سایت رجانیوز با تاکید بر اینکه در توافق نهایی باید خطوط قرمز مورد تصریح رهبر انقلاب (بازخوانی شده در دیدار مسئولان نظامی رعایت شود)،‌ نوشت: رهبر معظم انقلاب فرمودند: «آنها اصرار دارند بر محدودیت بلندمدت؛ ما گفتیم ما محدودیت ده سال و دوازده سال و مانند اینها را قبول نداریم؛ ده سال یک عمر است؛ همه آنچه ما در این مدت به دست آوردیم، در حدود ده سال طول کشیده است!». اما براساس گزاره‌برگ اولیه وزارت خارجه کشورمان که در 13 فروردین 94 منتشر و ساعاتی بعد از سایت وزارتخارجه حذف شد و هم‌چنین اظهارات آقای عراقچی در 31 فروردین 94 در دانشگاه علامه طباطبایی، محدودیت 10 ساله برای برنامه هسته‌ای ایران قطعی شده است. در این باره عراقچی اظهار داشت؛ «با چشم‌اندازی که در مذاکرات وجود دارد بعد از ده سال محدودیت تولید ما می‌توانیم مراحل تکمیل غنی‌سازی را آغاز کنیم... ما پذیرفتیم تا 10 سال ظرفیت سانتریفیوژهایمان پنج شش هزار باشد و 15 سال مرکز غنی‌سازی جدیدی تاسیس نکنیم و آب سنگین نسازیم.»
رهبر انقلاب همچنین درباره ادامه تحقیق و توسعه و نپذیرفتن محدودیت در این زمینه تصریح کردند: «در همین مدت محدودیت هم که ما قبول می‌‌کنیم، کار تحقیق و توسعه و ساخت‌و‌ساز باید ادامه پیدا کند، که این هم از جمله خطوط قرمزی است که مسئولین محترم روی آن تکیه کردند؛ گفتند ما حاضر نیستیم از تحقیق و توسعه دست برداریم؛ حق با اینها است. در طول این سال‌های محدودیت هم، بایست تحقیق و توسعه ادامه داشته باشد.» اما با وارد شدن عبارت current (جاری) در متن توافق ژنو، موضوع تحقیق و توسعه ایران در حالت جاری و فعلی باقی می‌ماند و تاسف‌بارتر اینکه در بیانیه لوزان همین میزان نیز از حد «جاری» به یک جدول زمانی و سطح توافق شده کمتر و محدودشده‌تری تبدیل شد.
رجانیوز خاطرنشان کرد: اساسا فرآیند تحقیق و توسعه یک ماشین سانتریفیوژ از هر نسلی، فقط تولید یک نمونه از آن ماشین نیست. وقتی یک ماشین جدید سانتریفیوژ تولید و یک نمونه آن گازدهی می‌شود، هنوز فرآیند تحقیقاتی آن کامل نشده است، مثل صنعت خودروسازی که وقتی یک نمونه آزمایشگاهی خودرو از یک مدل جدید تولید و تست می‌شود به معنی این نیست که کار تحقیقات آن خودرو کامل شده است بلکه باید ده‌ها نمونه از این خودرو تولید و در شرایط مختلف تست شده و بکارگیری شود تا فرآیند تحقیقات کامل شده و تولید صنعتی خودرو ممکن شود.
