از همان روزهای نخست آغاز به کار دولت یازدهم، زمانی که مشخص شد بسیاری از وعده‌های انتخاباتی مطرح شده اجرایی نیست، رسانه‌های زنجیره‌ای با طرح دروغ بزرگی به نام ۳۰۰۰ بورسیه غیر قانونی مدعی شدند دولت جدید در برابر این مسئله ایستادگی کرده و مانع ادامه  تحصیل دانشجویان خواهد شد.
عده ای نیز با طرح این مسئله به منظور انحراف افکار عمومی از مسائلی نظیر مذاکرات هسته‌ای و یا ناکامی دولت در اجرای وعده‌های انتخاباتی  به دنبال آن بودند که در میان مردم «قهرمان» مبارزه با فساد قلمداد شوند.
 اما سرانجام پس از مدت‌ها کش‌وقوس در این باره و بیان اظهارات موافقان و مخالفان این موضوع در رسانه‌های مختلف، رئیس کمیسیون اصل۹۰ با انتشار نامه‌ای خطاب به وزیر علوم اعلام کرد براساس بررسی‌های این کمیسیون، اکثریت قریب به اتفاق دانشجویان بورسیه به طور کاملا قانونی مشغول به تحصیل شده‌اند و وزارت علوم موظف به فراهم آوردن شرایط ادامه تحصیل آنهاست.
 این در حالی است که پیش از این نیز در گزارش وزارت علوم که قبل از آمدن محمد فرهادی منتشر شده بود به صراحت تاکید شده بود که از میان چند هزار دانشجوی بورسیه دولت قبل، تنها ۳۶ نفر از آنها به علت اعلام اطلاعات نادرست به مسئولان وقت، بورسیه‌شان غیرقانونی است و باید ابطال شود.
 با این حال در همان گزارش آمده بود که بیش از ۸۰۰ نفر از دانشجویان دیگر به علت مشکلاتی مانند کسری معدل، کبر سن و... بورسیه‌شان لغو شده است، اما کمیسیون اصل ۹۰ مجلس با رد ادعاهای بیان شده، نحوه گزینش افراد را قانونی اعلام کرده است. به نظر می‌رسد وزارت علوم با بررسی جناجی و ناعادلانه، این پرونده‌ها را منطبق با قانون بررسی نکرده و با ارائه ناقص قانون به افکار عمومی، مدعی غیرقانونی بودن این بورسیه‌ها شده است.
جالب آنکه در سخنرانی رئیس جمهور در ۱۴ خرداد93 که به همراه اعضای هیئت دولت در مراسم تجدید پیمان با امام راحل(ره) انجام گرفت، دانشجویان بورسیه علمی به نشان «پرونده فساد بورسیه‌ها» مفتخر شدند.  به کار برده شدن عباراتی همچون بورسیه و ما ادراک بورسیه در سخنان رئیس جمهور به گونه‌ای بود که گویی از منظر وی، موضوع بورسیه‌ها، مسئله اصلی کشور و حذف دانشجویان بورسیه وظیفه نخست دولت است. اینکه پس از صدور اطلاعیه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری آشکار گردید، پرونده عظیم ادعایی ۳۷۷۲ بورسیه متخلف فقط به ۳۶ نفر فروکاسته شده است، ذکر نکاتی چند لازم به نظر می‌رسد:
۱ - متاسفانه برخلاف ادعای مطرح شده از سوی دولت، مبنی بر اهمیت حوزه علم و فرهنگ، این حوزه از  جمله مقوله‌هایی است که مورد غفلت و بی‌توجهی خاصی قرار گرفته است، که البته با توجه به رویکرد تکنوکراتی حاکم بر دولت ابدا چیز عجیبی نیست. بررسی عملکرد وزارت علوم در طول یکسال گذشته به خوبی اثبات کننده این ادعاست. در وزارتخانه‌ای که توهم گزینش غیرقانونی دانشجویان بورسیه‌ای دل‌مشغولی اصلی دولت بود، معرفی افرادی برای تصدی مسئولیت در این وزارتخانه که دارای سابقه حضور در فتنه ۸۸ بوده‌اند، به خوبی مبین مظلومیت جایگاه علم و جنبش نرم افزاری در سیاست‌های دولت است. جالب تر آنکه پاسخ دولت به دغدغه‌های مشروع نمایندگان مبنی بر عدم صلاحیت نامزدهای معرفی شده بیانگر اولویت حفظ منافع حزبی و جناحی بر رشد علمی کشور است.
