تامین مالی آموزش‌عالی ضمن اینکه انرژی لازم برای کارکردهای نظام آموزش‌عالی را فراهم می‌نماید و بدون آن انجام هیچ فعالیتی ممکن نیست، می‌تواند به عنوان ابزار اصلی هدایت نظام آموزش‌عالی نیز ایفای نقش می‌نماید. به عبارت دیگر این ابزار مالی مهمترین ابزار در اختیار دولت است که می‌تواند با انتخاب الگوی مناسب تخصیص آن به بازیگران آموزش عالی - اعم از متقاضیان و عرضه‌کنندگان- تحولی اساسی در افزایش کارآیی آموزش عالی و حرکت در مسیر اهداف کلان کشور ایجاد کند.
با توجه به توان مالی محدود دولت در تامین منابع مالی بخش‌های هزینه‌ای موضوع تنوع‌بخشی به منابع مالی و تامین آن از منابع غیردولتی در بسیاری از کشورها بسیار حائز اهمیت گشته است. اما علی‌رغم این توجه نگاهی گذرا به سهم دولت‌ها در کشورهای مختلف در تامین منابع مالی آموزش عالی نشان می‌دهد که دولت همچنان یکی از بزرگترین تامین‌کنندگان منابع مالی دانشگاه‌هاست. حتی در کشورهایی که منطق بازاری در نظام اقتصادی آن‌ها حاکم شده و دانشگاه‌های خصوصی بسیار گسترش یافته است.
نکته مهمی که در این جا وجود دارد این است که فارغ از اینکه چه سهمی از تامین مالی دانشگاه‌ها بر عهده دولت است؛ دولت با چه مکانیزمی این منابع مالی را به دانشگاه‌ها اختصاص می‌دهد تا بیشترین میزان تحقق اهداف و انتظارات خود و جامعه از دانشگاه میسر گردد. این موضوع به قدری مهم است که می‌توان با استناد به مطالعات نظامات دانشگاهی جهان تغییر مدل تخصیص منابع دولتی را به جرات یکی از مهمترین نقاط عطف بهبود کیفیت در نظامات دانشگاهی دنیا ذکر کرد.
در گذشته شیوه تامین مالی دانشگاه‌ها عمدتا براساس مدل های افزایش سالیانه بوده است اما در حال حاضر استفاده از این روش به تنهایی، به کلی منسوخ شده و روش‌های مبتنی بر قراردادهای ماموریتی مشخص و خروجی محور و مدل های متنوع پرداخت منابع مالی به دانشجویان به جای پرداخت به دانشگاه‌ها (بورس، بن، وام) به شدت توسعه یافته است.
تاکید بر این نکته ضروری است که نظامات دانشگاهی پیشرفته با توجه به هدفی که از آموزش عالی دنبال می‌کنند از الگوهای ترکیبی تامین منابع مالی استفاده می‌کنند و حتی تامین مالی پایه و افزایشی بدون سنجش خروجی نیز در خدمت اهداف و خروجی های مورد نظر است.
اما این موضوع در کشور ما به شدت مورد بی‌توجهی واقع شده است. درواقع به هیچ عنوان هدف دولت از میزان سرمایه‌گذاری و روش تخصیص انتخاب شده مشخص نیست و به عبارت بهتر اصلا هدف خاصی وجود ندارد. اصل سی قانون اساسی منطق ورود دولت به آموزش را رسیدن به سرحد خودکفایی در تخصص‌های مختلف ذکر کرده است اما هیچ تلاشی برای جزیی کردن این هدف، فهم آن و تاثیر آن بر تنظیم ظرفیت دانشگاه‌های دولتی دیده نمی‌شود. شاهد این ادعا حجم بسیار بالای افراد بیکار، غیرفعال و دارای شغل غیرمرتبط با رشته یا مدرک دانشگاهی از یک طرف و سهم بالای مستندات پژوهشی بی هدف از کل پژوهش‌های در حال انجام کشور از طرف دیگر است.
به نقل از عیارآنلاین؛ در حال حاضر حدود ۱۰ هزار میلیارد تومان از منابع دولتی صرف هزینه‌های آموزش عالی دولتی می‌گردد که این حجم بزرگ از منابع با یک روش منسوخ تخصیص افزایشی و با چانه‌زنی انجام می‌گیرد و حتی روش‌های ساده‌ای چون تخصیص براساس سرانه دانشجو نیز تنها در حد یک ادعا باقی مانده است و در عمل اجرا نشده است. این بی‌هدفی در دانشگاه‌های خصوصی ابعاد دیگری نیز پیدا می‌کند و وابستگی بیش از حد به شهریه باعث می‌شود این دانشگاه‌ها بدون هدف و تنها سوار بر موج تعداد دانشجویان اقدام به ایجاد ظرفیت‌های دانشگاهی نمایند. اتفاقات و چالش‌های گسترده‌ای که میان وزارت علوم و دانشگاه آزاد اسلامی بر سر رشته‌ محل‌های تحصیلات تکمیلی این دانشگاه در سالیان اخیر پدید آمده است نشانی از این ادعاست.
یقینا در شکل‌گیری ناکارآمدی‌های نظام آموزش عالی کشور مشکلات و نارسایی‌های زیادی دست به دست هم داده‌اند، اما نگاهی کلی به مسائل پیرامونی این حوزه نشان می‌دهد که یکی از ریشه‌های اصلی مشکلات دانشگاه‌ها به مسئله تامین مالی دانشگاه بازمی‌گردد و بسیاری از چالش‌ها با تغییرات در این حوزه حل‌شدنی است. مثلا در موضوع تعیین رفتار اساتید که تعیین‌کننده رفتار دانشگاه در یک مسیر کلی است، کشور ما از آیین‌نامه ارتقا استفاده می‌نماید در حالی که اکثر کشورهای توسعه‌یافته دنیا بدون هیچ آیین‌نامه متمرکزی و تنها با دادن اختیار به دانشگاه و منوط کردن بخشی از تامین مالی دانشگاه به انجام وظایف معین جهت‌گیری اساتید را مشخص نموده‌اند. این بی‌هدفی و اتلاف منابع در شرایط فعلی مالی و اقتصادی دولت، احتمالا دیر یا زود دولت را به فکر کاهش منابع دولتی دانشگاه‌ها خواهد انداخت و نبود مدلی جایگزین در غیاب دولت یا بهبود نوع تخصیص برای کارایی نظام آموزش عالی بیش از پیش حائز اهمیت خواهد بود.