متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت عالم مجاهد و پارسا آیت‌الله آقای حاج شیخ محمد یزدی رضوان‌الله ‌علیه را به حوزه‌ علمیه‌ معظم قم و مراجع عظام و علمای عالی‌مقام و جامعه‌ محترم مدرسین و به شاگردان و دوستان و ارادتمندان آن مرحوم و به‌طور ویژه به خاندان گرامی و همسر و فرزندان مکرم ایشان تسلیت عرض می‌کنم. سوابق انقلابی و مبارزات دوران طاغوت در کنار حضور پیوسته و همیشگی در همه‌ دوران‌های انقلاب و اشتغال به مسئولیت‌های بزرگ در اداره‌ کشور همچون ریاست قوه‌ قضاییه و عضویت در شورای نگهبان و مجلس خبرگان و مجلس شورای اسلامی، و در کنار فعالیت علمی و فقهی، شخصیتی جامع و اثرگذار از این عالم جلیل پدید آورده بود. ایمان راسخ به مبانی انقلاب و استقامت در این راه و غیرت دینی و انقلابی، نشانه‌های بارز دیگری از این شخصیت مکرم بود. امید است این وزن سنگین ذخیره‌ معنوی مایه‌ علو درجات ایشان باشد. از خداوند متعال رحمت و مغفرت و رضوان الهی را برای آن مرحوم مسألت می‌کنم.
سیدعلی خامنه‌ای
۱۹ آذر ۱۳۹۹