اولین ارتباط سپهبد کیا در آشنایی با ماجرایِ یهودیان و همراهی با آنان، در جریانِ جنگ دوم جهانی که در کشور سوئد در حال تحصیل و تجارت بود، شکل گرفت. توصیف این آشنایی در بیان خاطراتِ وی به این شرح است‌:
«به خصوص یک تاجر برلیان و این‌ها که آمده بود آنجا[سوئد]، فرار کرده بود، یهودی بود و آمد تمام برلیان‌ها، تمام چیزهایش را پیش من قایم کرد که یواش یواش بتواند بفروشد و مزاحمش نشوند.»245
پس از بازگشتِ حاجعلی کیا به ایران و قرار گرفتن در جایگاه ریاست مرزبانی کشور، ارتباط حاجعلی کیا با اسرائیل، در زمان نخست‌وزیری دکتر محمد مصدق علنی شد و این درحالی بود که در هسته مرکزیِ سازمان کوک که به ریاست محمدرضا پهلوی شکل گرفت، یکی از اعضایِ اصلی به نام «موسی طوب» اسرائیلی بود.
در زمان تشکیلِ دولت جعلی اسرائیل، یکی از اتفاقات مهم، انتقالِ یهودیان به سرزمین‌های‌اشغالی بود که با سازماندهی خاصی صورت گرفت.
در زمان این اتفاق، ایران یکی از کشورهایی بود که در اجرای این امر، تسهیلاتی ایجاد کرده بود. در این موقع، حاجعلی کیا که به درجه سرتیپی رسیده بود، ریاست مرزبانی کشور را به عهده داشت و بدیهی بود که بخش اصلی این تسهیلات، در مناطق مرزی صورت می‌گرفت. در گزارشی که در این خصوص تنظیم گردیده، آمده است‌:
«تاکنون تعداد 30000 نفر از کلیمی‌های عراق عرب به طور قاچاق یا (فورمالیته)، به عنوان پناهنده وارد ایران گردیدند و برای هر نفر از آنها، نماینده انجمن کلیمی‌ها در تهران، طبق قرارداد مخصوص و محرمانه که مابین تیمسار کیا رئیس‌مرزبانی کل یا به عبارت دیگر (رئیس‌دزدبانی) و معاون او سرهنگ حماسی و رئیس‌دفتر او سرهنگ محمدزاده[بسته شده]، مبلغ 1500 ریال پرداخت می‌شود و این در صورتی است که در ظرف چهل[و] هشت ساعت از تهران خارج شود برود فلسطین. اما موضوع مهم‌تر این است که تا این ‌اندازه هم اکتفا ننموده، برای پولدارهای آنها، که نخواهند بروند فلسطین، به عنوان حق‌السکوت از هر نفر 20000 الی 100000 ریال رشوه گرفته می‌شود. برای تصدیق عرایض اینجانبان، تقاضا داریم رسیدگی به کاخهای تیمسار معظم رئیس‌اداره مرزبانی در باغ صبا خیابان شمیران و پولهایی که در بانک‌ها[ی] داخل و خارج دارند، بشود. و محل اجتماع لیدرهای کلیمی، به محل‌های مزبور مراجعه شود. کافه قنادی نادری، خیابان نادری، کافه قنادی شمیران روبروی سفارت انگلیس و مهمانخانه نوین لاله‌زار نو. حال به این اندازه اکتفا نموده و منتظر اقدامات آن ‌جناب هستیم.»246
یکی از امضاهای ذیلِ این نامه، به نام پرویز خوانساری، یکی از رجال سیاسی وزارت خارجه بود، که با حاجعلی کیا نیز دوستی صمیمانه داشت و در این زمان بنا بر تحقیق رکن دوم ارتش، در لندن بود؛ که به همین دلیل، امضاهای ذیل گزارش «جعلی» تشخیص داده شد و پیگیری موضوع از دستور کار خارج گردید.247
در عملیاتِ انتقالِ یهودیان به سرزمین‌های‌اشغالی، نزدیک به 30000 نفر آنان از راه ایران به اسرائیل رفتند، که یک سوم آنان، پناهندگان عراقی و مابقی از افغانستان و کردستان ایران و ناحیه دریای خزر و برخی نیز از تهران بودند. در این جریان، ایران نقش محوری داشت که به وسیله دفتر آژانس یهود موسوم به «سخنوت»، که در خیابان سوم اسفند تهران، (سرهنگ سخائی فعلی) قرار داشت، این عملیات سازماندهی می‌گردید.
