شهید دکتر مهدی خداپرست در سال ۱۳۳۵ در شهر تهران و در خانواده‌ای مومن و دیندار به دنیا آمد. او فرزند ششم خانواده بود و دوران تحصیل خود را از ابتدا تا سال دوم دبیرستان در تهران گذراند و دو سال آخر دبیرستان را به شهر قم رفت. او بنابر موقعیت مذهبی خانواده و محیط شهر خون و قیام، قم با تعلیمات دینی و مذهبی الفتی دیرینه یافت و در جلسات و مراسم مذهبی فعالانه شرکت می‌نمود. به علت این روحیه مذهبی هنگامی که در کنکور پزشکی ارتش رژیم ستم شاهی پذیرفته شد، از رفتن به دانشگاه خودداری نمود و یک سال بعد در رشته فیزیوتراپی در دانشکده توانبخشی مشغول به تحصیل شد.
مهدی در دانشگاه با شرکت در اعتصاب‌های دانشجویی مبارزه خود را علیه رژیم طاغوت شروع کرد و به دلیل این فعالیتهای ضد رژیم یکی دو ترم از تحصیل محروم شد. سال آخر تحصیل او در دانشکده مصادف با سال اول انقلاب بود و او با دوستان خود در بر پایی تظاهرات و راهپیمایی‌‌ها و سازماندهی این نوع مراسم تلاش بسیار نمود، او در پخش اعلامیه‌‌ها و پیام‌های حضرت امام خمینی(ره) سر از پا نمی‌شناخت، و در تظاهرات روز ۱۷ شهریور در میدان شهدا، حضور فعال داشت و در روز ۲۲ بهمن ۱۴۵۷ در خیابان تهران نو با تانک‌‌ها و نیروهای سرکوب گر رژیم مسلحانه به مبارزه پرداخت.
شهید مهدی خداپرست بعد از پیروزی انقلاب مقدس اسلامی در بر پایی سخنرانیهای مذهبی، نمایشگاه‌های عکس و کلاس‌های عقیدتی در دانشکده و دبیرستان‌های تهران بسیار نمود. او هر چند درآمد چندانی نداشت از کمک به انقلاب و نیازمندان دریغ نمی‌کرد. مهدی با عده‌ای از دوستان خود بار‌ها به استان محروم کردستان سفر نمود و در آنجا به کارهای فرهنگی پرداخت.
او مدتی مسئولیت بسیج مسجد الهادی را به عهده داشت و بعد از آن به عضویت سپاه درآمد و به سمت معاونت طرح و برنامه‌ریزی سپاه منصوب شد. او با توجه به تخصصی که در امور پزشکی داشت، در بیمارستان شهید مصطفی خمینی به معالجه جانبازان انقلاب پرداخت و در ساعات غیر اداری نیز به طور افتخاری در آسایشگاهی در نزدیکی شهر ری به این عزیزان کمک می‌کرد و این در حالی بود که مهدی در کودکی دو کلیه خود را از دست داده بود و با یک کلیه که از برادر شهیدش به او اهدا شده بود، به زندگی خود ادامه می‌داد. به علت این فداکاری‌ها، شهید خداپرست به عنوان پدر جانبازان معروف شده بود.
مهدی مدتی نیز از طرف سپاه پاسداران در وزارت خارجه مشغول به خدمت شد و در سال ۱۳۶۰ برای انجام امور سیاسی و فرهنگی به زیمباوه و تانزانیا اعزام شد. او در همین سال ازدواج نمود و ثمره ازدواج او یک فرزند پسر بود که بعد از شهادت پدر چشم به جهان گشود. او در سال ۱۳۶۱ مدتی سرپرست امور جانبازان سپاه شد و بار‌ها برای کمک و خدمت به مجروحان به جبهه حق علیه باطل رفت و در اعزام عزیزان مجروح برای درمان به خارج از کشور تلاش زیادی نمود.
شهید خداپرست در اواخر بهمن ماه ۱۳۶۲ در آستانه عملیات پیروزمندانه خیبر برای کمک به مجروحان به جبهه شتافت و در حالی که با پزشکان دیگر در صف نماز جماعت صبح مشغول نماز بودند به‌وسیله موشک هواپیماهای دشمن به شهادت رسید، او چند روز قبل از شهادت به مادرش می‌گوید: «مادر دیشب خواب دیدم که پلاکاردی بر سر دیوار منزلمان نصب شده بود و نام من روی ان نوشته شده بود و روی دیوار‌ها عکس خود را در کنار عکس برادرم‌هادی دیدم. و در راهرو منزلمان اعلامیه‌ای بود که روی ان نوشته بود شهید مهدی خداپرست، من می‌دانم که به شهادت می‌رسم.»
شهید مهدی خداپرست از نظر اخلاقی و تقوی نمونه بود. و شهادتش حادثه‌ای ناگوار برای خانواده محسوب می‌شد. با توجه به اینکه هنوز سالگرد شهادت برادرش فرا نرسیده بود مسئولین سپاه نمی‌دانستند چگونه خبر شهادت مهدی را به خانواده اش بدهند. اما مادر مهدی بعد از شنیدن خبر شهادت دومین فرزند خود با صبوری و خویشتنداری تمام، به معراج شهدا رفت، در کنار پیکر مطهر فرزند خود نشست و صلوات فرستاد و با شهید خود نجوا کرد و دعا نمود. اشک نریخت و زجه نکرد او شهید خود را تقدیم خدا نمود. جنازه مطهر شهید بر دوش دوستان جانبازش در حالی که اشک از دیدگان آنها روان بود تشییع شد و در بهشت زهرا قطعه ۲۶، ردیف ۸۸، شماره ۳۸ درکنار مزار برادر شهیدش به خاک سپرده شد.