متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
با تأسف و تأثر فراوان خبر درگذشت عالم ربانی، فقیه و حکیم مجاهد، آیت‌الله آقای حاج شیخ محمدتقی مصباح یزدی را دریافت کردم. این، خسارتی برای حوزه‌ علمیه و حوزه‌ معارف اسلامی است. ایشان متفکری برجسته، مدیری شایسته، دارای زبان گویائی در اظهار حق و پای با استقامتی در صراط مستقیم بودند. خدمات ایشان در تولید اندیشه‌ دینی و نگارش کتب راهگشا، و در تربیت شاگردان ممتاز و اثرگذار، و در حضور انقلابی در همه‌ میدان‌هائی که احساس نیاز به حضور ایشان می‌شد، حقاً و انصافاً کم‌نظیر است. پارسائی و پرهیزگاری خصلت همیشگی ایشان از دوران جوانی تا آخر عمر بود و توفیق سلوک در طریق معرفت توحیدی، پاداش بزرگ الهی به این مجاهدت بلندمدت است.
اینجانب که خود سوگوار این برادر قدیمی و عزیز می‌باشم، به خاندان گرامی و فرزندان عالم و صالح و دیگر بازماندگان ایشان و نیز به شاگردان و ارادتمندان این معلّم بزرگ و به حوزه‌ علمیه تسلیت عرض می‌کنم و علوّ درجات ایشان و مغفرت و رحمت الهی را برای ایشان مسألت می‌نمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۱۳ دی ماه ۱۳۹۹