گزارش سوءاستفاده‌های سرتیپ کیا در این اقدام، به او داده شد و وی پاسخ داد‌:
«شرحی با امضاهای جعلی مبنی بر سوءاستفاده بنده و رفقای بنده از پناهندگان کلیمی تهیه و جهت مشوب نمودن اذهان مقامات عالیه، می‌فرستند، گو اینکه پنهان کردن اسم و آدرس حقیقی تهیه‌کننده اینگونه نامه‌ها، دلیل بر تحریکات و اغراض شخصی است؛ ولی چون درخصوص کلیمیان بخصوص ممکن است اینگونه گزارشات، ظاهر فریبنده داشته باشد؛ استدعا دارم هر شخصی را که فوق‌العاده طرف اعتماد آن ریاست معظم می‌باشد مأمور فرمایند رسیدگی کامل شود؛ چون اگر رسیدگی نشده و موضوع کاملاً بر اولیای امور روشن نگردد، ممکن است رفته رفته افسران با ایمان و با علاقه امور مرزبانی دلسرد و نتوانند آنطوری که لازم است این خدمات صادقانه را ادامه دهند.»
و در ذیل این نامه خطاب به سرتیپ امینی، برادرِ نخست‌وزیر جنجالی دهه 1340ش، که به دستگیری تعدادی از رجال سیاسی نظامی، از جمله سپهبد حاجعلی کیا اقدام نمود، نوشته شد‌:
«در این خصوص باید کمیسیونی تعیین شود و نماینده بازرسی کل هم شرکت کند و دقیقاً به این اتهامات رسیدگی و نتیجه گزارش شود. صورت کارمندان کمیسیون را به نظر اینجانب برسانید.»248
که در جریان این رسیدگی نیز، پاسخ قبلی تکرار شد‌:
«رکن دوم بر اثر رسیدگی‌های معموله چنین نتیجه گرفته که امضای کاغذ امضاء شده را جعل کرده‌اند. کما اینکه پرویز خونساری مدتی است در لندن است و کلیه امضاها با یک جوهر و به خط یک نفر می‌باشد.»249
در راستایِ همین خدمات و ارتباطات بود که یکی از مرتبطین اصلی او در این دوران، «مئیر عزری» نماینده رژیم‌اشغالگر قدس در ایران بود که سپهبد کیا را «سرور ارجمند» خطاب می‌نمود‌:
«امیدوارم در برنامه‌های خود موفق شده و در راه خدمت به شاهنشاه و میهن، توفیق کامل نصیب شده باشد. به طوری که پنج روز پیش تلگرافاً اطلاع داشتم، برنامه‌هایی در آمریکا تهیه شده است که طی مدت اقامت حضرت اجل عملی خواهد شد. در این برنامه‌ها، میهمانی‌ها و ملاقات‌ها و مذاکرات و تماسهایی پیش ‌بینی شده و اظهار تمایل شده که وابسته نظامی ایران در آنجا، با وابسته ما در تماس بوده، که برنامه‌های خود و آنها را تطبیق نماید. امیدوارم در این مورد موفقیت کامل نصیب گردد.
البته چنانچه در آنجا موضوعی به نظرتان رسیدکه چاکر باید از طریق خودم انجام دهم، به وسیله تیمسار حماسی، امر می‌فرمایید و انجام خواهد شد. فریدون خان[کیا] هم امروز صبح بناست وارد تهران شوند. کارهای ما پس از تشریف بردن حضرت اجل، همانطور مانده است و پیرو تلگراف دوم، امیدوارم همانطور که مرقوم فرموده‌اید، پس از بازگشت آقای [غلامعباس]آرام، عملی شود. بنده طبق دستور حضرت اجل با آنها تماس خواهم داشت.
از خداوند سعادت و موفقیت و توفیق کامل حضرت اجل را همواره مسئلت می‌نمایم.»250