در بخشی از این جوابیه آمده است: مطهری به ریاست قوه قضائیه نسبت داده است که گفته‌اند آقای احمدی‌نژاد دو بار درباره رفع حصر نامه نوشته است. پس از استفسار از ریاست محترم قوه قضائیه معلوم شد که این نسبت کذب محض است.
در این جوابیه همچنین تصریح شده است: علی مطهری در اصل امضای مصوبه شورای امنیت ملی تشکیک نموده و در صدد القاء این موضوع است که این مصوبه به امضای رئیس وقت شورای عالی امنیت ملی نرسیده است. از نماینده مجلس که خود قانون‌گذار است انتظار نمی‌رود چنین اکاذیبی را به رؤسای محترم قوا که از اعضای موثر شورای عالی امنیت ملی هستند نسبت دهد و در مصوبات یکی از مراجع عالی کشور ایجاد تردید نماید؛ آن هم با حدسیات واهی.
روابط عمومی قوه قضائیه در پاسخ به این ادعای مطهری که حصر سران فتنه با موادی از قانون اساسی مغایرت دارد تاکید کرده است: مدعی، حصر سران فتنه را با اصول سی و دوم لغایت سی و هفتم قانون اساسی مغایر دانسته است. این در حالی است که اصول سی و دوم و سی و سوم قانون اساسی که به ممنوعیت دستگیری، بازداشت و تبعید افراد تصریح نموده، استثنای «مگر به حکم و ترتیبی که قانون معین می‌کند» (در اصل سی و دوم) و «مگر در مواردی که قانون مقرر می‌دارد» (در اصل سی و سوم) را در نظر گرفته است. اصول دیگر مورد استناد ایشان... بدون وجه به کار رفته و ارتباطی با مصوبه شورای عالی امنیت ملی ندارد.
مدعی تفاوت حبس، حصر و اعمال مجازات‌ها را نمی‌داند
 قوه قضائیه در پاسخ به این ادعا که شورای عالی امنیت ملی متهمان را به حبس یا اعدام محکوم می کند نیز تاکید کرده است : [مدعی] تفاوت حبس و حصر و اعمال مجازات‌ها را نمی‌داند... بسیار جای تاسف است که نماینده مجلس که باید به ادبیات تقنینی احاطه داشته باشد، تفاوت حصر و محکومیت به حبس یا اعدام را نداند. شورای عالی امنیت ملی دادگاه نیست که کسی را محکوم به حبس یا اعدام کند.
در این جوابیه و در مورد دادگاه سران فتنه نیز آمده است: وظیفه‌ دادگاه دادرسی است نه ایجاد تریبونی برای سخنرانی دیگران و رساندن حرف‌های خود؛ ثانیاً، اصل علنی بودن محاکم که نمودی از نظام دادرسی اتهامی است، با انتشار جلسات دادگاه در رسانه‌ها متفاوت است. به همین جهت است که ماده‌ 188 قانون آیین دادرسی دادگاه‌های عمومی و انقلاب در امور کیفری مصوب 1388 که به اصل علنی بودن محاکم اشاره نموده، در تبصره‌ 1 ضمن تعریف علنی بودن، انتشار جریان دادرسی را با محدودیت‌هایی پیش‌بینی کرده است؛ توجه به این نکته لازم است که قانون مجازات اسلامی مصوب 1392 در ماده‌ 36 حتی انتشار حکم محکومیت قطعی محکومان را منوط به عدم تهدید برای «اخلال در نظم یا امنیت» نموده است. لذا دادن چنین فرصتی به متهمان در دادگاه‌ها که در مرحله‌ دفاع از اتهامات است، موجبات قانونی ندارد.
مغایرت ادعای موقت بودن مصوبات شورا
با اصل دوام مقررات
 روابط عمومی قوه قضائیه درباره ادعای مدعی مبنی بر موقت بودن مصوبات شورای عالی امنیت ملی نیز تاکید کرده است: این ادعا با اصل دوام مقررات و ضرورت تشخیص زمان اجرای مقرره توسط واضع آن مغایر است. هم چنان که مصوبات مجمع تشخیص مصلحت نظام و قوانین تصویب شده در مجلس شورای اسلامی صرفاً با نسخ توسط همان مرجع فاقد اثر می‌شود (مگر آنکه در نفس مصوبه زمان معیّنی برای آن معیّن شده باشد )، در خصوص مصوبات شورای عالی امنیت ملی، نیز تا زمانی که مصوبه توسط خود شورا ملغی نشود، به اعتبار خود باقی است. به راستی آیا مصوبات مجلس شورای اسلامی هم خود به ‌خود لغو و بی‌اثر می‌شوند؟! به نظر می‌رسد مدعی از فرآیند اقدامات و مصوبات شورای عالی امنیت ملی بی‌اطلاع است که تصور می‌کند مصوبات شورا پس از مدتی، خود به خود و بدون مصوبه جدید لغو می‌گردد.