امام خمینی در طول سال‌های اقامت خود در نجف اشرف برنامه معینی برای زیارت حرم مطهر حضرت امیر‌(ع) داشتند.مرحوم آیت‌الله سید مجتبی رودباری که در روزگار حضور امام خمینی(س) در نجف اشرف از همراهان ایشان بودند، در خاطرات خود به چگونگی تشرف امام به حرم حضرت امیر(ع) اشاره کرده و گفته است:

رسم امام در طی اقامت در نجف آن بود که شب‌ها دو و نیم ساعت و در این سنوات اخیر دو ساعت از شب گذشته از ‌اندرون به بیرونی تشریف می‌آوردند و طلاب و مردم را به حضور می‌پذیرفتند. 

سپس در سه ساعت از شب گذشته (پس از مغرب) به حرم مطهر امیرالمومنین(ع) مشرف می‌شدند و زیارت امین‌الله را ایستاده و زیارت جامعه را نشسته می‌خواندند و بعد از خواندن نماز زیارت به منزل مراجعت می‌فرمودند. این برنامه آقا در تمام چهارده سال سکونتشان در نجف بود به استثنای شب‌های شنبه در فصل تابستان که وقت شست‌وشوی حرم و رواق‌ها بعد از نماز مغرب و عشا بود که امام در این شب به حرم مشرف نمی‌شدند.

 کتاب برداشت‌هایی از سیره امام خمینی(س)؛ ج ۳، ص 17