حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب اسلامی میزان مشارکت در مرحله اول انتخابات را کمتر از حد توقع و خلاف پیش‌بینی‌ها خواندند و گفتند: این مسئله عللی دارد که اهل سیاست و جامعه‌شناسان آنها را بررسی می‌کنند.

ایشان تصور برخی‌ها را مبنی بر اینکه هر کسی در مرحله اول رأی نداده مخالف نظام است، صددرصد اشتباه خواندند و گفتند: ممکن است عده‌ای، از برخی مسئولان و یا حتی نظام اسلامی خوششان نیاید همان‌گونه که آزادانه این حرف‌ها را می‌زنند اما این ذهنیت که هر کسی رأی نداده متصل به این افراد و این طرز فکر است کاملاً غلط و اشتباه است. رهبر معظم انقلاب اسلامی افزودند: خیلی‌ها مشکل و کار و گرفتاری دارند و یا به علل دیگر در رأی‌گیری شرکت نکردند که ان‌شاءالله در مرحله دوم اجتماع مردم پای صندوق‌های رأی، شوق‌انگیز و مایه‌ آبروی نظام باشد. حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای مشارکت مردم را پشتوانه و مایه‌ سربلندی نظام خواندند و تأکید کردند: هر قدر مشارکت بهتر، صریح‌تر و روشن‌تر باشد نظام برای تحقق اهداف خود در داخل  و پیگیری اهداف در مجموعه امتداد راهبردی کشور، از توانایی بیشتری برخوردار خواهد شد که  این مسئله فرصت بسیار بزرگی است.

ایشان ابراز امیدواری کردند: خداوند توفیق بهترین انتخاب را به مردم عنایت فرماید تا فرد منتخب بتواند اهداف نظام و ملت را محقق سازد.

رهبر انقلاب در ابتدای این دیدار،‌ برنامه‌های تحولی مدرسه عالی شهید مطهری را حرکتی ضروری و صحیح خواندند و گفتند: برنامه‌ها، باید با حفظ اصول و مبانی و بر حسب نیازهای زمان، نوبه‌نو متحول شود چراکه حوزه‌های علمیه واقعا به حرکات جدید نیاز دارند.

ایشان با تأکید بر مسئله انضباط و اشراف مدیریتی بر فعالیت‌‌ها گفتند: مدرسه عالی شهید مطهری می‌تواند مظهر حوزه تهران بشود ضمن اینکه به عنوان محیطی حوزوی و دانشگاهی باید افرادی را پرورش دهد که علاوه‌بر علم، ‌دارای تقوا و تزکیه نفس باشند.