احمد توکلی نماینده مردم تهران در مصاحبه با خبر آن‌لاین درباره ارزیابی‌اش از استیضاح وزیر علوم، گفت: من از برخورد دولت با مجلس در این موضوع تعجب کردم چون این دوستان کسانی هستند که همیشه به درستی در اظهارنظرهایشان اعلام کرده بودند که مجلس را نماد جمهوریت نظام می‌دانند.
توکلی با اشاره به برخی اظهارنظرهای مقام‌های دولتی، ادامه داد: برخی اظهارات تحقیرکننده و بی‌منطق از سوی مقامات دولت و بیان اینکه اگر وزیر هم استیضاح شود، هر کسی به وزارت علوم بیاید همین سیاست و روش را ادامه خواهد داد. این طرز سخن گفتن باعث تعجب است. باید از این آقایان پرسید که مسیر قوه مجریه را جز مجلس چه کسی تعیین می‌کند؟ اینگونه اظهارنظرها معنایی جز دیکتاتوری ندارد و با مواضع رئیس‌جمهور درباره جایگاه مجلس جور درنمی‌آید.
مجید انصاری معاون پارلمانی رئیس‌جمهور اخیرا در اظهارنظری با تاریخی خواندن استیضاح وزیر علوم در رابطه با گزینه‌های احتمالی وزارت  علوم در صورت رای‌آوری استیضاح، گفته بود: «با فرض آن که استیضاح رای بیاورد، گزینه بعدی قطعا کسی خواهد بود که تغییری در خط مشی وزارت علوم ایجاد نخواهد کرد.»
توکلی با اشاره به حمایتش از دولت در زمان رای اعتماد، گفت: بنده کسی بودم که در دفاع از کلیت دولت در مجلس به عنوان موافق حرف زدم و درباره انتخاب وزیر علوم با صراحت اعلام کردم چون در دانشگاه‌ها به طور نسبی اصلاح‌طلبان بیشترند، باید یک وزیر اصلاح طلب معرفی شود. ولی با هر یک که معرفی شد یا در معرض معرفی شدن بود، از جمله آقای دکتر فرجی‌دانا ملاقات داشتم و تاکید می‌کردم که باید دانشگاه دولت و مجلس حداکثر تفاهم را با هم داشته باشند. حتی یک بار سرپایی به یاد آقای دکتر فرجی‌دانا آوردم که داری اشتباه‌ می‌روی!
به گفته توکلی وزیر علوم و برخی نزدیکانش به جای کمک به تفاهم، برعکس عمل کردند.