالب شده و برتری می‌یابد بلکه به این خاطر که این موضوع تا حد زیادی نمایانگر هنجارهای اجتماعی ‌هم هست. اگر حاکمان آینده ایران خواهان احترام به حاکمیت قانون هستند باید قانونی را در بر بگیرد که از قلب‌های مردم ایران بیرون می‌آید. شاید روزی برسد که شاهد قانونی کاملا سکولار باشیم اما این موضوع امروز بعید است.»
فوکویاما در پایان بار دیگر با ابراز خوشبینی از فتنه 88 می‌گوید :‌«بیایید امیدوار باشیم که نیروهای داخلی این کشور به تغییر و تکامل سیستم سیاسی به سمت یک دموکراسی واقعی فشار بیاورند.»