در بخشی از نامه توکلی به علی لاریجانی آمده است: این اصلاحیه سنگ بنای افزایش نفوذ گروه‌های دارای منافع خاص بر قوه قانونگذاری خواهد شد و  تدریجا مجلس را از منافع مردم اسلام انقلاب و استقلال کشور دور می‌سازد و به سمت منافع صاحبان زر و زور و مطامع بیگانگان میکشاند. پیچیدگی‌های دیگری هم دارد که علاوه بر خطرات و زیان‌های سابق‌الذکر تاثیر مثبتی بر کارایی تقنین نمی‌گذارد. حال که با عجله به کلیات رای داده شد به این نکات توجه کافی بفرمایید و برای اصلاح  آن را به کمیسیون ارجاع بفرمایید.
توکلی در نامه خود و در تشریح یکی از این خطرات آورده است: در مادّه 145 مکرّر کارگروهی تعریف شده است که مدیریت مهم تصمیم‌سازی اولیه در هر لایحه و طرحی را به یک یا چند عضو کمیسیون اصلی و کسانی که آنان تایید کنند می‌سپارد. و نقش کمیته‌های فعلی متشکّل از اعضای کمیسیون را حذف می‌کند. ارجاع طرح یا لایحه را به مرکز را نیز اگر ضروری بدانند انجام می‌دهند. حتی در این صورت نیز مرکز نقشش بیشتر کارپردازی است تا کارشناسی. بدین ترتیب کار از دست مرکز پژوهش‌‌ها به دست کارشناسانی می‌افتد که بر اساس مفاد بندهای پیشین ممکن است جهت‌گیری ناصحیح به تصمیم‌گیران (نمایندگان مجلس) القا نمایند.