شارك أنيس النقاش في الكثير من العمليات الفدائية وروى قصصها، وأبرزها عمليّة فيينا، مع مجموعة وديع حداد في الجبهة الشعبية لتحرير فلسطين، التي هدفت "لتأديب بعض الأنظمة على دعمها القوى اليمينية في لبنان، والحصول على دعم للثورة"، عبر طلب فدية قيمتها عشرة ملايين دولار.

عارض التورط في الحرب الأهلية التي أصيب في يوم انطلاقتها 13 نيسان/أبريل 1975. كتب إلى القيادة محذراً من كوارث الانخراط في هذه الحرب.

وعند الاجتياح الصهيوني للبنان عام 1978، انتقل أنيس النقاش إلى الجنوب مشاركاً في التصدي للعدوان.

قرر ترك "فتح" وتأسيس فصيل لبناني، ولكن الفتحاويين ظلوا يعتبرونه واحداً منهم رغم انفصاله عن الحركة، وتأسيسه سريّتين لبنانيتين في كفرشوبا وبنت جبيل، أصبح أفرادهما جزءاً من قيادة المقاومة لاحقاً، مثل عماد مغنية.

كان له دور هام في التنسيق بين قيادة الثورة الفلسطينية وقيادة الثورة الإيرانية، ونسج علاقات واسعة مع كوادر الثورة الإيرانيّة، تدريباً وتعاوناً أمنياً وعسكرياً، ووجد ضالّته فيها.

دفاعاً عن الثورة الاسلامية، لم يتردد أنيس النقاش في الذهاب الى باريس عام 1980، لاغتيال رئيس الوزراء الايراني الأسبق شهبور بختيار، فيما نجا الأخير بأعجوبة.

حُكم بالمؤبد لكنه سُجن لمدة 10 سنوات في فرنسا بعد محاولة اغتيال بختيار في باريس، وهو آخر رئيس وزراء في عهد شاه إيران محمد رضا پهلوي، وأفرج عن النقاش عام 1990.

كان السجن مسرحاً لنضال من نوع آخر. إذ نفّذ ثلاثة إضرابات عن الطعام، دام آخرها 130 يوماً، احتجاجاً على عدم شموله بقرار عفو عام، رافضاً إفراجاً لا يشمل رفاقه.

أدرك وراء القضبان أنّه إما أن يقتل الوقت أو يقتله. إلى أن أفرج عنه في 27 تموز/يوليو 1990، بقرار عفو وقّعه فرانسوا ميتران.