جواد قديري همان كسي است كه در سال 1360 پس از سرقت اسناد مربوط به كودتاي نوژه و نيز ايفاي نقش در طراحي ترور رهبر معظم انقلاب اسلامي در مسجد ابوذر از كشور گريخت. عزت مطهري در خاطرات خود قرائني درباره نقش محمد عطريان‌فر، عضو مركزيت حزب كارگزاران سازندگي- در دهه هفتاد و هشتاد ـ در فراري دادن جواد قديري و همسرش زهره عطريان‌فر (خواهر وي) مطرح كرده است. در جريان بررسي‌ها همچنين همكاري برخي از اعضاي دفتر رياست جمهوري بني‌صدر با كودتاچيان فاش شد. آزادي بدون مجوز 51 نفر از دستگير شدگان كودتا توسط بني‌صدر نشان مي‌دهد كه وي تلاش داشته است تا از افشاي نقش منافقين در كودتاي نوژه جلوگيري كند.
كاهش تشنج‌ها پس از تعطيل موقت مراكز و دفاتر سازمان نشان مي‌داد كه برخلاف ادعاي اين گروه علت تشنج‌ها، حمله افراد حزب‌اللهي به عناصر منافقين نبوده، بلكه شيوه فعاليت منافقين همواره تشنج مي‌آفريده بعدها برخي از زندانيان گروهك نفاق فاش كردند كه سازمان، بسياري از درگيري‌ها به خصوص در سطح تهران را از پيش طراحي مي‌كرده است.
شروع جنگ تحميلي از ابتداي پاييز 1359 و حضور نيروهاي خط امامي در عرصة دفاع مقدس، ميدان را براي تبليغات تخريبي منافقين فراهم‌تر كرد. از سرگيري انتشار نشريه «مجاهد» ارگان منافقين در آذرماه 1359 با طرح ادعاي كذب اين گروهك درباره وجود شكنجه در زندان‌ها همراه بود. درحالي‌كه دغدغه نيروهاي سپاه و كميته انقلاب اسلامي، آزادسازي مناطق اشغال شده از دست بعثي‌ها بود، منافقين آنان را به چماقداري و حمله به خود متهم مي‌كردند.
سازمان از ابتداي پاييز 1359 هواداران خود را به شناسايي مكان‌هاي سكونت افراد حزب‌اللهي مأمور كرد و از بهمن ماه، هواداران به سمت تشديد رفتارهاي تحريك‌آميز و حتي توهين به امام خميني(ره) هدايت شدند. اين مسئله مردم را به خشم مي‌آورد؛ به گونه‌اي كه دعوت رهبران حزب جمهوري اسلامي به عدم عكس‌العمل در برابر تحريكات منافقين هم، چندان مؤثر واقع نمي‌شد. درگيري گروه‌هاي متشكل 20 تا 30 نفري ميليشياي منافقين با مردم در اجتماع 14 اسفندماه بنا به تحليل درون سازماني رجوي «يك قدرت نمايي» در مقابل نهادهاي انقلابي بود.
مسعود رجوي از اواخر سال 1359 تا ارديبهشت 1360 را براي مذاكره با كشورهاي غربي به منظور طلب تأييد و همكاري آنان با برنامه حركت مسلحانه آينده گروهك خود، بي‌سروصدا در فرانسه به سر برد. غائله آفريني‌هاي مكرر منافقين از اواخر سال 1359، قصد حتمي اين گروه را در ورود به فاز مبارزه مسلحانه عليه نظام براي اكثر تحليل‌گران آشكار ساخته بود. مقاله نهم ارديبهشت مهدي بازرگان در روزنامه ميزان با عنوان «مبارزه قانوني و مبارزه مسلحانه» كه احتمال دست زدن منافقين به عمليات مسلحانه را توجيه مي‌كرد، نشان مي‌داد كه همه طيف‌ها به قصد منافقين پي‌برده‌اند. همين قرائن سبب شد كه دادستاني انقلاب يك اطلاعيه 10 ماده‌اي حاوي مواردي همچون ممنوعيت برخورداري گروه‌هاي سياسي از سلاح و لزوم تحويل سلاح‌هاي آنان به نيروهاي نظامي و انتظامي، ممنوعيت گروه‌ها از تحريك به اعتصاب، كم كاري، تحصن و هرگونه اختلال در مؤسسات مختلف و لزوم اخذ مجوز وزارت كشور براي برگزاري اجتماعات و... را در 19 فروردين 1360 صادر كند.
با اين حال، منافقين به صراحت از تحويل سلاح‌هاي خود خودداري كردند و در برابر اتمام حجت امام نسبت به خود در نامه‌اي به ايشان بار ديگر احتمال ورود به فاز مسلحانه را به رخ كشيدند. منافقين در عين حال خواستار ديدار جمعي با حضرت امام در حسينيه جماران شدند. بخشي از پاسخ امام خميني(ره) به منافقين كه در يك سخنراني در 21 ارديبهشت 60 بيان شد، چنين بود:
من هم كه يك طلبه هستم حاضرم كه در يك جلسه، نه در يك جلسه در ده‌ها جلسه با شما بنشينم و صحبت كنم... و من اگر يك در هزار احتمال مي‌دادم كه شما دست برداريد از آن كارهايي كه مي‌خواهيد انجام بدهيد، حاضر بودم كه با شما تفاهم كنم و من پيش شما بيايم لازم هم نبود شما پيش من بياييد... مادامي كه اسلحه در دست شماست... تهديد به قيام مي‌كنيد ما نمي‌توانيم از شما اين مسائل را قبول كنيم.