 گویا منافع دولت در این بودکه وزارتخانه فوق‌الذکر درگیر جنجال و تعویض سرپرست و استیضاح باشد، تا هم مجلس تحت فشار قرار بگیرد و هم دولت به ادامه مظلوم‌نمایی بپردازد. البته لایه‌های پنهان این سیاست لجبازانه دولت در معرفی وزرای علوم و بزرگنمایی بیش از حد موضوع بورسیه‌ها، به این امر باز می‌گشت که تکنوکرات‌های دولت با قربانی نمودن وزارت علوم در پی آن هستند؛ وزارتخانه‌های دیگر که، به زعم آنان مهم‌تر از بقیه هستند نظیر؛ نفت و وزارت خارجه و … را بیمه نمایند. لذا جنجال بر سر وزارت علوم، تضمین کننده عدم طرح مسائلی چون؛ پرونده کرسنت، مذاکرات هسته‌ای و … است. نتیجه این‌گونه سیاست‌ورزی
قربانی شدن بیش از سه هزار دانشجوی نخبه‌ای است که در وضعیتی بلاتکلیف مانده‌اند.
 2- شگرد تبلیغاتی دولت در یکی دو سال اخیر به وضوح گویای این امر بوده است که از نظر دولتمردان، راه‌حل نهایی همه مشکلات  متوقف بر حل پرونده هسته‌ای و رفع تحریم‌هاست و لذا تا پیش از حل این موضوع، برای اینکه تدبیر دولت اثبات و امید در جامعه تداوم یابد، بایستی دوران دولت‌های نهم و دهم چنان سیاه و تاریک نشان داده شود تا هیچ فردی آرزوی بازگشت بدان شرایط را در سر نپروراند. در این زمینه پرونده فساد اقتصادی ۳۰۰۰ میلیاردی به عنوان یک نماد مطرح گردید و متاسفانه مدیران وزارت علوم نیز به این طمع افتادند تا یک پرونده ۳۰۰۰ تایی دیگر و در قالب دانشجویان غیرقانونی بورسیه‌ای رونمایی کنند.
 ۳ - گویا رئیس جمهور محترم اصرار خاصی داشتند تا در کابینه اعتدالی خود، وزارت علوم را سهم اصلاح‌طلبان بدانند. بر همین اساس وزارت علوم صحنه جولان اصلاح‌طلبان افراطی و فتنه‌گران سال ۱۳۸۸ شده بود. نتیجه مستقیم حاکمیت جریانات افراطی بر وزارت مزبور این بود که از بدو امر تلاش مضاعفی برای حذف دانشجویان بورسیه و محروم نمودن آنان از حقوق قانونی آغاز شود. مطالعه مواضع و مصاحبه‌های مسئول اداره بورس، رئیس سازمان دانشجویان و سرپرست وقت وزارت، نشان می‌داد که ریشه مشکل بورسیه‌ها، کینه و عداوت این جریان با نخبگان علمی و دانشجویان ارزشی است. بیانات مقام معظم رهبری، در دیدار با اعضای خبرگان در اسفند سال گذشته و دیدار با مسئولان نظام در تیرماه سال گذشته که در خصوص قدرشناسی از جوانان مومن و انقلابی توصیه نموده‌اند  و درباره حذف این جوانان و منزوی نشدن آنها هشدار دادند، تناقضی است که ادامه دارد و بی‌گمان احتمالاً اعتدال دولت در حال بدل شدن به افراط است!
۴- عده‌ای از مسئولین وزارت علوم برای مشروعیت بخشی به اقدام خود و همراه نمودن افکار عمومی در زمینه بورسیه‌ها، از عنوان بورسیه‌های رانتی و آقازاده‌ها استفاده نمودند، که این نیز از جمله طنزهای سیاسی است ! کیست که نداند؛ عنوان آقازاده‌ها برای اطلاق بر چه مصادیقی و در قالب چه گفتمانی صورت گرفت. اما اینک اصلاح‌طلبان و کارگزاران هم، از مفهوم آقازادگی استفاده می‌کنند که البته باید آن را به فال نیک گرفت! اما درباره بورسیه‌ها، باید گفت؛ اگر در تعریف آقایان دانشجوی نخبه‌ای که مقالات پژوهشی فراوان، کتب تالیفی و یا اختراعات علمی در سابقه خود دارد، اما در هیچ حزب و دسته‌ای قرار ندارد و فرزند و خواهرزاده هیچ بزرگی نیست، آقازاده تلقی می‌شود. و یا مربی دانشگاهی که در مناطق محروم کشور قرار داشته و تا پیش از این امکان ادامه تحصیل نداشته است، آقازاده خوانده می‌شود، باید بگوئیم همه بورسیه‌ها آقازاده بوده اند. چرا که همگی اهل علم و اندیشه و رهروان مکتب امام خمینی(ره) و فرزاندان راه امام خامنه‌ای بوده و هستند.
در نهایت می‌توان نتیجه گرفت که جنجال بورسیه، تنها برای اهدافی من الجمله رهایی فرجی‌دانا از استیضاح و ایضاً زیر سوال بردن کلیت دولت‌های نهم و دهم بود که خوشبختانه با روی شدن دست مدعیان بورسیه‌های غیرقانونی، به هیچیک از اهداف از پیش تعیین شده دست نیافت.