رجانیوز ضمن اشتباه توصیف کردن اعتماد دوباره به آژانس و موکول کردن توافق به «راستی‌آزمایی و تأیید آژانس» نوشت: در سال‌های 82 تا 84 که دولت اصلاحات سلسله عقب‌نشینی‌های داوطلبانه را در مذاکرات سعدآباد تهران، بروکسل و پاریس جهت اعتمادسازی برای سه کشور اروپایی انجام داد، در نهایت محمد البرادعی که نسبت به آمانو رئیس فعلی این سازمان، همکاری‌های قابل توجهی را با ایران انجام داد، باز هم آنقدر تحت تاثیر غرب و به ویژه آمریکا رفتار می‌کرد که محمدجواد ظریف در صفحه 233 کتاب خاطرات خود تحت عنوان «آقای سفیر» با گلایه شدید از البرادعی به خاطر گزارش‌های سیاسی و غیرعادلانه آژانس علیه ایران، وی را مسبب اصلی ارجاع پرونده ایران به شورای امنیت می‌داند و می‌نویسد؛ «آقای البرادعی به ناحق برای این که مشکلش را با آمریکا حل کند و یک دوره دیگر نیز باقی بماند، این عبارت را وارد این گزارش کرد. هیچ مبنای حقوقی برای این که آقای البرادعی بتواند عبارت  «Breach of the obligation to comply» را در گزارش آژانس علیه ایران به کار ببرد وجود نداشت. در صورتی که همین عبارت بود که ما را به شورای امنیت برد.»
سیاسی‌کاری و رفتارهای غیرصادقانه البرادعی به عنوان مدیرکل وقت آژانس انرژی اتمی تا حدی است که حسن روحانی دبیر وقت شورای عالی امنیت ملی کشورمان نیز در فصل چهارم کتاب خاطرات هسته‌ای خود تحت عنوان «امنیت ملی و دیپلماسی هسته‌ای» گلایه‌های متعددی از عملکرد وی مطرح کرده و تصریح می‌کند که البرادعی دائما با انتشار گزارش‌های دوپهلو درباره عملکرد هسته‌ای ایران، نقش مهمی در به درازا کشیدن و حل نشدن این ماجرا داشت و حتی در ماجرای توافق سعدآباد با این که به طرف ایرانی قول داده بود آژانس از کلمه «تعلیق» برای سانتریفیوژهای نطنز، همان تفسیری را ارائه کند که مورد توافق ایران بود، در نهایت تحت فشار آمریکا و اروپا خلاف قولش عمل کرده و با تحمیل تفسیری متفاوت از وعده خود، باعث شد تا چند ماه بعد در توافق بروکسل، عملا ایران تعلیق گسترده‌تری را انجام دهد که البته آن توافق هم با عهدشکنی سه کشور اروپایی و فشار آمریکا به شکست انجامید و تنها حاصل آن توافق تعلیق غنی‌سازی و عقب‌نشینی ایران بود.
جالب آنکه خود محمد البرادعی نیز در صفحه 148 کتاب خاطرات خود تحت عنوان «عصر فریب» به صراحت بر ناعادلانه رفتار کردنش نسبت به پرونده هسته‌ای ایران تاکید کرده و ضمن روایت جلسه‌ای با بوش رئیس‌جمهور آمریکا درباره پرونده هسته‌ای ایران می‌نویسد: «در ارتباط با ایران بر ضرورت پیش گرفتن سیاست تهدید و پاداش تاکید کردم.»
با این حال در شرایطی که باز هم عملکرد  البرادعی در مقایسه با جانشین فعلی وی یوکیو آمانو نشان داده که به مراتب با انعطاف‌تر بوده است، به نظر می‌رسد در مذاکرات لوزان یکی از بزرگترین اشتباهات تیم مذاکره‌کننده هسته‌ای کشورمان، پذیرفتن تعلیق تحریم‌های آمریکا و لغو تحریم‌های اروپا مشروط به زمانی است که «آژانس بین‌المللی انرژی اتمی» اقدامات اعتمادساز ایران را تایید کند.
این ماجرا زمانی ابعاد روشن‌تری پیدا می‌کند که توجه داشته باشیم در یک سال و چهارماه گذشته که آژانس بین‌المللی انرژی اتمی طی چند گزارش به بررسی اقدامات هسته‌ای جمهوری اسلامی ایران پرداخته است، علیرغم تعلیق و تعطیلی بسیاری از تاسیسات هسته‌ای ایران و مهر تایید بر اینکه ایران تمامی تعهدات خود در توافق ژنو را اجرا کرده است، باز هم در پایان نتیجه‌گیری کرده که نمی‌تواند درباره ماهیت صلح‌آمیز برنامه‌ هسته‌ای ایران قضاوت کند!