رجانیوز درباره خط قرمز «لغو یک‌جانبه تحریم‌ها در روز امضای توافق» نوشت؛ رهبر انقلاب در این باره تصریح کردند: «تحریم‌های اقتصادی و مالی و بانکی، چه آنچه به شورای امنیت ارتباط پیدا می‌کند، چه آنچه به کنگره آمریکا ارتباط پیدا می‌کند، چه آنچه به دولت آمریکا ارتباط پیدا می‌کند، همه باید فورا در هنگام امضای موافقت‌نامه لغو بشود، بقیه تحریم‌ها هم در فاصله‌های معقول ]لغو بشود[. البته ‌آمریکایی‌ها در زمینه تحریم‌ها یک فرمول پیچیده چند لایه عجیب و غریبی را مطرح می‌‌کنند که اصلا اعماق آن معلوم نیست؛ از انتهای آن چه درمی‌آید.» در این باره نیز اگرچه تاکنون رئیس‌جمهور بارها تاکید کرده است که تحریم‌ها در روز «اجرای توافق» لغو خواهند شد نه «امضای  توافق»، اما فارغ از اظهارات متعدد مقامات آمریکایی مبنی بر «تخفیف بعضی تحریم‌ها نه لغو همه آنها» و توجه در بیانیه لوزان نشان می‌دهد قرار نیست چنین اتفاقی بیفتد، چنانچه در متن بیانیه لوزان خبری از لغو تحریم‌های آمریکا نیست بلکه تنها به تعلیق (cease) اجرای تحریم‌های ثانویه آمریکا، آن هم پس از تایید راستی‌آزمایی آژانس درباره تعهدات ایران اشاره شده است.»
رهبر انقلاب همچنین با رد مرجعیت آژانس به عنوان یک نهاد بی‌طرف تاکید کردند: «ما با موکول کردن هر اقدامی به گزارش آژانس مخالفیم. ما به آژانس بدبینیم؛ آژانس نشان داده که هم مستقل نیست، هم عادل نیست. این در حالی است که در متن توافق ژنو خبری از تایید اقدامات ایران توسط آژانس نبود اما متاسفانه در بیانیه لوزان مرجعیت آژانس به عنوان تایید‌کننده اقدامات و تعهدات ایران پذیرفته شده و همانطور که در بند قبلی نیز ذکر شد شرط تعلیق تحریمهای ثانویه آمریکا علیه ایران نیز مشروط به تایید و راستی‌آزمایی آژانس شده است.
رهبر انقلاب در زمینه مخالفت با بازجویی از شخصیت‌‌ها و بازرسی‌های نامتعارف از کشور نیز فرمودند: «با بازرسی‌های غیرمتعارف هم بنده موافق نیستم؛ پرس‌وجوی از شخصیت‌ها را هم به هیچ وجه قبول ندارم و موافق نیستم؛ بازرسی از مراکز نظامی را هم نمی‌پذیرم همچنان که قبلا هم گفتیم.»؛  اما تاکنون با توجه به متن توافق ژنو و بیانیه لوزان که در هر دوی آنها از پذیرش و اجرای پروتکل الحاقی از سوی دولت ایران سخن به میان آمده است،‌ عملا زمینه برای هرگونه نظارت نامتعارف و هم‌چنین بازجویی از شخصیت‌های علمی یا امنیتی کشور فراهم شده چرا که اساسا فلسفه پذیرش و اجرای پروتکل الحاقی رفع نگرانی‌های نامحدود و ناتمام طرف مقابل است و بدیهی است زمانی که این موضوع از سوی ایران پذیرفته شود، بسیاری از اماکن نظامی و افراد مختلف برای بازجویی آژانس مطرح خواهند شد که آن وقت در ازای نپذیرفتن درخواست آژانس برای دسترسی به این اماکن و افراد، طرف مقابل ادعا خواهد کرد همچنان نگرانی‌هایش بابت پرونده هسته‌ای ایران  پا برجاست و از آنجا نیز که شرط تعلیق  تحریم‌های آمریکا به تایید آژانس گره خورده است، عملا هیچ تحریمی حتی تعلیق نیز نخواهد شد. نکته تاسف‌بار آنکه در متن بیانیه لوزان ضمن تاکید بر پذیرش و اجرای پروتکل الحاقی توسط ایران، تعبیر «access enhanced» نیز به کار رفته است که عملا زمینه برای دسترسی‌های بیشتر و فرا پروتکلی آژانس به اماکن و افراد در ایران را مهیا کرده است.»