تحليل درون گروهي مسعود رجوي نشان مي‌دهد كه موضع‌گيري امام باعث سردرگمي وي شد؛ چرا كه امام درباره هيچ يك از دو گزينه پذيرش يا عدم پذيرش حضور منافقين در جماران سخني نگفتند و تحويل سلاح‌ها از سوي منافقين را سبب پيش قدمي خود در مذاكره با آنان دانستند. منافقين در قدم بعد، اخذ تضمين براي «تأمين سياسي كافي سازمان» را از بني‌صدر خواستار شدند. او نيز با ابراز علني ناتواني از اين امر به تحقق سناريوي آنان كمك كرد. رجوي همچنين در هنگام توسل بني‌صدر به حربه «رفراندوم» در اواخر ارديبهشت‌ماه خطاب به وي نوشت:
طرف ديگر به خوبي مي‌داند كه شما چه از نظر سياسي و چه از نظر اجتماعي در وضعي هستيد كه اگر بخواهيد و اگر بايستيد، مي‌توانيد جارويش كنيد.
روز 13 خرداد 1360 بني‌صدر موضوع خلع سلاح گروه‌ها را به بعد از جنگ موكول كرد تا نشان دهدكه قدم به قدم با برنامه منافقين همراه‌تر مي‌شود. در اين شرايط، تظاهرات منافقين همراه با فحاشي آنان به مقدسات (به خصوص پس از عزل بني‌صدر از فرماندهي كل‌قوا) به درگيري‌هاي خونيني منجر شد.
هشدار منافقين نسبت به احتمال تهديد جان ابوالحسن بني‌صدر به دنبال مطرح شدن بررسي كفايت سياسي او در مجلس نيز به دنبال داشت. 61 نفر از عناصر جريان روشنفكري غرب‌گرا از جمله احمد شاملو، هوشنگ گلشيري، محمدعلي سپانلو، علي دهباشي، رضا براهني، باقر پرهام، غلامحسين ساعدي و منوچهر هزارخاني در بيانيه‌اي با عنوان «به موج تازه سركوب تسليم نشويم» ادعاهايي مشابه سازمان منافقين را مطرح كردند.منافقين در مخالفت با لايحه قصاص نيز باديگر گروه‌هاي راستگرا و چپگرا همراه بودند. بالاخره در 28 خردادماه با صدور اعلاميه منافقين مبني بر جنگ تمام عيار با جمهوري اسلامي، روند نابودي اين سازمان شتاب گرفت و روز 30 خرداد 1360 به عنوان سندي از ددمنشي آنان در هميشه تاريخ اين سرزمين باقي‌ماند. منافقين با تيغ موكت‌بري و سلاح سرد به جان مردمي افتادند كه شادمان از تصويب عدم كفايت سياسي بني‌صدر به خيابان‌ها آمده بودند. آنها از اين پس، عمليات تروريستي برضد شهروندان و بزرگان انقلاب اسلامي را آغاز كردند.
مهلكه منافقان و مواضع همراهان
آغاز تابستان پرحادثه 1360، در واقع پايان حيات ائتلافي از گروه‌هايي با ايده‌هاي ماركسيستي، ليبراليستي و شبه ناسيوناليستي بود كه نقاط اشتراكي، آنان را به يكديگر پيوند مي‌داد. يكي از مهم‌ترين اشتراك‌ها، اتفاق نظر براي عدم اجراي احكام اسلام در حكومت بود. نهضت آزادي كه اعضاي آن از سابقه تعلقات مذهبي (ولو علم گرايانه) برخوردار بودند، هيچ‌گاه حاضر به محكوم كردن مخالفت مرتدّانه جبهه ملي با حكم اسلامي «قصاص» نشد.
 اين هم نظري، در موضوع دفاع از بني‌صدر نيز وجود داشت. اگر منافقين، ساده لوحانه مردم تهران را به نجات جان بني‌صدر فرا مي‌خواندند، نمايندگان نهضت آزادي و همفكران آن‌ها مثل حسين انصاري‌راد ـ نماينده نيشابور كه بعدها در مجلس ششم هم پيشقدم آبستراكسيون‌هاي تشنج‌زا بود ـ علي گلزاده غفوري، محمد مجتهد شبستري و... با غيبت در جلسات روزهاي 30 و 31 خرداد 1360 براي جلوگيري از سقوط بني‌صدر تلاش مي‌كردند.اين تلاش براي ابقاي كسي صورت مي‌گرفت كه به گفته حسين نواب صفوي و سودابه سديفي، مشاوران بني‌صدر، در زمان اختفا تأكيد مي‌كرد كه در صورت ناتواني در بسيج مردم به نفع خود، بايد سران جريان خط امام از بين بروند.
اجراي اين خواسته از ترور آيت‌الله خامنه‌اي در نيمروز ششم تيرماه آغاز شد. منافقين چون پذيرش مسئوليت اين اقدام را باعث بسته شدن دست خود در اقدامات بعدي مي‌دانستند، با درج عبارت «هديه گروه فرقان» در داخل ضبط صوت انفجاري، جزوه‌اي را با نام اين گروه مبني بر به عهده گرفتن مسئوليت ترور رهبر معظم انقلاب انتشار دادند. اين در حالي بود كه تمامي اعضاي گروه كم تعداد فرقان يا اعدام، زنداني و نادم شده يا در تور اطلاعاتي دستگاه‌هاي انتظامي و امنيتي بودند. تحليل سازمان منافقين از نتيجه فاجعه هفتم تير ماه نيز «بي‌آينده شدن نظام جمهوري اسلامي» بود.