حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای در پیامی درگذشت حجت‌الاسلام شهیدی را تسلیت گفتند.
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
«بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت مرحوم مغفور جناب حجه‌ًْالاسلام آقای حاج سید محمدعلی شهیدی رحمهًْ‌الله‌علیه را به خاندان مکرم و همه دوستان و همکاران و بازماندگان ایشان تسلیت عرض می‌کنم. حضور در عرصه‌های گوناگون انقلاب و نظام اسلامی که آخرین آن مسئولیت در بنیاد شهید و خدمتگزاری به خانواده‌های معظم شهیدان بود، ذخیره‌ی معنوی عظیمی است که موجب علو درجات ایشان خواهد بود ان‌شاءالله.
رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم مسألت می‌کنم.
سیدعلی خامنه‌ای
۹ آذر ۱۳۹۹»