سید محمد خاتمی، در پیامی به بهانه نشست « نهج‌البلاغه و آیت‌الله منتظری»، که با حضور برخی عناصر گروهکی و باند مهدی‌هاشمی معدوم برگزار شد، نوشت: «عالمان و ‌اندیشمندان و مصلحان خیراندیش در ساحت دین و دنیا کم نبوده‌اند، از جمله در عالم تشیّع. ادعای من این است که آیت‌الله‌العظمی منتظری در‌اندیشه و انگاره شیعی شخصیتی کم نظیر است. در ایشان ویژگی‌های زیر برجستگی دارد:۱.جامع نگری؛ در عین حال که شخصیت‌اندیشگی ایشان شخصیت فقهی است اما در کلام، فلسفه، عرفان (نظری) تفسیر و دیگر شاخه‌ها و شعبه‌های‌اندیشگی در عالم اسلام از سرآمدان ژرف‌اندیشند. ۲.در ساحت فقه؛ به خصوص با تأثری که از مکتب ممتاز استاد خود آیت‌الله‌العظمی بروجردی که متأسفانه کمتر مورد توجه قرار گرفته است داشتند، و نوآوری‌ها و ژرف‌اندیشی‌های درخور توجهی دارند. ۳.در عرصه اجتماعی؛ انسانی که درد جامعه را داشته و برای رهایی آن از جهل موجود و عقب‌ماندگی و به خصوص از استبداد وابسته به استعمار کوشیدند و هزینه‌های سنگینی نیز از این بابت پرداختند. ۴.تلاش برای روزآمد شدن در درک مشکلات و رفع آنها، در روزگاری که ناکارآمدی و از رمق‌افتادگی ‌اندیشه دینی به‌خصوص وجهه شریعتی آن، موجب تردیدهای فراوان و حتی‌گریز از دین شده است. به‌خصوص در دو دهه آخر عمر شریفشان در این باب تلاش‌های ارزنده‌ای داشتند که هر یک از این خصوصیات درخور پژوهش‌ها، هم‌اندیشی‌ها و گردهمایی‌هایی است تا به درستی شخصیت ممتاز ایشان شناخته و شناسانده شود.»

تلاش خاتمی برای معرفی آقای منتظری به عنوان فردی مصلح با شخصیت جامع‌نگر در حالی است که منتظری در برخی مواضع متاخر خود حتی از عناصر گروهک ضد اسلامی بهائیت و سازمان تروریستی منافقین حمایت کرد.

حضرت امام خمینی(ره) در تاریخ 6 فروردین سال 68 در نامه معروف‌شان، خطاب به آیت‌الله منتظری نوشتند: «جناب آقای منتظری؛ با دلی پرخون و قلبی شکسته چند کلمه‌ای برایتان می‌نویسم تا مردم روزی در جریان امر قرار گیرند. شما در نامه اخیرتان نوشته‌اید که «نظر تو را شرعاً بر نظر خودم مقدم می‌دانم، خدا را در نظر می‌گیرم و مسائل را گوشزد می‌کنم». از آنجا که روشن شده است که شما این کشور و انقلاب اسلامی عزیز مردم مسلمان ایران را پس از من به دست لیبرال‌ها و از کانال آنها به منافقین می‌‌سپارید، صلاحیت و مشروعیت رهبری آینده نظام را از دست داده‌اید. شما در اکثر نامه‌ها و صحبت‌ها و موضعگیری‌هایتان، نشان دادید که معتقدید لیبرال‌ها و منافقین باید بر کشور حکومت کنند. به‌قدری مطالبی که می‌گفتید دیکته‌شده منافقین بود که من فایده‌ای برای جواب به آنها نمی‌دیدم، مثلاً در همین دفاعیه شما از منافقین تعداد بسیار معدودی که در جنگ مسلحانه علیه اسلام و انقلاب محکوم به اعدام شده بودند را منافقین از دهان و قلم شما به آلاف و الوف رساندند و می‌بینید که چه خدمت ارزنده‌ای به استکبار کرده‌اید.

در مسئله مهدی‌هاشمی قاتل، شما او را از همه متدینین متدین‌تر می‌دانستید و با این‌که برایتان ثابت شده بود که او قاتل است، مرتب پیغام می‌دادید که «او را نکشید»... شما از این پس وکیل من نمی‌باشید و به طلابی که برای شما پول می‌آورند بگویید به قم منزل آقای پسندیده و یا در تهران به جماران مراجعه کنند.

بحمدالله از این پس شما مسئله مالی هم ندارید. اگر شما نظر من را شرعاً مقدم بر نظر خود می‌دانید ـ که مسلماً منافقین صلاح نمی‌دانند و شما مشغول به نوشتن چیزهایی می‌شوید که آخرتتان را خراب‌تر می‌کند ـ با دلی شکسته و سینه‌ای گداخته از آتش بی‌مهری‌ها با اتکا به خداوند متعال به شما که حاصل عمر من بودید چند نصیحت می‌کنم دیگر خود دانید:

1. سعی کنید افراد بیت خود را عوض کنید تا سهم مبارک امام بر حلقوم منافقین و گروه مهدی‌هاشمی و لیبرال‌ها نریزد.

2. از آنجا که ساده‌لوح هستید و سریعاً تحریک می‌شوید در هیچ کار سیاسی دخالت نکنید، شاید خدا از سر تقصیرات شما بگذرد.

3. دیگر نه برای من نامه بنویسید و نه اجازه دهید منافقین هرچه اسرار مملکت است را به رادیوهای بیگانه دهند.

4. نامه‌ها و سخنرانی‌های منافقین که به‌وسیله شما از رسانه‌های گروهی به مردم می‌رسید؛ ضربات سنگینی بر اسلام و انقلاب زد و موجب خیانتی بزرگ به سربازان گمنام امام زمان ـ‌ روحی له الفدا ـ و خون‌های پاک شهدای اسلام و انقلاب گردید، برای این‌که در قعر جهنم نسوزید خود اعتراف به‌اشتباه و گناه کنید، شاید خدا کمکتان کند».

امام همچنین در این نامه تاکید کردند: تاریخ اسلام پر است از خیانت بزرگانش به اسلام؛ سعی کنند تحت تأثیر دروغ‌های دیکته‌شده که این روزها رادیوهای بیگانه آن را با شوق و شور و شعف پخش می‌کنند، نگردند». 

(صحیفه امام، ج21، ص330)