رئیس هیئت امنای دانشگاه آزاد می‌گوید: کسی نمی‌تواند سند بیاورد که ما یک بار هم کوچک‌ترین استفاده انتخاباتی از این دانشگاه کردیم و بنای این کار را نداریم.
هاشمی رفسنجانی که در نشست دست‌اندرکاران علوم پزشکی دانشگاه آزاد سخن می‌گفت، افزود: ما در ابتدا اساسنامه دانشگاه آزاد را با اقتباس از اساسنامه حسینیه ارشاد در زمان شاه نوشتیم. در زمان شاه اساسنامه حسینیه ارشاد خیلی محکم نوشته شده بود تا رژیم شاه نتواند آن را تصرف کند. ما هم همان‌گونه عمل کردیم، اما نمی‌دانستیم نظام ما قوی‌تر از زمان شاه است و آن را تصرف می‌کند.
این اظهارات در حالی است که مهدی هاشمی با سوء استفاده از امکانات دانشگاه آزاد، این امکانات را در اختیار بازی‌های انتخاباتی و فراتر از آن رفتارهای ساختارشکنانه قرار داد که عملکرد سایت جمهوریت -وابسته به دانشگاه آزاد- یکی از این موارد است. بنابر اظهارات حمزه کرمی (از دستیاران مهدی هاشمی در سایت جمهوریت و مدیر کل سیاسی در دفتر رئیس جمهور در دولت سازندگی) مهدی هاشمی همچنین بارها اقدام به پولشویی‌هایی میلیاردی کرده است.
در همین حال خبرگزاری تسنیم، ضمن انتشار اسنادی به صورت جلسه مسئولان دانشگاه آزاد استناد کرد که طی آن حسین امیدوار، مشاور عبدالله جاسبی و مدیر کل وقت تشکل‌های سیاسی دانشجویی دانشگاه آزاد، از اساتید و دانشجویان و تشکل‌های این دانشگاه می‌خواهد که در انتخابات 88 از میرحسین موسوی حمایت کنند و با ستادهای انتخاباتی وی همکاری نمایند.
در عین حال درباره اظهارات کنایه‌آمیز آقای هاشمی درباره تغییر اساسنامه این دانشگاه از سوی نظام نیز باید گفت که شورای عالی انقلاب فرهنگی در اقدامی قانونی و با اصلاح اساسنامه، جلوی فامیلی و اختصاصی شدن اموال 250 هزار میلیارد تومانی دانشگاه آزاد به بهانه وقف را گرفت چرا که مایملک این دانشگاه عمومی است و اختصاص به خاندان و فامیل خاصی ندارد.