در پی انتشار نامه پوزش‌خواهی مرحوم آیت‌الله آذری قمی از رهبر معظم انقلاب اسلامی در رسانه‌ها و طرح برخی ادعاها و تردیدها در صحت و تاریخ آن، برخی از پژوهشگران تاریخ انقلاب اسلامی و تعدادی از مراکز و مؤسسات فعال در حوزه مطالعات تاریخی، طی نامه‌ای با اشاره به اهمیت موضوع و مباحث پیش آمده، از دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای مدظله‌العالی درخواست روشنگری و رفع ابهام کردند. این دفتر در پاسخ به این درخواست اعلام می‌کند مرحوم آیت‌الله آذری قمی مکاتبات متعددی با رهبر معظم انقلاب مدظله‌العالی داشته که از جمله آنها دو نامه مشتمل بر عذرخواهی از معظم‌له است. نامه اول در 1375/3/13 برابر با ۱۴ محرم ۱۴۱۷ نگارش شده که در صفحه ۱۶۶ کتاب «روشن‌بینی امام خمینی رحمهًْ‌الله‌علیه» تألیف آیت‌الله ری‌شهری دامت‌برکاته درج شده و اخیراً توسط مؤسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام خمینی قدس‌سره‌الشریف منتشر شده‌ است. مرحوم آیت‌الله آذری قمی در نامه‌ دیگری در تاریخ 1376/2/1 با اشاره به نامه‌ اول، به همین مضمون تصریح کرده و در بخشی از آن نوشته است:
«در نامه‌ای که توسط آقای مسعودی تقدیم شد جهت را سؤال کرده بودید ایشان نمی‌دانستند. در اوائل مسئله مرجعیت من فکر می‌کردم که شما هم به دنبال مقام هستید. با توسل به حضرت عباس سلام‌الله‌علیه مشکلم فوراً حل شد و شنیدم که فرزندان خود را به آقای بهجت ارجاع داده‌اید. در هر صورت من سخت احساس مظلومیت و محرومیت از خدمت به نظام می‌نمایم و از شما توقع دارم که آن‌را رفع نمائید و اگر با آن سوءظن به شما جسارت شده مرا ببخشید.»
این دفتر برای رفع هرگونه ابهام و به منظور بهره‌برداری همه‌ علاقمندان به‌خصوص پژوهشگران حوزه تاریخ انقلاب اسلامی، تصویر آنها را منتشر می‌کند.
روابط عمومی دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای مدظله‌العالی
نامه برخی از موسسات فعال در حوزه مطالعات تاریخی
درباره سندیت نامه عذرخواهی مرحوم آذری قمی
از رهبری
بسم الله الرحمن الرحیم
حضور محترم ریاست دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای مدظله‌العالی
سلام علیکم
همان‌گونه که مستحضر هستید در ماه‌ گذشته برخی از رسانه‌های مکتوب و مجازی برای اولین بار متن و تصویر نامه‌ای منسوب به مرحوم آقای آذری قمی با مضمون عذرخواهی وی از مقام معظم رهبری و اظهار پشیمانی از مواضعی که بر علیه ایشان اتخاذ کرده بود را منتشر کردند که منجر به واکنش‌هایی نسبت به آن شده‌است.
یکی از مهم‌ترین این واکنش‌ها تشکیک در اصل وجود نامه و صحت تاریخ انتشار نامه است. شایان ذکر است که در برخی منابع تاریخی همچون کتاب خاطرات آیت‌الله ‌العظمی شبیری زنجانی با عنوان «جرعه‌ای از دریا»، ج۴ ص۶۵۳ و همچنین در تصویری که از دستخط آن مرحوم توسط یکی از خبرگزاری‌ها منتشر شده ‌است، صدور آن در تاریخ
۲۷ اردیبهشت سال ۱۳۷۶ دانسته شده است. در حالی که در برخی آثار تاریخی همچون کتاب «روشن‌بینی امام خمینی رحمهًْ‌الله در نامه 1368/1/6» تألیف آیت‌الله ری‌شهری، ص ۱۶۶ که از سوی مؤسسه عروج وابسته به مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) منتشر شده‌، تاریخ صدور نامه ۱۲ خرداد ۱۳۷۵، قید شده است.
گفتنی است منبع اخیر، این نامه و تاریخ نگارش آن را به «مرکز اسناد دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای» استناد کرده‌ است.
با توجه به تهافت یاد شده در تاریخ صدور نامه در این منابع و ابهام به وجود آمده پیرامون آن و اهمیت ثبت مضمون نامه به عنوان سندی مهم و عبرت‌آموز در تاریخ انقلاب اسلامی، تقاضا مندیم که آن مرکز نظر صریح خود را درباره تاریخ، مضمون نامه و اصالت تصویر منتشر شده از آن نامه، برای صیانت از حافظه تاریخی ملت و اسناد تاریخی که افراد و جریان‌هایی در صدد مخدوش‌سازی و تحریف آنها هستند، اعلام کند.
والأمر إلیکم
والسلام علیکم و رحمه‌ًْالله و برکاته