یکی از پروژه‌های عجیب نمازی «بررسی وضعیت اشتغال جوانان در شهرستان اردکان و توانمند‌سازی آنان» بود و عنوان این پروژه را «پروژۀ‌اندیشه و اعتبار یزد» گذاشته بود. اما نکتۀ عجیب این پروژه این بود که سرمایۀ آن را از شرکت نفتی «شل» دریافت کرده بود. بنا به قوانین کشورهای مختلف، شرکت‌های نفتی برای جبران خسارتی که به محیط زیست می‌زنند معمولا در مناطق نفت‌خیز سرمایه‌گذاری می‌کنند، اما هیچ وقت سرمایه‌گذاری شرکت‌های نفتی در مناطق کویری و بدون نفت کشورها اتفاق نمی‌افتد.
این سرمایه‌گذاری مشکوک شل در یزد باعث اعتراض در مجلس هفتم شد و حتی وزیر وقت ارشاد به مجلس آمد تا به سؤال نمایندگان پاسخ دهد. حرف نمایندگان این بود: امام گفته بود که «مبادا در پوشش مراودات تجاری، دوباره اجانب بر کشور مستولی شوند». نمایندگان متوجه شده بودند که در واقع در قالب این پروژه شرکت نفتی شل در حال مدیریت ان‌جی‌اوهای ایرانی است. برخی از رسانه‌های داخل کشور آن روز به سخنان این نمایندگان خندیدند، اما آینده نشان داد که همین الگو در وابستگی سیاست‌های کلان دولت‌ها به شرکت‌هایی مانند شل تکرار شد.
نمازی در دوران اوج خود حتی به جایی رسیده بود که یکی از جوانان ایرانی ساکن آمریکا را به عنوان مشاور حقوق بین‌الملل به وزارت کشور معرفی کرد و یکی دیگر را وارد شهر زلزله‌زده بم کرد تا درخصوص وضعیت منطقه و توانایی نیروهای کمک‌رسان اطلاعاتی به دست آورد.
یکی دیگر از مراکزی که محمدباقر نمازی با آن همکاری می‌کرد، مرکز وودرو ویلسون بود. این مرکز هدفش گسترش استعمار آمریکا تحت پوشش شعارهای دموکراسی‌خواهانه است.‌هاله اسفندیاری، پژوهشگر این موسسه، از برجسته‌ترین هواداران براندازی جمهوری اسلامی از طریق استحاله است. او در یکی از سفرهایش به ایران از موسسه همیاران غدا درخواست کرد کسانی را به عنوان سخنران در نشست سالانۀ دانشگاهی در مرکز ویلسون معرفی کند. محل هماهنگی کارهای‌هاله‌ اسفندیاری در ایران در آن زمان در دفتر نمازی یعنی موسسۀ همیاران غدا بود. کمی بعد، طی موافقتنامه‌ای بین نمازی و اسفندیاری مقرر شد تا هر ساله،‌هاله اسفندیاری دو سه نفر از ایرانیان مقیم آمریکا را که در حوزۀ جامعۀ مدنی و مسائل مربوطه به ایران بفرستد تا در قالب کارگاه‌های آموزشی به سازمان‌های غیردولتی ایرانی هودار تفکرات غربی آموزش بدهند. بعدها نمازی طرحنامه‌ای به‌هاله اسفندیاری داد که در آن پیشنهادهایش برای ایجاد رابطه میان ایران و آمریکا را مطرح می‌کرد. هدف از این پیشنهادها مقدمه‌‌سازی برای عادی‌‌سازی روابط بود. سال 1392 نمازی از‌هاله اسفندیاری خواست تا برای فعالیت‌های او در منطقۀ غرب آسیا از بنیاد ویلسون بودجه دریافت کند. همکاری‌های نمازی و موسسۀ ویلسون علاوه‌بر برنامه‌ریزی‌های مرتبط با جنگ نرم به برگزاری کنفرانس‌های مشترک در زمینۀ رهبری زنان نیز مرتبط می‌شد، کنفرانس‌هایی که با حضور عواملی از داخل کشور در ترکیه انجام شد.
اما پول‌هایی که نمازی از موسسۀ ویلسون دریافت می‌کرد در واقع از طریق موسسۀ دیگری به اسم موسسۀ «جست‌وجوی زمینه‌های مشترک» بود. بنا به قوانین آمریکا ارتباط مالی موسسات آمریکایی با ایران ممنوع و شامل تحریم بود اما وزارت خزانه‌داری، بخش ایران موسسۀ «جست‌وجوی زمینه‌های مشترک» را از قانون تحریم معاف کرد. یکی از دیپلمات‌های آمریکایی در دوران تسخیر لانۀ جاسوسی به نام «ویلیام میلر» عضو همین موسسه است که ملاقات نمازی با وی در آمریکا انجام شد. نتیجۀ گفت‌وگوها امیدوارکننده بود. هر دو برای هدف مشترک خود شیوه‌های نزدیک به هم داشتند. راه‌حل مشترک میلر و نمازی، محیط زیست، توسعۀ پایدار و مسائل شهری بود. کنفرانس محیط زیست در مرکز وودرو ویلسون انجام شد که بودجۀ آن را همین موسسۀ جست‌وجوی زمینه‌های مشترک پرداخت کرد. همچنین تیمی از اساتید دانشگاهی ایران برای آشنایی با دورۀ قوانین محیط زیستی به خارج از کشور اعزام شدند. علت تمرکز بر محیط زیست از نظر نمازی این بود که اختلافات‌اندکی در زمینۀ اهمیت محیط زیست وجود داشت و در عین حال حساسیت کمتری هم از نظر سیاسی روی آن بود و به عنوان پوشش بسیار کارآمدتر بود.
پنجم اسفند 1394 سرانجام محمدباقر نمازی دستگیر شد. در همان روزهای اول، جان کری، وزیرخارجۀ وقت آمریکا شخصا پیگیر وضعیت بازداشت نمازی شد. باب کورکر، سناتور آمریکایی در گفت‌وگو با شبکۀ ام.اس.ان.بی.سی این اقدام را گروگان‌گیری دانست. گروگان‌گیری اسمی بود که آمریکایی‌ها به دستگیری جاسوسان خود در لانۀ جاسوسی داده بودند. سال 1358 دوباره برای آنان زنده شده بود. خاطرۀ تسخیر لانۀ جاسوسی بخشی جدایی‌ناپذیر از خاطرۀ سیاستمداران آمریکایی شده است. لحظه‌ای تحقیرآمیز که با تحریم و فشار و تهدید به ایران، و وادار کردن ایران به عقب‌نشینی درصدد جبران آن هستند.
در نهایت محمدباقر نمازی به‌دلیل جاسوسی و همکاری با دولت متخاصم آمریکا به 10 سال حبس محکوم شد. محمدباقر نمازی در حال حاضر به‌خاطر کهولت سن و بیماری در مرخصی استعلاجی بلندمدت به سر می‌برد.
اما این فعالیت‌ها به تنهایی کافی نیست. فعالیت‌های امثال محمدباقر نمازی و پسرش سیامک وقتی موثر خواهد بود که فضای فرهنگی کشور در تسخیر غربی‌ها باشد. به این ترتیب، بخش حیاتی جنگ نرم، نفوذ در دل خانواده‌ها و زنان و دختران است. اما این، داستانی دیگر است.