وی اخیراً در نامه‌ای خطاب به آیت‌الله آملی لاریجانی نوشت: در نطق اخیرتان در همایش بزرگداشت هفته قوه قضائیه نقاط مثبت، فراوان بود از جمله تأکید بر اصالت فرهنگی انقلاب اسلامی و اقامه شریعت اسلام و احکام الهی در جامعه، اما آنچه که توجه اینجانب را به خود جلب کرد، تحلیل منطقی‌تر جنابعالی درباره فتنه سال 88 بود که می‌تواند فتح‌بابی برای حل و فصل این معضل اجتماعی باشد. فرموده‌اید«من نمی‌خواهم بگویم که آنها که اعتراض را شروع کردند قصد کودتا و براندازی داشتند، اما بستری را فراهم کردند تا افراد ضد انقلاب که علیه ولایت فقیه فریاد می‌زدند بر این بستر سوار شوند.» در جای دیگر فرموده‌اید: «من نمی‌خواهم اتهام کودتا را متوجه کسانی کنم که اعتراض کردند یا مردم را به اعتراض دعوت کردند. آنها شاید دنبال اعتراض صرف بودند، اما داشتند می‌دیدند که بر روی این اعتراضات، یک جریان فاسد، کشور را به آشوب می‌کشاند...».
علی مطهری، سخنان رئیس دستگاه قضا را با سخنان برخی که آنان را «دوستان نادان» نامیده مقایسه کرده و می‌افزاید: «اگر این سخنان جنابعالی را در کنار اظهارات برخی دوستان نادان انقلاب بگذاریم که اساساً هیچ گونه اعتراضی را در جمهوری اسلامی به رسمیت نمی‌شناسند و هر اعتراضی را مخالفت با اصل نظام جمهوری اسلامی تلقی می‌کنند و می‌گویند اعتراضات سال 88 برای براندازی نظام بود و با آمریکا و انگلیس هماهنگ شده بود، می‌بینیم سخنان شما نوری است در ظلمت بی‌انصافی‌ها و کینه‌جویی. جنابعالی در واقع همسو با قانون اساسی حق اعتراض مدنی را به رسمیت شناخته‌اید.
مطهری آنگاه خواستار این شد که رئیس قوه‌قضائیه افتخار حل معضل 88 را به نام خود ثبت کند.
مصادره به مطلوب اظهارات رئیس قوه قضائیه در حالی است که آیت‌الله آملی لاریجانی در همان همایش به صراحت اعلام کرد: «جریان فتنه یک شبه کودتا بود... و دشمنان داخلی و خارجی در جریان فتنه به دنبال کودتای مخملی بودند. یک انتخاباتی در کشور برگزار شد و اعتراضاتی هم نسبت به نتایج آن انجام شد و حتی ادعای تقلب هم مطرح شد ولی رسیدگی به این ادعاها باید در چارچوب‌های خاص خود و نهادهای رسمی باشد و اینکه عده‌ای بخواهند فراتر از قانون و با زور حرف خود را به کرسی بنشانند واقعاً چیزی شبیه به کودتا است... چرا ما نباید توجه کنیم به کسانی که از بیرون و داخل به دنبال براندازی و پیاده کردن مدل انقلاب مخملی بودند.»
آیت‌الله آملی لاریجانی با بیان اینکه مسئولان کشور باید نسبت به جریان فتنه تحلیل دقیقی داشته باشد اظهار کرد: «اگر تحلیل از فتنه این باشد که بستری را برای سوار شدن ضد انقلاب فراهم کرد، بنابراین برخورد قوه قضائیه با جریان فتنه معقول و منطقی بوده است. ما نباید اجازه ترویج فتنه را دهیم و حتماً این چنین نخواهد شد. مسیر و تحلیل قوه قضائیه در برخورد با فتنه درست و دقیق بوده است برخی می‌گویند قضیه فتنه تاریخی بوده و تمام شده و ما این تحلیل را قبول نداریم. فتنه یک جنبه سیاسی مهم هم دارد و آن این است که ما با آن کسانی که این جریان را راه انداختند و ادامه دادند باید چه جهت‌گیری‌ای داشته باشیم؟ در بحث برخورد با فتنه جای تعارف با کسی وجود ندارد و در این زمینه بحث کیان جمهوری اسلامی مطرح است و نباید اجازه داد این مسائل در کشور تکرار شود و بعد هم با عاملین این جریان خوش‌وبش کنیم.»
آملی لاریجانی تصریح کرد: برخی همان موقع با توصیه مقام معظم رهبری کنار رفتند اما برخی دیگر روی موضع خود ماندند، جای تعارف با کسی نیست و نباید اجازه داد مجدداً اتفاق سال 88 تکرار شود. اینکه کسانی راه بیافتند مردم را تحریک کنند و عده‌ای ضد انقلاب سوار جریان برانداز شوند و کشور را به آشوب بکشند بعد هم ما از کنارشان عبور کنیم و بگوییم که یک جریانی بود که تمام شد، هرگز چنین چیزی نیست. اگر تحلیل دقیقی نسبت به جریان فتنه داشته باشیم متوجه می‌شویم که آن جریان هنوز هم هست باید با آن جریان جهت‌گیری روشنی داشت خصوصاً در بحث انتخابات دستگاه‌های نظارتی باید حواسشان جمع جمع باشد. در این زمینه جای تعارف با کسی نیست و هیچ نظامی با اغماض از مقابل کسانی که برای براندازی اقدام کرده‌اند و یا بسترش را فراهم کردند نمی‌گذرد و قوه قضائیه به سهم خود حتماً به این مسئله ورود پیدا خواهد کرد و وظیفه قانونی خود را انجام می‌دهد.
یادآور می‌شود نامه مطهری به آیت‌الله آملی لاریجانی طبق معمول این قبیل اقدامات بلافاصله با استقبال نشریات زنجیره‌ای و رسانه‌های بیگانه حامی فتنه قرار گرفت.