متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسمه تعالی
با تأثر و تأسف فراوان خبر درگذشت عالم محقق و مجاهد مرحوم آیهًْ الله آقای حاج شیخ مهدی آصفی رحمهًْ الله علیه را دریافت کردم. ایشان فقیهی نواندیش و متکلمی ماهر و نویسنده‌ای پر کار و اثرگذار بود و دهها کتاب مفید و ناظر به مسائل مورد ابتلا در حوزه‌ عقاید و کلام و فقه، ثمره‌ عمر با برکت ایشان است. آن مرحوم همچنین در عرصه‌ مبارزات سیاسی و اجتماعی در عراق، از سابقه‌ای درخشان برخوردار بود و فکر سنجیده و تحلیل عمیق از مسائل منطقه، در شمار ویژگیهای این شخصیت جامع الاطراف محسوب می‌گشت. زهد و بی‌رغبتی به تمتعات مادی و تن سپردن به معیشت و زیست فقیرانه‌ طلبگی از خصوصیات برجسته‌ دیگر این روحانی عالیقدر بود. سالها تحمل زحمت نمایندگی اینجانب در نجف اشرف، حق بزرگی را از آن مرحوم بر عهده‌ اینجانب می‌گذارد که امید دارم لطف و رحمت الهی حقگزار همه‌ خدمات علمی و دینی و اجتماعی ایشان باشد.
به عموم بازماندگان ایشان و نیز به دوستان و ارادتمندان و مستفیدان از آن مرحوم تسلیت عرض میکنم و علو درجات و رحمت و مغفرت حضرت احدیت را برای ایشان مسألت میکنم.

سید علی خامنه‌ای
14 خرداد 1394
گفتنی است مراجع عظام تقلید آیات نوری همدانی و مکارم شیرازی، آیت‌الله یزدی رئیس مجلس خبرگان رهبری، روسای جمهور، مجلس و قوه قضائیه و ...نیز در پیام‌های جداگانه‌ای درگذشت آیت‌الله حاج شیخ مهدی آصفی را تسلیت گفتند.