طرح آمایش آموزش عالی نیز مسائلی از قبیل ساماندهی وضعیت پذیرش دانشجو، نحوه تعیین ظرفیت رشته‌های دانشگاهی، تصویب رشته‌های جدید و توسعه فضای آموزشی کشور را در کنار صدور مجوز برای مقاطع مختلف تحصیلی با توجه به ظرفیت‌های منطقه‌ای، دربر می‌گیرد.
در همین راستا، برخی از سال 88 این طرح را به‌عنوان یک نیاز برای کشور دیدند و اقداماتی را در این زمینه انجام دادند. با اینکه این طرح در اواخر دولت دهم یعنی سال 92 به شورای انقلاب فرهنگی ارائه شد اما در این سال‌ها با بی‌توجهی مسئولان وزارت علوم روبه‌رو گشت.
نهایتاً نیز پس از کش ‌و قوس‌های فراوان بالاخره اواخر اسفندماه 94 این سند تصویب و در تیرماه سال 95 برای اجرا به وزارت علوم ابلاغ شد.
اما نکته‌ای که تعجب کارشناسان مختلف را برانگیخت این بود که سند مذکور مشمول دانشگاه آزاد نمی‌شد. قابل‌ توجه است که هنوز مدت زیادی از ماجرای رشته‌های فاقد مجوز دانشگاه آزاد نگذشته است؛ موضوعی که اولین حرکت‌های ‏این دانشگاه برای توسعه بی‌رویه تحصیلات تکمیلی بود و واکنش‌های بسیاری را به دنبال داشت.‏ با این‌وجود دانشگاه آزاد آمایش جداگانه و برنامه ششم مجزایی به ستاد راهبری نقشه جامع علمی کشور و ‏شورای عالی انقلاب فرهنگی ارائه کرده است و در کمال آرامش افزایش سهم خود از تحصیلات تکمیلی را ‏برنامه‌ریزی می‌کند.‏
سؤال اینجاست که وزارت علوم چگونه راضی به ارائه جداگانه سند آمایش دانشگاه آزاد شده است؟ شاید در پاسخ به این سؤال بوده است که میرزاده، رئیس دانشگاه آزاد از نظر مثبت رئیس‌جمهور برای ارائه جداگانه این سند خبر داده بود.
همچنین توجه به سند پیشنهادی آمایش این دانشگاه نکاتی به ذهن متبادر می‌کرد که در نوع خود جالب‌ توجه بود. یکی از این نکات سهم‌خواهی 60 درصدی دانشگاه آزاد از آموزش عالی کشور است.
با این‌حال پس از گمانه زنی‌های فراوان 8 شاخص از سند آمایش دانشگاه آزاد با قید ذیل سند آمایش وزارت علوم تصویب شد. اما این مصوبات از تثبیت شدن سهم 50 درصدی این دانشگاه از آموزش عالی کشور را خبر می‌دهد.
باید به این سؤال پاسخ داد که آیا تصویب سهم 50 درصدی به این معناست که دانشگاه آزاد موظف است با تلاش در فضای رقابتی و با ارتقای کیفی به این سهم دست یابد؟ یا آنکه حاکمیت مکلف است سهم 50 درصدی را اعطا نماید؟ اگر سایر بخش‌های نظام آموزش عالی کیفی‌تر عمل کردند و با اقبال مردم روبرو شدند، آیا باید مانع از اقبال مردم به آن‌ها و سهم گرفتن آن‌ها شد؟ به ‌راستی تخصیص سهم عمده به دانشگاه آزاد اسلامی و متعاقب آن اعطای انحصار در بازار آموزش عالی غیر رایگان، با چه توجیهی صورت گرفته است؟
اصولاً تعیین سهم زیر بخش‌ها با سیاست‌گذار هر حوزه‌ای است. در حوزه آموزش عالی نیز به نظر می‌رسد تعیین سهم دانشگاه‌های دولتی، آزاد، پیام نور، غیرانتفاعی، شبانه و... موضوع آمایش آموزش عالی بوده و بدیهی است سیاست‌گذار آموزش عالی، در تعامل با بازیگران اصلی، سهم هر یک را تعیین نماید. در هر صورت قانون پیشنهادی برنامه ششم توسعه برای تعطیلی ۵۰ درصد واحدهای پیام نور و تعطیلی تمام واحدهای دولتی دانشگاه علمی کاربردی با سهم خواهی دانشگاه آزاد تناقضی آشکار دارد. لذا ایجاد انحصار 50 درصدی برای دانشگاه آزاد (معادل با 2 میلیون دانشجو) به‌ هیچ‌ عنوان توجیه‌پذیر نبوده و آسیب‌های سنگینی را در پی خواهد داشت.
علاوه بر این سهم‌خواهی متأسفانه رویکرد افزایش ظرفیت به حدی در دانشگاه آزاد غالب شده که برخی کلاس‌های این ‏دانشگاه با 120 نفر تشکیل می‌شود. حتی پیش ‌از این فرهادی وزیر علوم هم دانشگاه آزاد را خیلی بی‌حد و ‏حصر خوانده بود و در حال حاضر نیز این رویکرد دانشگاه آزاد منتقدان بسیاری دارد. چگونه است که میرزاده از اعضای ستاد راهبری نقشه جامع علمی کشور می خواهد تا از توسعه دانشگاه‌های غیرانتفاعی و بعضی دانشگاه‌های وابسته به دولت که دارای استانداردهای آموزش عالی نیستند جلوگیری کنند؛ درحالی‌که بدون لحاظ هیچ استانداردی دانشگاه آزاد حائز دریافت سهم 50 درصدی از آموزش عالی می‌شود؟