محسن کدیور به همراه مهاجرانی، گنجی، عبدالعلی بازرگان و سروش پنج نفری بودند که پس از اوج‌گیری فتنه 88 ادعا کردند اتاق فکر جنبش سبز در خارج کشور هستند. آنها سایت جرس را نیز راه‌اندازی کردند اما پس از شکست فتنه سبز، سایت نیمه تعطیل جرس به کدیور رسید؛ کسی که با اغوای منتظری برخی استفتائات مورد نیاز گروهک‌ها را از وی اخذ کرد!
کدیور ضمن مطلبی در جرس با تخطئه موسوی بجنوردی که تصریح کرده بود بهائیان هیچ حقی ندارند، نوشت: مطالب وی درباره محرومیت بهائیان از حقوق شهروندی فاقد وجاهت شرعی و قانونی است.
وی می‌افزاید: اگر منظور گوینده و دیگر بلندگوهای رسمی جمهوری اسلامی از ارتباط بهائیان با دولت غاصب اسرائیل قرار داشتن مقر بهائیت در حیفا (فلسطین اشغالی) است، ایشان ظاهراً خبر ندارد که این مقر در سال 1890 در ارض فلسطین تأسیس شده و تاریخ تشکیل دولت نژادپرست اسرائیل 1948 است، یعنی 58 سال قبل از تأسیس دولت اسرائیل! ارتباط یک بهائی با هم‌کیشان خود و رهبران آئینی معنایش لزوماً همکاری با اسرائیل نیست.
کدیور همچنین نوشت: اینکه تجسس از احوال شخصیه افراد لازم نیست هم اختصاصی به بهائی‌ها ندارد، تجسس در احوال شخصیه همگان ممنوع است.
کدیور ادعا کرد: منکر اسلام بودن، منکر امام زمان بودن، منکر خاتمیت پیامبر اسلام بودن، منکر خدا بودن و در یک کلام کافر و ملحد بودن هیچ فردی را از حقوق پایه انسانی، حقوق بشر و حقوق شهروندی محروم نمی‌کند. این حقوق هیچ ربطی به دین و مذهب و آئین و عقیده ندارد. هیچ دلیل معتبر دینی برای محرومیت بهائیان از حقوق بشر، حقوق شهروندی و حقوق پایه انسانی وجود ندارد.
شایان ذکر است بهائیت گروهک دست‌ساز رژیم انگلیس در جهان تشیع- به موازات جعل گروهک وهابیت در دنیای اهل تسنن- است و اساساً سازمانی با کارکرد مهره‌سازی و مهره‌چینی در ایران و علیه مرجعیت و مهدویت بود. بنابراین درست در زمانی که صهیونیسم بین‌الملل - به میزبانی انگلیس- نفوذ در عمق خاورمیانه را برنامه‌ریزی می‌کرد، بهائیت نیز راه‌اندازی شد و در دوره سیطره انگلیس بر فلسطین- قبل از اشغال رسمی توسط صهیونیست‌ها- به ایجاد جای پا در سرزمین فلسطین پرداخت. اکنون نیز سران بهائیت وثیق‌ترین پیوندها را با سران رژیم صهیونیستی دارند همچنان که در روزگار رژیم پهلوی، مهره‌های بهایی نزدیک به انگلیس و اسرائیل، در ارکان سیاسی، نظامی، اقتصادی و اطلاعاتی آن رژیم منحوس حضور تعیین‌کننده داشتند که از آن جمله به امیرعباس هویدا، عبدالکریم ایادی، هژبر یزدانی، حبیب ثابت پاسال، پرویز ثابتی، فرخ روپارسا، ارتشبد ازهاری، ارتشبد جعفر شفقت، ارتشبد فریدون جم، و... می‌توان اشاره کرد.
این گروهک صهیونیستی در فتنه 88 نیز نقش عمده‌ای داشتند و برخی اعضای آن در فتنه‌انگیزی و حرمت‌شکنی بی‌سابقه روز عاشورای سال 88 از سوی وزارت اطلاعات دستگیر شدند. بنابراین گروهک بهائیت ضمن اینکه عاملیت صریح رژیم‌های متخاصم بیگانه را در طول سده گذشته به طور مترتب برعهده داشته، تلاشی سازمان یافته برای تحریف در مکتب اسلام است و از این جهت وابستگان به آن نقش ستون پنجم دشمن را ایفا می‌کنند.
اما از همه جالب‌تر دفاع معنادار امثال کدیور -آخوند انگلیسی و آمریکایی مآب- از گروهک صهیونیستی بهائیت است که پیوند نامبرده با صهیونیست‌ها را تأیید می‌کند.
یادآور می‌شود کدیور به هنگام حیات آقای منتظری، ضمن اغوای وی استفتایی را با وی مطرح و فتوایی را علیه فناوری هسته‌ای گرفته بود.