مرگ ناگهانی رئیس‌جمهور سابق وبرکنار شده مصر در جلسه دادگاه، باعث ایجاد این فرضیه شده که نباید به راحتی آن را یک مرگ طبیعی دانست. بسیاری از شخصیت‌ها نسبت به این حادثه تردید کرده و روایت دولت مصر را مبنی بر «ایست قلبی» مرسی قبول ندارند. در این رابطه، روزنامه انگلیسی «ایندیپندنت» نوشت، پلیس مصر مرسی را در حالی که بیش از ۲۰ دقیقه در جلسه دادگاه روی زمین افتاده و هوشیاری خود را از دست داده بود، به حال خود رها کرد و به این دلیل، پلیس متهم است که موجب مرگ او شده است. به گزارش ایسنا، ایندیپندنت به نقل از دوستان رئیس‌جمهور سابق مصر نوشت، پلیس مصر زمانی که مرسی در جلسه دادگاه هوشیاری خود را از دست داد، نتوانست کمک‌های اولیه را با سرعت و اثربخشی لازم برای او فراهم کند. مرسی که با بیماری دیابت و فشارخون و مشکلات کبدی دست و پنجه نرم می‌کرده، عصر دوشنبه در جلسه دادگاه و در حالی که در داخل قفس شیشه‌ای قرار داشت، بر زمین افتاد و هوشیاری خود را از دست داد. در مقابل دادستانی کل مصر با انتشار بیانیه کوتاهی تاکید کرد، مرسی بلافاصله به بیمارستان منتقل شد. پس از آن، فوت او اعلام و علت مرگ نیز سکته قلبی اعلام شده است. ایندیپندنت به نقل از «بدالله الحداد» که پدر و برادرش همراه با مرسی در دادگاه محاکمه می‌شدند، گفت: «شاهدان عینی به من اطلاع دادند هیچ‌یک از نگهبانان و نیروهای امنیتی بابت اتفاقی که برای مرسی رخ داد، ناراحت نشده و هیچ‌گونه تمایلی برای کمک به او نشان ندادند.» الحداد افزود:« دیگر زندانیان زمانی که دیدند مرسی روی زمین افتاده، شروع به فریاد زدن و درخواست کمک کردند. برخی از آنها که پزشک بودند درخواست کمک‌های اولیه کردند، اما مرسی همچنان روی زمین رها شده بود و در نهایت هم نگهبانان زندان او را از جلسه دادگاه بیرون بردند. ماشین آمبولانس نیز نیم ساعت بعد رسید.» او افزود: «‌رها کردن مرسی بر روی زمین به حال خود، عامدانه بوده است. اولین کاری که نگهبانان زندان پس از فریادهای دوستان مرسی انجام دادند، این بوده است که خانواده او را از سالن دادگاه بیرون کردند.» این روزنامه انگلیسی در ادامه نوشت:« گفته‌های الحداد از سوی شخص دیگری نیز تأیید شده است، اما این شخص نخواست به دلایل امنیتی هویتش فاش شود.» همچنین «عمرو دراج» که به عنوان وزیر همکاری‌های بین‌المللی در دولت مرسی فعالیت داشت، این اظهارات را تایید کرد و گفت: « مرسی برای حدود نیم ساعت کف قفس شیشه‌ای افتاده بود و اقدام پزشکی لازم برای او انجام نشده است.»
اظهارات اردوغان
از سوی دیگر، مراسم نماز میت غیابی برای «محمد مُرسی» روز سه‌شنبه با حضور «رجب طیب اردوغان» رئیس‌جمهور ترکیه، در مسجد «فاتح» اسلامبول برگزار شد. به گزارش آناتولی، اردوغان پس از اقامه نماز، با شهید خواندن مُرسی گفت:اعتقادی به مرگ طبیعی وی ندارم. اروپا نیز مانند رویدادهای پس از کودتای مصر، در قبال شهادت مرسی سکوت کرده است». در واکنش به این اظهارات، «صلاح حسب الله»سخنگوی پارلمان مصر، محمد مرسی را «دیکتاتور» خواند و گفت:« اظهارات اردوغان به منزله مداخله آشکار وی در امور مصر است.» وی افزود: « انقلاب بزرگ ملت مصر در سال ۲۰۱۳، آرزوها و طرح‌های شیطانی اردوغان را نابود کرد و وی را به دشمن اول مصر، ملت و رهبری آن تبدیل نمود.» حسب الله در حالی مرسی را دیکتاتور خواند که مرسی با انتخابات به قدرت رسیده و با مخالفان خود نیز مدارا می‌کرده است.
اعتراض به مرگ مشکوک مرسی
از سوی دیگر، سازمان‌های عربی و بین‌المللی دولت و مسئولان عالی‌رتبه مصر را به قتل عمد اولین رئیس‌جمهور منتخب مردمی این کشور متهم کردند. ۱۲ سازمان حقوقی طی بیانیه مشترکی اعلام کرده‌اند که مسئولیت مرگ مرسی بر عهده دستگاه امنیتی مصر، به ویژه اداره زندان‌های این کشور است که با بی‌توجهی عامدانه و روشمند، مرسی را از دریافت خدمات درمانی و پزشکی لازم محروم می‌کرده‌اند. این سازمان‌های حقوقی همچنین، مسئولیت جنایی، اجتماعی و سیاسی مرگ مرسی را متوجه دولت حاضر مصر و در رأس آن «عبدالفتاح السیسی» دانستند. السیسی در سال ۲۰۱۳ طی یک کودتا علیه دولت قانونی مرسی، به قدرت رسیده و از آن زمان تا کنون مخالفان را به شدت سرکوب کرده است. این سازمان‌های حقوقی تاکید کرده‌اند که محمد مرسی از کم کاری پزشکی رنج می‌برده و به صورت عامدانه و تدریجی طی سال‌های زندان، به قتل رسیده است. پارلمان آلمان نیز ضمن انتقاد از عملکرد دستگاه قضایی مصر در پرونده مرگ مرسی، خواستار انجام تحقیقات جامع در این باره شد. البته، ناگفته نماند که آلمان به همراه سایر کشورهای اروپایی و آمریکا، حامیان اصلی السیسی و دولت کودتایی وی هستند.