دانشگاه آزاد اسلامی در حال حاضر دارای 639 تشکل دانشجویی، تشکل اساتید و هیئت مذهبی است. پیش از مدیریت «حمید میرزاده» رئیس فعلی دانشگاه آزاد بخش عظیمی از روسای این تشکلات از طریق انتخابات و توسط دانشجویان انتخاب می‌شدند اما در حال حاضر تعداد انتخابات برای تعیین روسای این تشکل‌ها از 210 مورد انتخابات در زمان مدیریت فرهاد دانشجو به 50 مورد تقلیل یافته است و این کاهش چشمگیر انتخابات در حالی انجام می‌شود که به نظر می‌رسد چیدمان روسای این تشکیلات کاملا مغرضانه و مطابق با اغراض انتخاباتی جریان سیاسی حاکم بر این دانشگاه صورت می‌گیرد.
به گزارش جهان‌نیوز از دوران جاسبی 3 اتحادیه دانشجویی در دانشگاه آزاد فعالیت می‌کردند و به فعالیت سیاسی می‌پرداختند. طبق قانون روسای این اتحادیه‌ها باید با انتخابات و توسط دانشجویان انتخاب شوند اما در طول دوره ریاست آقای میرزاده بر دانشگاه آزاد دبیرکل اتحادیه‌ها به صورت غیرقانونی و با اعمال نظر آقایان طه هاشمی معاون فرهنگی و اجتماعی دانشگاه آزاد اسلامی و علی قدمیاری مدیرکل تشکل‌های دانشگاه آزاد انتخاب می‌شوند.
به نظر می‌رسد با وجود افزایش روزافزون شهریه‌های دانشگاه آزاد و کاهش کیفیت آموزشی این دانشگاه بخشی از درآمدهای ناشی از شهریه‌ها صرف اغراض سیاسی جریان اصلاحات و حامیان آن در دانشگاه مذکور می‌شود. جالب آنجاست که در ابتدای سال تحصیلی هر سال روسای دانشگاه آزاد کمبود بودجه را علت افزایش شهریه‌ها اعلام می‌کنند اما مجموعه رویدادهای این دانشگاه نشان می‌دهد که ظاهرا هزینه‌های پرداخت شده از سوی دانشجویان به جای هزینه شدن برای آنها به منظور اغراض سیاسی جریان اصلاحات مورد بهره‌برداری قرار می‌گیرد.
اتحادیه تازه تاسیس انجمن‌های اصلاح‌طلب دانشگاه آزاد نیز بدون طی کردن مراحل قانونی و بدون مجوز از هیئت نظارت و با تمرکز بر فعالیت انتخاباتی جریان اصلاحات تشکیل شده است که اعضای آن نیز همانند سه اتحادیه دیگر از سوی حلقه ساختمان فرهیختگان تعیین شده است. اعضای شورای مرکزی این اتحادیه‌ها عمدتا از فارغ‌التحصیلان این دانشگاه انتخاب شده‌اند که ارتباط چندانی با بدنه دانشجویی ندارند. برخی از اعضا نیز دارای پرونده در کمیته انضباطی بوده و به تبع فاقد وجاهت قانونی برای احراز سمت در هر تشکل و اتحادیه‌ای هستند.
مجموعه فعالیت‌های سازماندهی شده تشکل‌های دانشگاه آزاد اسلامی یادآور فعالیت افرادی چون حمزه کرمی مدیر سایت جمهوریت در فتنه 88 است. در زمان فتنه نیز افرادی چون کرمی با استفاده از بودجه دانشگاه آزاد اسلامی اقدام به فعالیت انتخاباتی و سپس القای شبهه تقلب در انتخابات کردند. کرمی در جلسه دادگاه گفته بود اینجانب مدیر اسمی سایت جمهوریت بودم و در واقع مدیر رسمی این سایت مهدی هاشمی بود. او معتقد بود که انتخابات با پول بیت‌المال صورت گرفته در دانشگاه اعتقادی به هزینه شخصی برای انتخابات نداشت. کرمی رسما با اعتراف به فعالیت‌های پولشویی صورت گرفته در دانشگاه آزاد گفته بود. مهدی هاشمی معتقد به پولشویی بود و همین کار را در سازمان بهینه‌سازی مصرف سوخت انجام می‌داد... سایت جمهوریت ابتدا قرار بود در انتخابات فعال شده و نسبت به دولت نهم نیز نقدهایی داشته باشد ولی کار به جایی کشید که سایت برخلاف واقعیت، شبهه تقلب در انتخابات را تلقین کرد.