وشدد المالكي خلال لقائه ببرنامج "في الصميم" مع الاعلامي "عبد الله المديفر" على قناة "روتانا خليجية"، على أنه لا مقارنة بين حزب الله و"داعش" و"جبهة النصرة"؛ لأن حزب الله يقاتلون عسكريين مثلهم فقط، قائلاً: "ولا أظن أن أخلاقيات حزب الله تجعلهم يفعلون كما تفعل داعش والنصرة والجيش الحر".

ووصف الشيخ المالكي كل من يتهمه بالتشيّع بأنهم "نواصب متخفون"، وعرَّف المالكي نفسه بأنه رجل باحث متسائل ومتواضع، ومستعد لفتح بيته لأي أحد، ويتمنى أن يتعلم، مؤكداً أنه ليس شيعياً متخفياً كما يطلق عليه "النواصب المتخفين"، مشيراً إلى أن النصب متغلغل في التيار السلفي، وأن من اتهمه بالتشيّع ناصبي.

وامتدح المالكي علماء الشيعة، وقال: علماء الشيعة بالجملة متواضعون أكثر من علماء التيار السلفي الذين تجد فيهم نفورًا، وعلماء الشيعة، يسمعون، وواسعو أفق، ويدرسون العلوم المنطقية والعقلية أكثر من غيرهم، وعندهم التصاق بالعامة وبالناس، وليس التصاقاً بالمذهب كما هم علماء الزيدية والصوفية والإباضية".

وقال، إنه يرى أن الملحد الجاد الباحث الذي يموت قبل أن يجد إجابات عن أسئلته ولم يؤذِ أحداً من الممكن أن يدخل الجنة، وكذلك من لم يعلم عن الإسلام ولا عن محمد صلى الله عليه وآله وسلم ولم يرَ من المسلمين إلا كل شر وتفجير واختلاف ولم يسلم فإن الله (سبحانه وتعالى) لا يحاسبه إلا بالأخلاق العالمية كالظلم والكذب وكذا لا يضيع أجر من أحسن عملاً، وقال "لأن الله رب العالمين وليس رب المسلمين فحسب".

واعترف المفكر والباحث السعودي الشيخ المالكي بأنه وصف طلاب المفتي السعودي السابق عبد العزيز ابن باز بالحمقى، مشيراً إلى أن بعض طلابه المتصدرين كانوا يشغلونه بأشياء سطحية، مثل حكم النفخ في الشراب وغيرها، وقال:" أنا من طلاب الشيخ ابن باز، وهو الذي ثبَّتني على ما أنا عليه في مسألة الإمام علي ويزيد، عندما سألته عن الفئة الباغية قال لي: إن "الفئة الباغية هي فئة معاوية بن أبي سفيان، وإن يزيد بن معاوية والحجاج الثقفي فاسقان".

وعن قصة طلب المفتي عبد العزيز آل الشيخ من الشيخ حسن المالكي التوبة، قال المالكي "الطلب آتٍ مني أنا، وذلك عام 1423هـ عندما ذهبت الى مكتب المفتي، وأحضرت معي كتبي ومحاضراتي وكل شيء؛ لأن هناك صورة مشوهة".

ويتابع "طالبته بكل هدوء، وقلت هذا تراثي كله اعملوا مراجعة له، وأخبروني بالأخطاء، فرد علي: لا، تب إلى الله عز وجل، أي تب إلى الله من كل شيء، أي أن كل شيء كتبته باطل، لكن لم أجد استجابة، وطلبت بعدها تحويلي الى المحكمة الشرعية، وهذا كان خطأ خطيراً مني، والله ستر أن المفتي لم يُوافق على طلبي الأخير هذا، وفشل لقائي بالمفتي بعد أن طلبت المباهلة حين رفضوا أيضاً".

وعن ظروف فصله من التعليم قال "كان الفصل بتاريخ 28/ 4/ 1424، وظللت أطالب ديوان المظالم تسع سنوات"، مشيراً إلى أن آخر حكم قضائي صدر ضده كان بالفصل، وأن الموضوعين اللذين فُصل بسببهما هما تكليف ببحث علمي ومعترف به من مدير التعليم، وإجازات مرضية موقعة، وليس لمجرد أفكاره، وأكد أن هذا الحكم الصادر ضده كان ظالماً تماماً.